喀提林陰謀時期，除了元老貴族派，喀提林陰謀派之外，龐培派、克拉蘇派、凱撒派都蠢蠢欲動。這些派別集團即相互依賴又相互鬥爭，在喀提林陰謀中暗潮洶湧，明爭暗鬥。此時的派系鬥爭經過喀提林陰謀之後，再也不顧平民的利益，公民的羞恥，貴族的責任等。各個派系集團都以多種冠冕堂皇的理由血腥攫取屬於自身派系的政治利益。保民官在政治集團和軍事強人的派系鬥爭和政治擠壓下地位弱化，經過多年的暴動騷亂，保民官的否決權失去了昔日的權威，隨著凱撒派和龐培和元老院派的大規模內戰，保民官最終葬送在派系鬥爭中。
共和末期保民官在派系鬥爭中逐漸失去存在的意義，大概在如下幾種方式：
第一，各個派系集團扶植保民官作代理人，他們再也不是平民利益的捍衛者了。其中最為典型的就是凱撒派與龐培派各自扶植的保民官。
此外，凱撒派與元老院派的鬥爭也是如此。公元前 59 年，凱撒借心腹保民官巴第紐斯提出《有關凱撒行省統治權的巴第紐斯法》。在克拉蘇和龐培的支援下，衝破元老院派的重重阻撓，此法案最終在公民大會上透過，凱撒獲得了高盧總督的職位和三個軍團的軍事權。“公元前 67 年，龐培利用保民官蓋比紐斯提出自己秘密籌劃的肅清海盜的提案，該提案最終在公民大會上透過。龐培肅清海盜的軍功，使得其在羅馬成為炙手可熱的人物。”前往高盧之前，凱撒就選好保民官克勞狄作為自己掌控羅馬政局的推手。而克勞狄在保民官任期內不僅流放了西塞羅，驅逐了小加圖等凱撒的對手，而且採取各種措施打擊元老院，維護了凱撒的利益。這些保民官事實上已經不再是平民利益的代言人，徹底淪為了凱撒和龐培的打手。
第二，在激烈的派系鬥爭中，各個派系集團支援的保民官在羅馬展開了激烈廝殺，彼此之間不惜惡語相向，互相詆譭，甚至使用金錢賄賂，街頭鬥毆等手段來為自己的支持者獲得利益。
公元前 58 年保民官克勞狄以富裕行省誘惑執政官皮索和蓋比紐斯，唆使他們疏遠西塞羅，為他接下來流放西塞羅打通人脈關係，並以金錢賄賂或暴力威脅等卑鄙手段對抗一切為西塞羅辯護的人。
克勞狄與米羅各自組建幫派團夥，在決定誰去幫助埃及國王托勒密恢復王權的會議上，雙方明火執仗地互相詆譭最終演變成武裝衝突。“兩個克勞狄派的保民官魯夫斯和普蘭庫斯慫恿躁動的暴民為克勞狄報仇，在元老院議事廳製造騷亂，並與米羅派發生打鬥。”卸任保民官米羅於公元前 53 年競選執政官，大膽無恥地進行賄賂。保民官的這些活動說明，昔日為民請命的平民領袖在殘酷的現實鬥爭中已經逐漸變質，成為派系鬥爭的犧牲品。
第三，各個派系集團內部不斷分割，保民官作為派系集團爭權奪利的工具性質並不穩定，成為被派系集團和政治軍事強人來回拋棄的棋子。
最為典型的例子就是前三頭同盟的內訌，凱撒用政治聯姻和經濟利益捆綁起來的同盟並不牢固。沒過多久克拉蘇和龐培之間就出現裂痕，各自利用保民官相互對抗，削弱了三頭同盟的力量。盧卡會議後，凱撒再次黏合起來的同盟在女兒（龐培妻子）朱麗婭難產而死和克拉蘇戰死東方後再次面臨崩潰的邊緣。元老院派對龐培極盡拉攏和恭維並對凱撒進行孤立和仇視，最終讓凱撒和龐培兵戎相見，大規模的內戰由此展開。
凱撒扶植起來的保民官克勞狄由於猖狂囂張和不受控制的極端行為，在羅馬成為眾矢之的後，凱撒見支援他再無益處，依然拋棄這枚曾經服務於他的保民官。龐培為對抗克勞狄提拔起來的保民官米羅，以支援他參選執政官為誘餌唆使他組建幫派與克勞狄武鬥。公元前 53 年，米羅競選下年的執政官，卻發現龐培的承諾只是一個空頭支票，反而有傾向支援克勞狄的意圖，至此龐培與米羅的關係破裂。元老院內部也是矛盾重重，分化為強硬元老院派和穩健的元老院派，政見分歧和政敵詆譭將元老院的無能展露無疑，使得軍事強人的崛起成為必然。而保民官們則在這種錯綜複雜的政治環境中來回遊離，漸漸失去昔日的權威和地位，成為派系集團和政治軍事強人來回拋棄的棋子。
第四，政治軍事強人的崛起，派系鬥爭規模和範圍的擴大，使保民官變得無足輕重，並最終葬送在大規模的內戰之中。
公元前 49 年 1 月，卸任保民官庫里奧送來凱撒的最後妥協方案，遭到元老院拒絕。“凱撒派保民官安東尼進行否決，只好第二天再進行開會表決，如此相持好幾天。”
保民官連續多次使用否決權表明，他們除了動用這一權力毫無辦法。從另一個角度看，在派系集團之間劇烈的政治打壓下，保民官政治效能弱化，其死板僵硬的政治手段更是遭到眾多元老貴族的嘲諷。公元前 57 年 1 月 7 日的元老院會議，元老院無視保民官安東尼的否決權，釋出最終判決，並威脅凱撒派元老庫里奧、保民官安東尼和卡西烏斯，“如果他們仍然待在這個城市裡面，將不能保證他們的生命能否繼續下去。”
保民官的否決權遭到無視，人身安全受到元老院的威脅，可見，此時的保民官已經不再像此前一樣得到羅馬民眾和元老院的重視，其否決權也不再具有權威性。因此，保民官的政治前途最終喪失。
羅馬內戰結束之後，屋大維完全控制了保民官的權力，獲得了終身保民官的稱號。此時的保民官雖然得以保留，意在向民眾表明元首政權的合法性，但保民官已經完全失去昔日維護平民利益的使命。它的很多重要權力已經喪失，形同虛設，不起作用。