南京在明朝初年是明帝國的首都，永樂年間遷都北京以後，南京作為留都一直保留了六部、都察院等一整套與北京相對應的中央機構。這種兩京制度的特點是：皇帝和內閣大學士等決策人物都在北京，北京的六部等衙門是名副其實的中央權力機構；南京各衙門多為虛銜，公務清閒，任職官員被稱為“吏隱”，但地位一般不低於北京相對應的衙門官員。
在留都握有實權的是南京參贊機務兵部尚書、南京守備太監和提督南京軍務勳臣。
自從大順軍兵臨北京城下之日起，朝廷的一切政令無法發出，南京的高階官員大概在接到崇禎皇帝“命天下兵勤王”的詔書以後就再收不到邸報了。召兵緊急勤王和隨之而來的音信不通，使南京各衙門大臣、守備太監、勳臣們越來越感到不安。
四月初一日，以南京兵部尚書史可法領銜釋出了“號召天下臣民起義勤王捐貲急事”的南都公檄，檄文中提到“南北之耗莫通，河山之險盡失”之類的“宗社危情”，表明他們已經籠罩在一種不祥的預感之中。
四月初七日，史可法率兵渡江準備北上“勤王”；幾天之後，他誤信了一個不可靠的訊息，寫信給南京詹事府詹事姜曰廣說，崇禎帝已乘舟由海道南下，太子也從間道得以逃出，南京的官員們信以為真，一個個喜形於色，奔走相告。誰知第二天就傳來了朱由檢在三月十九日自盡於煤山的訊息，這訊息在四月十七日被從北京逃出來的原大學士魏炤乘證實。
朝廷既已全部覆亡，作為留都的南京很自然地成了明朝半壁江山的政治中心。這裡當政和在籍的大臣如五雷轟頂，頓時亂成一團。對於他們來說，當務之急是立君。由於崇禎帝的三個兒子都被大順軍俘獲，未能逃出北京，在沒有直系皇位繼承人的情況下，南京及其附近地方的大臣、勳貴、太監和擁兵自重的將帥就在擁立哪一位藩王的問題上展開了一場勾心鬥角的爭執。
以血統親近而言，崇禎帝的祖父神宗朱翊鈞的子、孫還有福王朱由崧、惠王朱常潤、桂王朱常瀛（瑞王朱常浩原封漢中，李自成軍入陝他逃至四川重慶，甲申六月被大西軍處死）；神宗兄弟的兒子則有潞王朱常淓。
按照封建倫序觀念，自然應該首先考慮福王、桂王、惠王。而在福、桂、惠三王中朱由崧又處於優先地位，這是因為第一，三親藩中福藩（即老福王朱常洵）居長；第二，桂、惠二藩比崇禎帝高一輩，不如朱由崧援引“兄終弟及”（實際是弟終兄及）繼統更為適宜；第三，桂惠二王在崇禎十六年（1643年）張獻忠部進入湖南時逃往廣西，距南京較遠，福王卻近在淮安。福王朱由崧在倫序和地理上佔了明顯的有利地位。
1、東林黨人的惡劣影響
在這裡，我們應當特別注意東林—復社中一些骨幹人士在繼統問題上所起的惡劣作用，他們的 一些偏見深入人心，一直沿襲到現在。事實上，當時的有識之士都主張由福王朱由崧繼統，如淮撫路振飛“遺書南京兵部尚書史可法，謂倫序當在福王，宜早定社稷主”。
劉城《上閣部史公書》中說：“自都門失守，大行皇帝兇問頻傳，雖所傳不一，大略頗同，公率先諸臣奉迎福藩殿下，臨蒞南京，此中外臣民之願也。”
章正宸
下文說他見到的詔旨仍用監國名義，“未有御極之意”，他極力主張應該“早上尊號”，理由是“倫序應在福藩，大寶之御無可遲滯之端”。給事中李清、章正宸、進士鄭元勳等人也持相同態度。
