明太祖朱元璋對自己死後的嗣位十分重視，他制定了一套嫡長子繼承皇位、餘子分封王爵的制度。1397年，他生了一場大病，認為自己可能不久於人世。就命李淑妃自盡，以防止像唐朝一樣出現“武后之禍”。 明太祖朱元璋的長子朱標，為馬皇后所生，1392年因病醫治無效死了，再選一個繼位者成了朱元璋十分緊迫的事情。太子朱標死時已有5個兒子，嫡子早殤，次子朱允炆也已經長大，只是他下來時額顱稍偏，人雖聰穎，但優柔寡斷，朱元璋覺得他不適合。?
燕王朱棣智慮過人，太祖十分鐘愛他，一時間想把皇位給他。如是這樣，朱元璋就要舍孫立子，違反自己制定的制度。 於是他召開群臣大會，以欲立燕王朱棣之意詢問諸臣，學士劉三吾當場反對：“皇孫年富，且系嫡出，孫承嫡統，是古今的通禮。若立燕王，那麼秦王、晉王該怎麼辦？” 由於群臣的反對，朱允炆就成了皇位的繼承人。朱允炆上臺後，對王叔們不把他放在眼裡十分記恨。特別是力量最強大的朱棣，入朝見他竟然立而不拜，這令朱允炆十分惱火，於是他便著手作削藩準備。他先是將周王貶為平民，然後接連治代王、岷王、湘王、齊王等人的罪。接著在自己當年的伴讀老師黃子澄等人的謀劃下，派人到北京去，控制燕地的兵權，並且監督燕王的行動。
1399年7月，朱允炆走出了最為冒險的一步，他命北平左布政使張等發兵逮捕燕王，但早已做好準備的燕王把張等全部擒殺，打著“清君側”旗號起兵“靖難”，廢除“建文”年號，正式開始了靖難之役。 靖難之役共歷時4年，1402年6月，燕王朱棣兵臨南京城下，守衛京城的大將李景隆開門投降，燕王帶兵入城，在任官員四處逃竄。氣急敗壞的朱允炆下令放火燒宮，當燕王來到皇宮時，宮中已是一片火海，朱允炆不知去向，所使用的寶璽也隨他一起消失。朱允炆哪裡去了呢？ 正史記載建文帝朱允炆在宮中自焚而死。當燕王到來時，朱允炆自知 大勢無可挽回，於是便縱火自殺。《太宗實錄》說，燕王朱棣兵攻至南京城下，文武百官諸王無計可施只能前來見皇帝，朱允炆想出去迎接朱棣，想不到左右的人已全部散盡，僅有內侍太監數人而已。 朱允炆嘆道：“我何面目見耶！”於是就關了門自焚而死。 燕王朱棣當上皇帝后，在給朝鮮國王的詔書中也談到：“不期建文為權奸逼脅，閹宮自焚。” 但建文帝是否真的死於自焚，很多人表示懷疑。因為事後朱棣命令太監在火燒後的餘燼中反覆搜檢，只發現了馬皇后和太子朱文奎的遺骸，卻不見建文帝的遺骸。 史籍《太宗實錄》說朱棣是找到了建文帝的遺骸，並命令以皇帝規格舉行葬禮，但明清兩代從未有人提到在南京附近有建文帝的陵園。史籍《春明夢餘錄》談到明末有人請崇禎帝將建文帝列入祀典，崇禎嘆道：“建文無陵，從何處祭？”
20世紀30年代，明清史專家孟森就認為雖然《明實錄》記載建文帝在宮中起大火時燒死，但明代就無人相信。 清朝修撰的《明史》說“燕王遣中使出帝、後屍於火中”，這是因為康熙時朱三太子案攪得人心惶惶，因而“故有此曲筆耳”。 沒有被火燒死，那建文帝哪裡去了？孟森認為在宮中火起之前，建文帝逃出去了。 1418年，輔佐朱棣奪得天下的姚廣孝，由於年事已高不能入朝，朱棣便到慶壽寺去看望他，問姚廣孝有什麼事要他辦。姚廣孝唯獨說起僧人溥洽被關了很長時間，希望皇帝赦免他。 溥洽是建文帝的主錄僧，有人說他知道建文帝的去向，朱棣以其他事情為藉口將他關了起來。如果朱棣找到了建文帝的屍體，何必還要將溥洽關起來而追尋建文帝的蹤跡？ 《明史》中還說朱棣懷疑建文帝出走，所以派了大臣胡濙到天下各地去尋找，還派航海家鄭和下西洋，如果朱棣有建文帝的下落，何必還要遍訪10餘年呢？ 還有一種說法認為，建文帝逃出南京，到了貴州的一個寺廟當了和尚。 《明史·程濟傳》記載：“金川門啟，濟亡去。或曰帝也為僧出亡，濟從之，莫之所終。”南京城攻破而程濟失蹤了，所以人們懷疑他與建文帝一起做和尚了。 明代呂毖撰的《明朝小史》對建文帝的去向說得活靈活現，說太祖病重時，給了建文帝一個密封的小匣子，讓他只有到了危難時才可開啟。到靖難兵入城時，建文帝想起了小匣子，把它開啟，原來是和尚的一份度牒。於是他削髮披緇，從地道中逃出了。 有人認為建文帝城破前與大臣楊應能、葉希賢一起削髮為僧，法名“應文”。朱棣曾向天下寺院頒佈了《僧道度牒疏》，將所有僧人重新造冊登記，對僧人進行過總調查，目的是為了尋找出建文帝。?
