之所以說他不顯眼，一個是因為他在位時間短，前後僅五年多的時間，而且其前後的嘉靖、萬曆兩位皇帝在位時間都遠在他之上，其父明世宗朱厚熜，年號嘉靖，在位四十五年；其子明神宗朱翊鈞，年號萬曆，在位四十八年。他這區區五年夾在中間，匆匆過客一般，不過是一個轉瞬即逝的過渡。二是，朱載垕在位的這五年間裡，確實沒有什麼很值得可以標榜的功業建樹可言，且以嗜財好色多欲見稱。
恩威不測 多疑自愎的父親
明穆宗朱載垕這一輩子可以說是生不逢時，從小到大都活在父親朱厚熜端拱修玄，自私猜忌的陰影之下。
嘉靖二十一年（1542年）的“壬寅宮變”後，明世宗朱厚熜更是幽居西苑，篤通道教，祈求長生，疑神疑鬼，以更獨特、專斷的方式緊握皇權。王世貞的《嘉靖以來內閣首輔傳》中記載，明世宗是“晚年雖不御殿，而批決顧問，日無停替；故雖深居淵默，而張弛操縱，威柄不移。”《國榷》卷六十四記載：“（世宗）齋居數十年，圖廽天下於掌上，中外儼然如臨。…..以故大張弛、大封拜、大誅賞，皆出獨斷。”
為了保證權力不被竊取，朱厚熜不信任身邊的任何外臣、內官，包括自己的后妃子嗣，對一切影響自己得道成仙的行為進行嚴厲打壓，幾近病態，整個皇宮中籠罩著一片神秘、詭異、肅穆和恐怖的氣氛。
畸形的父子關係
嘉靖一朝前期大搞議禮之爭，後期崇尚方術，給明世宗朱厚熜的個人家庭也帶來了很大影響，其對待后妃和皇子一直是刻薄寡恩，他生前所冊封的三位皇后，均未善終。這些后妃給他生下的八子五女中，成活率很低，長子、五子、六子、七子、八子均早殤。為了追求長生，朱厚熜更是痴迷於虔事玄修，處於求子又恐子的矛盾心態中，這直接導致了他和皇子間畸形的倫理關係。
這些皇子中，長子朱載基由閻妃所生，在嘉靖十二年（1533年）八月十九日出生，但僅存活兩月就夭折，諡號哀衝太子。
次子朱載壑，嘉靖十五年（1536年）出生，系王貴妃所生，嘉靖十八年（1539年）被立為了太子，但在嘉靖二十八年（1549年，一說1552年，此處不做深入討論）去世，諡為莊敬皇太子。
三子朱載垕，嘉靖十六年（1537年）生由杜康妃所生，後來即帝位為穆宗，兩歲時被封為裕王。
四子朱載圳，與朱載垕同齡，僅小一個月，系盧靖妃所生，兩歲時被封為景王。嘉靖四十四年（1565年）死於安陸，諡景恭王。
《明史?儒林二》中記載，嘉靖十九年（ 1540 年）十二月時，左春房贊善羅洪先建議明世宗為年僅五歲的皇太子朱載壑文華殿講學，當時正好朱厚熜因為身體不舒服，沒有上朝，“諱言儲貳臨朝事，見洪先等疏，大怒曰：‘是料朕必不起也。’降手詔百餘言切責之，遂除三人名。”就這樣，因為猜疑大臣們認為他身體不行了，直接遷怒於羅洪先，給廢黜為民了。
嘉靖二十四年（1 545年），明世宗命禮部為十歲的皇太子擬議加冠禮。結果禮部報上去了，朱厚熜沒有準奏。一直拖到嘉靖二十八年（1549年）三月，太子已經十四歲的時候，明世宗才為他舉行了冠禮。可是在三月十五日舉行完加冠典禮兩天後，太子忽然患病，《明世宗實錄》卷三百四十六中記載“越二日，晨，興疾作，遣醫胗之不治，忽，北面拜曰：兒去矣，正坐而薨，年十有四歲。”
太子朱載壑的突然去世，確實對明世宗朱厚熜打擊很大，他開始聽信方士陶仲文的“二龍不相見”之說，視親生兒子為潛在的會危及其仙籍和皇權的敵人，刻意與其保持距離。此時，明世宗身邊就只剩下的三子朱載垕和四子朱載圳兩個兒子了。
作為在世的皇子，朱載垕按順序應該是位居皇位第一繼承人的，入主東宮，取得儲君的身份。但正在明世宗這種畸形的心理作用下，太子之事就沒有了動靜，群臣也是每有所請，遲遲不見迴音，甚至屢次發生朝臣為此被杖被囚被殺的事情，就這樣太子之位一直懸了十八年之久。
