在尊皇攘夷運動中，長州藩到了生死存亡之秋，藩主毛利敬親下令招來正在隱居的高杉晉作，向其詢問退敵之策。晉作回答：“請以馬關之事任臣，臣有一策，請募有志之士創立一隊，定名曰奇兵隊，然其非專從事以奇兵，奇兵中亦有正有奇也。所謂正兵者，總奉行之兵也，對之以奇兵。”25歲的高杉晉作提出成立“奇兵隊”之建議。
成立之初，奇兵隊並非如影視作品中所表現的那樣，是一支穿著西式軍裝，裝備洋槍洋炮的特種部隊。正如高杉晉作所言，其性質終究只是相對正規軍而組建的義勇軍，不過這支義勇軍打破了日本數百年來只有武士能參軍的傳統，按照規定，無論是藩士、陪臣、雜卒甚至是平民，只要是有志者皆可加入奇兵隊。儘管奇兵隊所裝備的武器缺斤少兩，有不少還是戰國時代的舊裝備，但接納平民加入這一點卻是破天荒之舉，即使它的組建者認為這種全民總動員式的徵兵是出於某種無奈，卻在客觀上促成了革命性的變革，被後世謳歌亦無可厚非。
到了六月下旬，薩摩藩與英國爆發了薩英戰爭，這場戰爭後，薩摩藩放棄了攘夷方針，理由是他們已確定天皇不希望以武力攘夷，與此同時，薩摩藩實際掌權者島津久光與薩摩首腦經商議後，指示進京的村山齊助：必須將三條實美等四名奏議“奸人”從朝廷中剔除，使朝廷恢復正常。如京都發生混亂，須取得京都守衛隊松平容保（會津藩主，堅定的佐幕派）及稻葉正邦等人的協助。薩摩藩的轉舵使形勢開始向不利於長州的方向發展。
政變在八月十八日爆發。當天凌晨4時前，會津藩、薩摩藩、澱藩三路藩兵牢牢封鎖了皇宮六門，剛過5時便宣佈禁止三條實美等“奸人”進宮參拜。隨後，松平容保（會津藩主）、稻葉正邦（澱藩主）、池田茂正（岡山藩主）、上杉齊憲（米澤藩主）等各藩主召開會議，決定解除對長州藩堺町門的守衛，命長州藩士從京都撤離，並說若他們主動回藩，就不對長州藩予以處分。隨著三條實美等尊攘派公卿的落難，長州勢力就這樣猝不及防地被趕出京都，公武合體成了新的主流。這場政變中，合作的藩多達24個，長州已陷入孤立無援之境。