從1407年起，朱棣還派胡濙以尋仙人張邋遢為名四處出巡，一找就近20年。有人指出，朱棣死後，建文帝才回到北京，迎入西內，死後葬在西山。更有人聲稱在西山找到了建文帝的墓地。 許多人認為建文帝以僧人的身份浪跡天涯，足跡遍及江蘇、浙江、四川、貴州、雲南以及緬甸等地。還有人指出建文帝曾到重慶3次，住在大竹山善慶寺裡。有人主張，建文帝出逃在近不在遠，不是在雲、貴、川、粵，而是在吳縣的穹隆山皇駕庵，1423年歿亡，葬於皇駕庵後的山坡上。 有人認為徐霞客在貴州廣順東南的白雲山間，看到建文帝手植的巨杉二株，樹西半里的古寺，是建文帝所立。也有人認為建文帝是以滇為家，在最初30多年中，為躲避朝廷追緝，他行蹤不定。 1574年，首輔張居正曾說：“先朝故老相傳言，建文帝當靖難師入城，即剃髮披緇，從間道走出。後雲遊四方，人無知者。至正統間，忽雲遊至雲南，郵壁上題詩一首。” 《明史》也說：“或雲帝由地道出亡。正統五年，有僧自雲南至廣西，詭稱建文皇帝。” 明清以來流傳的許多地方的文獻，都可說明建文帝曾在滇中、滇西留下了足跡。 建文帝出逃做和尚的說法為許多人接受，但也有學者發表了不同的見 解，他們認為為僧之說不足為信，因為當時京師內宮並無秘密地道或御溝通 往城外，所謂剃髮為僧、雲遊四方，都是民間傳說而已。 還有一種比較流行的說法，傳言建文帝曾避難泉州開元寺，並在開元寺揚帆出海，去了南洋，最終隱居印尼蘇門答臘島東海岸，過著自食其力的恬然隱居生活。當時中國去南洋的人很多，據說張士誠失敗後，他的一些部下就逃往南洋，拓荒移民。 朱棣擔心建文帝糾集當地的中國人，或者是以宗主的身份號召南洋諸國興兵，因此很不放心，特意派遣鄭和數次下西洋，一方面為了宣揚國威，另一方面為了尋找建文帝的下落。
據《明史》載： 成祖疑惠帝亡海外，欲蹤跡之，且欲耀兵異域，示中國富強。永樂三年六月，命和及其儕王景弘等通使西洋，將士卒二萬七千八百餘人，多齎金幣。 在鄭和的船隊裡，還有一部分是錦衣衛，專門負責偵緝，至於是否探知建文帝蹤跡，我們不得而知。不過，後來有人對此進行了考證，然而沒有找到更多的證據，這一說法也只能是猜測而已。 後來，江西有位專家表示他破解了建文帝失蹤之謎，並透過探究考證得出，建文帝就隱身於江西上饒三清山，並且在那裡建有自己的陵墓。他認為建文帝藏身三清山後，大規模進行三清宮等道教場所的建設，宮內一處名為“明冶山詹碧雲藏竹之所”的陵墓就是他本人墓冢。他認為此墓葬之所以取這個名字，根據讀音“竹”通“主”，實際上是暗喻讓人們來瞻仰曾經治理過大明的主人之意。 這座陵墓是三清福地除三清宮以外最大的明代古建築，位於三清宮東南側約２７０米處。一直被認為是一個全真派道士的羽化壇墓。墓冢地面水平距離縱長25米，最寬處8.55米，前後高差13.25米，氣勢恢宏，是全部用花崗岩麻石構築的仿陵園式建築。其東北側面有一塊刻有“螣岡”二字的山岩。據這位學者解釋，“螣”為“蛇”，即小龍，不僅與建文帝屬相相同，且與其即位當年為蛇年一致。另外，在三清宮前牌坊上有一副石刻對聯，傳說， 是建文帝隱身三清山時所題，聯為： 一統大明祝皇祚於百世千世萬世， 三元無極存道氣於玉清上清太清。 江西另外一名明史研究專家透過實地考察後也認為，墓葬建築風格與南京的明太祖皇孝陵十分相似，絕非普通道人可以建造。根據道教古建築景觀、摩崖石刻、石雕、楹聯、命名、民間傳說等，推斷存在建文帝及其隨從曾經在三清山一帶隱居的可能，也不排除其死後葬於三清山的可能。 建文帝究竟哪裡去了？如果說建文帝是自焚死了，的確是無法解釋史書中的種種矛盾。如果說建文帝是出逃為僧了，但大多是筆記小說所記和民間傳說，確鑿有力的證據還十分缺乏。看來這個謎案是很難解決的。