嘉靖四十四年（1565年）正月，朱載垕皇位道路上唯一競爭對手朱載圳死於藩封安陸，成為了大明帝國唯一的合法皇位候補人選。
這期間的朱載垕，何嘗不焦灼熱盼，但他卻從未得到過來自皇帝老子的父愛。相反，首當其衝的成了被忌恨的主要物件，一直處在生活苟安窘迫、命運朝夕危懼當中，明世宗不僅剝奪了他本應享有的母愛，還禍及了他的兒子朱翊鈞。
嘉靖三十三年（1554 年）正月，朱載垕的生母杜康妃去世，禮部奏請喪祭從優，但被明世宗拒絕，要求裁減。沈德符在《萬曆野獲編》中記載“嘉靖三十三年，康妃杜氏薨，則穆宗生母也。禮官請復三年喪，上不許，又引〔明太祖〕孫貴妃故事亦不從，且以避至尊，不宜重服下諭，大臣遂不敢爭，且自穆宗就裕邸後，生不得見，沒不得訣，亦可悲矣。”
後來，朱載垕的第三個兒子出生了（前兩個兒子早夭），也就是後來的明神宗朱翊鈞，對於小皇孫出生，朱載垕是不喜反憂，因為他知道父親不喜歡聽到有皇孫誕生的訊息，因此是“穆宗在潛邸，朝夕危懼。今上誕生，不敢奏聞，至兩月間不敢剪髮。一日，有宮女最喜者乘間以聞，上怒而譴之。宮中股慄，莫知所為。”（見於慎行的《谷山筆麈》卷之二）
果不其然，明世宗朱厚熜在得知訊息後，不僅不為小皇孫高興，反而認為是危及自身的禍患，異常反感。在朱國禎《皇明大事記》中記載，明世宗對這位嫡孫的出生是激發暴怒，甚至將要殺人“（裕王）邸中第一子生，入直侍郎閔如霖賀表中雲‘慶賢王之有子，賀聖主之得孫，上大怒，劍擊其疏曰，‘可斬！渠先子而後我’。降俸三級，出為南禮部尚書”。
就這樣，這位皇孫不僅沒有享受到皇族的親情待遇，也沒有自己的名字，更是連自己祖父的樣子都沒有見過，一直到朱厚熜去世後才有了自己的名字。
隆慶登基 開新除舊弊
嘉靖四十五年（1566 年）十二月，明世宗從西苑搬回到乾清宮，不久後去世，終年60 歲。裕王朱載垕即位，是為明穆宗，次年改元隆慶，嘉隆交替，一個新的時代開啟了。
《明史》中這樣評價他“穆宗在位六載，端拱寡營，躬行儉約，尚食歲省鉅萬。許俺答封貢，減賦息民主義。邊陲寧謐。繼體守文，可稱令主矣。”
朱載垕上臺後著手抓的第一件大事，就是“先朝政令不便者，皆以遺詔改之。” 在治道、政策、人事、獎懲標淮等帶根本性的重大方面，大興翻案之風。嘉靖朝“方士悉付法司治罪，方士悉付法司治罪。罷一切齋醮工作及例外採買。免明年天下田賦之半，及嘉靖四十三年以前逋賦。釋戶部主事海瑞於獄。”
這些舉措，實際上是朱載垕和大臣們在嘉靖朝時期積蓄的憤懣和共識的爆發。不過有研究認為，明穆宗雖然接受過儒家的正規教育，但缺少對治國之術的實際訓練，畢竟他的父親在世時，他壓根沒有任何的機會得以參與這種政治活動，也就意味著國家事務可以在皇帝無能或不願干預的情況下而繼續進行。
隆慶時期，首輔大臣前後更換了4次，先後是徐階、李春芳、高拱、張居正，除李春芳能力稍欠以外，其餘三人皆是雷厲風行。而高拱、張居正原本就是裕王符舊屬，與朱載垕關係更是密切。
原首輔徐階在朱載垕即位之時，輔佐制定和頒佈了嘉靖遺詔，宣佈新政，很大程度上糾正了嘉靖時期的弊政。高拱於嘉緒四十五年（1566年）入閣任大學士，後來，徐階和高拱二人關係交惡，徐階被排擠出去，高拱到隆慶五年終得爬上首輔的位置。朱國禎在《皇明大政紀》卷三十六中記載 “徐階以先朝遺老正其始，高拱以東宮舊臣厚其終，二臣性行不同，忠君斡才則一，或拿或張，並起而牧之。海內無潰池之警，虜使有渭橋之朝，此亦千載一時之盛也。”而作為高拱副手的張居正更是具有改革思想的政治家，二人在吏治改革方面，不拘一格降人才，實行能者上，庸者下，使當時腐敗的官僚系統得到了較好整治。經濟方面，努力營造良好的營商環境，打擊官吏對商人的欺壓，解決錢法不通問題，一定程度上緩解了嚴重的明朝財政危機問題。