李清記載：“北都變聞，在籍錢宗伯謙益有迎潞王議。揚州鄭進士元勳密語予：‘予語里人解少司馬學龍曰：福從此始矣，神宗四十八年，德澤猶系人心，豈可舍孫立侄？況應立者不立，則誰不可立？萬一左良玉挾楚，鄭芝龍挾益，各挾天子以令諸侯，誰禁之者？且潞王既立，置福王於何地？死之耶？抑幽之耶？是動天下之兵也，不可。”接著又說章都諫正宸力主應“以福藩為國本”，“時草野聞立潞，皆不平；及王監國，人心乃定”。
然而，江南士紳中的一部分東林黨人卻從狹隘私利出發，強烈反對由福藩繼統，原因是朱由崧的祖母是備受神宗寵愛的鄭貴妃，從萬曆到天啟朝廷上圍繞著儲君問題展開的“妖書”、“梃擊”、“移宮”等轟動一時的案件都同鄭貴妃有關，何況正是由於東林黨人的力爭，神宗和鄭貴妃希望立福王朱常洵（即朱由崧的父親）為太子的圖謀才化為泡影。
因此，他們擔心一旦朱由崧登上帝位，重翻舊案，自己在政治上將會失勢。在籍禮部侍郎錢謙益當時被視為東林黨魁，他兩次從原箱常熟趕往南京，以“立賢”為名，到處遊說，提議迎立潞王朱常淓。支援錢謙益的有南京兵部侍郎呂大器、南京戶部尚書高弘圖、右都御史張慎言、詹事府詹事姜曰廣等人。
一度具有舉足輕重地位的首席大臣南京兵部尚書史可法是傾向於東林黨的人物，他內心裡對擁立福王有所顧忌，但又認為應該按倫序迎立神宗的子孫。
各種南明史籍在迎立問題上記載非常混亂，原因是弘光既立，先前持異議者不免改口，局外人士又難免輕信風聞和自我揣測，弄出種種誤解。
比較而言，最可靠的記載是直接參與其事的姜曰廣所著《過江七事》。按姜氏記載，當時“江南北諸紳”（指錢謙益等熱衷於東林門戶之見的官紳）“群起擁潞王”。作為實權人物的史可法處於進退兩難的境地，他是東林黨人左光斗的得意門生，自然對擁戴福藩繼統心存疑慮，但又擔心舍親立疏將引起更大的政治風波。
2、馬士英的無奈選擇
經過反覆考慮他暗自決定前往浦口同鳳陽總督馬士英商量在桂王與福王之中選定一人。史、馬密商的結果是“以親以賢，惟桂乃可”。至於惠王朱常潤不在議立之列是因為他信佛教，不懂世事。(朱常潤次年降清後給清廷的奏疏中說：“臣自暑年皈依釋教，性甘淡薄，只知焚祝，毫無外求。）
史可法
第二天，史可法親自寫信給南京高階官員說明定策意見：“迎桂者何？以福、惠之有遺議也，乃舍而立桂也。其潞藩則仿古兵馬元帥之制暫借統兵馬。”南京的官紳對於這個折中方案比較滿意，由南京禮部準備乘輿法物前往廣西迎接桂王。
就在這一關鍵時刻，馬士英由浦口回到鳳陽,突然得到報告守備鳳陽太監盧九德勾結總兵高傑、黃得功、劉良佐決定擁立福王朱由崧。
這裡有幾點值得注意：一、盧九德在萬曆末年曾在宮中為老福王朱常洵服役，由他出面聯絡三鎮當出自朱由崧的幕後策劃。李清記載：“時王聞，懼不得立，書召南竄總兵高傑與黃得功、劉良佐協謀擁戴。劉澤清素狡，先附立潞議，至是以兵不敵，改計從傑等。”
二、高傑、黃得功、劉良佐的積極參與擁立顯然是為了攘取“定策之功”增強自己在政治上的地位。
