最後，李密苛責部下，與手下將領離心離德。早在李密斬殺翟讓時，就引起了瓦崗內部高層的不滿。在他與宇文化及交戰後，更加驕傲自滿。他不再體恤士卒，府庫中也沒有積蓄。甚至在打勝仗後，他也不把戰利品分給將士們。大家對他的表現越來越不滿，所以在他與王世充交戰時，單雄信等人直接叛變，此舉讓瓦崗遭到重創。原本最有機會登上皇位的李密，因為種種因素最終一敗塗地。
李淵
李密
翟讓
後來李密透過王伯當向翟讓獻計，並逐漸贏得了翟讓的信任。在李密的建議下，翟讓不僅收服了各小股義軍，而且還攻佔了滎陽等縣城鎮，搶奪了糧草。之後張須陀帶兵討伐翟讓，也被李密斬於馬下。隨著對李密瞭解的深入，翟讓越來越感覺自己不配當這個寨主，所以便將瓦崗的領導權交給了李密。
後來李密為了防止翟讓再次篡位奪權，便斬殺了翟讓和他的哥哥，砍傷了徐世績。單雄信等人跪地求饒，才免於一死。李密雖然確立了自己的領導地位，但卻削弱了瓦崗的實力，也為後來的分裂埋下了隱患。
柴孝和
而瓦崗卻位於中原地區，無險可守，自然更容易潰敗。而且李密為了防止腹背受敵還投靠了越王楊侗，楊侗則讓李密先後與宇文化及和王世充交戰，這也進一步折損了瓦崗的實力。