在邊務方面，透過“隆慶和議”理順了與蒙古韃靼部俺答的關係，先是和平處理了把漢那吉事件，後與蒙古俺答封貢互市，“詔封俺答順義王”， 結束了明朝與蒙古近二百年的敵對狀態。與“北虜”問題一樣，“南倭”問題也是嘉靖時遺留下來的一大禍患，到了隆慶時期，朝中要求開禁通商的呼聲漸漸多起來，隆慶元年（1572年），“福建巡撫都御史涂澤民請開海禁，準販東西二洋”獲得批准，雖然是一小範圍的放開，但隆慶開關之後，使得中國東南沿海各地的民間海外貿易開始進入了一個新時期。
可以說，隆慶時期是一個廢弛日甚而又初行改革的時期，一系列政治舉措為萬曆初期的穩定、繁榮奠定了一定的基礎，這其中，各種矛盾交織而又面臨著新的轉機。
壓抑後的放縱 遊幸無度早崩逝
從長期壓抑恐懼到登基坐了皇帝，驟得皇位重權，巨大的落差變化，使朱載垕這位受盡父皇壓制近三十年的新君心理上一下子發生了巨大變化，這時的朱載垕好似爬出了沉淵，掙脫了枷鎖。與其父朱厚熜登基後搞起無休止的議禮之爭、玩弄群臣於股掌間相反，明穆宗朱載垕卻是甘願庸碌無為，對朝政不予過問，放手交與閣臣，對自己則是肆意放縱。就像《明史》中評價的“端拱寡營，躬行儉約”，其是多為粉飾之言，其更多的是整個隆慶年間，他不但免朝聽政，即便是突然視朝一次也“臨朝無所事事”。
這時的朱載垕從一種病態變成了另一種病態，雖然在政事上形同木偶，但在個人私慾上開始追求宮闔之樂。《國榷》卷六十六中記載“上初在裕邸，姬御甚稀，自即位以來，稍好內，掖廷充斥矣。”也就是說，朱載垕在當年身為裕王時，身邊妃子沒有幾人，但自從當了皇帝之後，儼然就是個色迷。在其登基之後，就力排眾議，先忙活著到江南遴選年輕貌美女子入宮，引發民間“拉郎配”的風潮。由於好色，朱載垕不得不長期服用春藥來支撐，以繼續縱情淫樂，身體也是每況欲下。根據《明穆宗實錄》中的記載，其在位後兩年的半的時間裡，大量封授嬪妃，頻頻臨幸宮內婦人，甚至在臨終之前，仍不忘下詔冊立妃子。隆慶六年（1572年），長期服用媚藥的朱載垕終於一病不起，直到五月二十六日逝世。
而且為了滿足私慾，朱載垕也是貪財好貨。或許是因為之前在裕王府時的生活窘境對其造成了巨大的心理陰影，即位後的他“窮人乍富”般的揮霍無度，向各部院索取財物，“買玉買珠，傳帖屢下。”各類寶玉石、漆器、瓷器、絲綿無不大量增加。而對於言官的上疏，朱載垕則認為是“惡言訕上”，或讓錦衣衛杖責下獄，或者是革職削籍。
嘉靖時期，方士居於皇帝身邊，恩寵不已。而到了隆慶時期，方士被逐，宦官又捲土重來。朱載垕視宦官勢力為可親可靠之人，在對前朝宦官黃錦加封之後，後來還蔭封其侄為錦衣衛指揮同知、世襲。其餘王本、馮保等人及其子弟，也分別獲得了不同提拔和照顧。除了加恩之外，還命宦官為其四處採辦貢物，插手軍政事務。得虧隆慶一朝時間短暫，這些得寵宦官未能實際攫取到軍政大權，否則能否重蹈王振、汪直、劉瑾等人覆轍，真不好說。另外，也是因為朱載垕只是追求個人享受的滿足，本人懶於政事，軍政大權還是下移至內閣手中，宦官們多是代帝聚斂為主，一時無法奪取權力中樞。
綜述
除了隆慶開關、隆慶和議等改革之舉外，朱載垕並沒有什麼值得標榜的地方，即便是這些“雄才偉略”也是在一批通事務之臣努力下的結果。在改革面前，作為一個庸碌無為的昏饋之君，朱載垕算是“無為而靜治”，依託身邊的一批屬任大臣，推動大明帝國走到了或興或衰的交叉口。