三、史可法之所以要親赴浦口同馬士英會商，正是因為馬士英身為鳳陽總督，直接節制著高、黃、劉等總兵，藉以取得軍隊支援。不料變生意外，馬士英眼看手下大將全部自行投向福藩，如果再遵守同史可法達成的協議，自己只會被架空、被淘汰，權力的慾望使他顧不上什麼信義，抓住時機向福王朱由崧表示效忠。
史可法還矇在鼓裡，繼續寫信給馬士英申說朱由崧“貪、淫、酗酒、不孝、虐下、不讀書、干預有司”七不可立的理由。馬士英既已改變初衷，參加擁立福王的行列，史可法的來信等於直接指斥行將即位的皇帝，把權力的劍柄交到了馬士英手裡。馬士英立即以鳳陽總督和三鎮名義正式致書南京守備太監韓贊周宣佈擁立福王朱由崧。
當南京各大臣被韓贊周邀請到家中傳閱馬士英的書信時，雖然不少人感到震驚，但是他們既無兵權，立桂、立潞的方案又已胎死腹中，失去了憑藉，只好違心地表示同意。
錢謙益
擁立潞王朱常澇的主要策劃人物錢謙益的表現就頗為典型：“錢謙益侍郎觸暑步至膠東第中，汗渴，解衣，連沃豆湯三四甌。問所立？膠東曰：‘福藩。’色不懌，即告別。膠東留之曰：‘天子毋容抗也。’錢悟，仍坐定，速令僕市烏帽，謂：‘我雖削籍，嘗經赦矣，候駕龍江關。’”
東林黨魁的態度如此，其他原先追隨擁潞的人也可想而知了。山東總兵劉澤清一度支援東林骨幹擁立潞王，當他得知高傑、黃得功、劉良佐三鎮的動向後,自知兵力不敵，?立即隨風轉舵加入了擁立福王的行列。四月末，福王繼統已成定局。
由於擁立定策問題對弘光一朝政局的影響極大，有必要作一點分析。前面說過，當時江南東林黨人在朝、在野的勢力很大，他們中間的骨幹分子以“立賢”為名主張捨棄神宗嫡系子孫而擁立穆宗之孫潞王朱常淓，後來的事實證明朱常淓並不“賢”，他們的真正用意是排除福王以確保崇禎時期東林一復社黨人在政治上的操縱權，特別是如果潞王以較遠的宗支而被迎立，錢謙益等人有“定策”之功肯定可以飛黃騰達。
一度處於權力中心的史可法優柔寡斷，設想出擁立桂王的折中方案，以為桂、福二藩都是神宗嫡支，以桂抗福可以滿足東林黨人反對立福藩的願望，又帶著這個方案親赴浦口同掌握實際兵權的鳳陽總督馬士英商量，自以為事出萬全。
結果風雲突變，無論他主張擁立的仍是神宗嫡系，在朱由崧眼中他始終是反對自己黃袍加身的重要人物。就當時情況來說，帝位候選人桂、惠二親藩離南京較遠，福、潞二藩近在淮安，史可法既然主張按照倫序迎立，就應該當機立斷，把顛沛潦倒之中的福王朱由崧接來南京繼統。
這樣，朱由崧必將對他刮目相看，馬士英和四鎮也沒有可乘之機。當初私下醞釀立君人選時，史可法曾經對姜曰廣說：“以齊桓之伯也，聽管仲則治；聽易牙、開方則亂。今吾輩之所立者，豈其不惟是聽，而又何患焉？”
這表明史可法知道落魄之中的福王只要爬上皇帝的寶座，享盡人間富貴就心滿意足，在這樣一個同“察察為明”的崇禎帝截然相反的庸主下，朝廷大政必然落在自己這幫“君子”手裡，事情可以辦得很順當。
可是，史可法的這句話一傳出去，“擁潞者聞之大譁。以詢諸紳，又頗於福推惡。可法於是引避不言矣！”
古語說：“當斷不斷，反受其亂。”史可法多少有點門戶之見固然是原因之一，但他的致命弱點是缺乏雄才大略，總想處處應付，八方妥貼，最後落得個事與願違。
