醫學院的排名素有：“南湘雅、北協和、東齊魯、西華西”之說。但這種排名在這個時代已經過去，現在各大醫科學院紛紛併入各大高校，每個高校都在努力發展自己醫學院的水準，全國上下整體的醫學院水平也在不斷上升。
985、211高校的醫學院校排名主要看國家的投入、高校的級別和高校的檔次。被國家政府確立為重點發展和扶持的985和211醫學名校，每年得到的支援力度最大的是一流的教師、一流的裝置數、數百億的資金投入。
目前全國綜合實力排名前10的醫學院校是：
①上海交通大學醫學院；
②復旦大學上海醫學院；
③北京大學醫學部；
④北京協和醫學院；
⑤首都醫科大學
⑥浙江大學醫學部
⑦華中科技大學同濟醫學院；
⑧中山大學中山醫學院；
⑨四川大學華西醫學中心；
⑩中南大學湘雅醫學院
醫學院校學科跨度大，學科水平差異較大，建議重點參考學科排名。如果能夠選擇頭部985，可以首選院校，其它情況下建議首選學科排名做依據。
上海交大醫學院排名全國第一，無愧於醫學界的龍頭老大。
第四輪學科評估，上海交通大學醫學院有兩個學科獲評A+，分別是臨床醫學、生物學。同時基礎醫學獲評A-。在ESI全球醫學學科排名中，2011-2020年連續10年榮獲全國排名第一。
上海交大醫學部的臨床醫學、藥理學與毒理學、生物學與生物化學、分子生物學與遺傳學、神經科學與行為科學、免疫學、微生物學等7個學科躋身全球研究機構前1%，臨床醫學學科躋身全球研究機構前0.2‰。實力非常雄厚，國內很多高校的醫學院都無法與它相對並論。
上海交大醫學院和復旦大學上海醫學院原來的實力是差不多的，高考錄取分數線也接近。從歷史角度分析，復旦是好一些，因為復旦醫學院是部屬醫學院（衛生部管轄），交大隻是地方醫學院（上海市管轄），但現在交大醫學院實力上升很快，已經完全超越了復旦醫學院，這與上海市政府的支援密不可分。
上海交大醫學院的臨床醫學目前在中國是NO 1；如果是搞科研，復旦醫學院似乎更好一點。上海的一流三級甲等基本上被上海交大醫學院和復旦醫學院瓜分，從這2所醫學院畢業的學生，每年早早就被大醫院搶光！