張怡有一段話說得很有意思：“弘光皇帝以播遷之餘，丁大亂之後，九廟之焰未息，萬姓之席未貼，雖臥薪枕鼓，不足示其股憂；布衣帛冠，不足表其恭儉，而聖質等於肉糜，皇衷習於市肆，臥深宮而枕宦者，愛比頑童；開後庭以待麗華，惟湛旨酒。李煜、孟昶合為一人；歸命、東昏將與同傳矣。然而治亂不關其意，故上每任人而不疑；賢才各極其材，故下亦任事而不忌。向使李綱、寇準之流為之相，韓、嶽、宗澤之儔為之將。將相同心，不憂中制，中外一德，可彌外憂，即發兵誅不道，遠遜蕭王，豈敷天同左袒，至出趙構下哉！”這話是頗有見地的。
馬士英
在隨機應變上，史可法顯然不是馬士英的對手。當史可法在南京被擁潞、擁嫡各派人士弄得左右為難時，特約馬士英會商於浦口，推心置腹地談了各方面的紛爭和自己的折中意見，馬士英認為這是自己參與定策的重要機會，正如他後來所說：“立桂，史意也。予曰：亦佳，但須速耳。”他甚至在同史可法達成協議。後曾經邀請南京各衙門官員赴浦口當面宣佈這一決定，藉以顯示自己是參與定策迎立桂王的第二號人物。誰知南京六部等大臣認為鳳陽總督不過是地方高階官僚，無權召集朝廷大臣開會。
自感掃興的馬士英回到鳳陽，得知太監盧九德同高傑、黃得功、劉良佐已決定擁立福王，開始是大吃一驚，然而他畢竟屢經宦海浮沉，老於世故，看準了朱由崧要當皇帝已難阻止，有將帥統兵為後盾，有太監在旁翊贊，不足之處正是缺少一員大臣。
馬士英立即轉向，同高傑、黃得功、劉良佐、盧九德等人在鳳陽皇陵前立誓擁戴福王，成了定策第一文臣。為了取得在即將建立的南明朝廷首席大學士職位；他抓住史可法為擁立桂王而列舉福王七不可立的來信作為把柄，又針對南京等地東林黨人擁潞之聲甚囂塵上，帶領兵馬護送朱由崧直抵浦口，並且在立福已成定局的情況下發出表文聲稱：“聞南中有臣尚持異議，臣謹勒兵五萬，駐紮江干，以備非常，志危險也。”
這一著棋實在厲害，南京最高文臣史可法知道自己上了大當，攻擊福王的書信落在馬士英手裡，白紙黑字，有口難言，他除了滿腹悔恨地默默跟隨福王朱由崧由浦口乘船前往南京就任監國以外，別無其他選擇了。
弘光一朝黨爭的激化、武將的跋扈，最後導致覆亡，關鍵都是從這裡引伸出來的。李清寫道：“使諸臣果以序迎，則上何至書召四鎮，士英與傑又何得居功？非錢謙益、大器誤之而何？”錢謙益、呂大器固然是擁立璐王的主謀人物，但是真正一度擁有決策大權的是史可法，他在這樣的重大問題上態度遊移，沒有斷然決定擁立福王，致使朱由崧求助於鎮將，從此大權旁落，應當負主要責任。
四月二十九日，福王朱由崧在史可法陪同下，乘舟抵達南京城外燕子磯，南京官紳均往朝見。五月初一日，朱由崧登岸,先拜謁孝陵然後從朝陽門進城，駐於內守備府。五月初三日，朱由崧在南京就任監國。五月十五日，朱由崧正式即位為皇帝，改明年為弘光元年。
第二天，馬士英入閣主持政務兼任兵部尚書。史可法於十八日陛辭。三十日渡江往淮陽督師。儘管在整個弘光時期，史可法的加銜都略高於馬士英，但在朱由崧監國僅半個月之後即被排擠出外，足以說明他的失勢。