隆慶六年（1572年），萬曆皇帝登基後，因為李太后與司禮監太監馮保的支援，張居正代高拱為首輔。當時明神宗朱翊鈞年幼，一切軍政大事均由張居正主持裁決。張居正在任內閣首輔十年中，實行了一系列改革措施。財政上清仗田地，推行“一條鞭法”，總括賦、役，皆以銀繳，"太倉粟可支十年，周寺積金， 至四百餘萬"。
軍事上任用戚繼光、李成梁等名將鎮北邊，用凌雲翼、殷正茂等平定西南叛亂。吏治上實行綜核名實，採取“考成法”考核各級官吏，“雖萬里外，朝下而夕奉行”，政體為之肅然。這就是明朝歷史上赫赫有名的萬曆新政。然而在萬曆新政改革下，大明朝一文一武的兩位傑出人才海瑞和戚繼光卻有著截然不同的境遇。
首先來說海瑞，海瑞（1514年1月22日－1587年11月13日），字汝賢，號剛峰，海南瓊山（今海口市）人。明朝著名清官。海瑞一生，經歷了正德、嘉靖、隆慶、萬曆四朝。嘉靖二十八年（1549年）海瑞參加鄉試中舉，初任福建南平教渝，後升浙江淳安和江西興國知縣，推行清丈、平賦稅，並屢平冤假錯案，打擊貪官汙吏，深得民心。歷任州判官、戶部主事、兵部主事、尚寶丞、兩京左右通政、右僉都御史等職。
他打擊豪強，疏浚河道，修築水利工程，力主嚴懲貪官汙吏，禁止徇私受賄，並推行一條鞭法，強令貪官汙吏退田還民，遂有“海青天”之譽。這對於張居正來說應該是不可多得的人才，一個連皇帝都敢死諫之人應該是推動張居正改革的最有力的臂膀。可是事實上，張居正主持國政，命令巡按御史考察海瑞。御史到山中審察，海瑞殺雞做菜招待御史，房屋居舍冷清簡陋，御史嘆息而去。張居正懼怕海瑞嚴峻剛直，中外官員多次推薦，最終也不任用。
海青天：海瑞
抗倭名將戚繼光的境遇則是另一番光景。戚繼光（1528年11月12日－1588年1月5日），字元敬，號南塘，晚號孟諸，卒諡武毅。漢族，山東蓬萊人（一說祖籍安徽定遠，生於山東濟寧微山縣魯橋鎮） 。明朝抗倭名將，傑出的軍事家、書法家、詩人、民族英雄。
戚繼光發跡於平倭戰爭，也同樣是這場戰爭使得精明練達的張居正認識並提拔他，而後戚繼光調入遼東，為薊遼總督，鎮關外，保京師。張居正對於戚繼光的幫助不僅僅體現在賞識與提拔上，更多的是政策上的支援。戚繼光從浙江調到薊遼總兵的位子上。沒多久就跑到內閣找張居正發牢騷，說薊遼的兵沒法帶。其因是明代的兵役制。所有的兵都是世襲的，老子退下來兒子頂替，這叫本兵制。
因為是世襲，鐵飯碗，幹好幹壞一個樣。所以本兵大都吊兒郎當。平時也不訓練，打仗時就潰不成軍。張居正深知本兵制的弊端，於是鼓勵戚繼光訓練一支新軍。所以說張居正的改革是從隆慶四年的兵部開始，從戚繼光開始。
當時他支援戚繼光，從極為艱難的朝廷財政中擠出軍費來，讓戚繼光從浙江招募五千人，訓練新軍。相對於本兵，這支部隊叫客兵。也叫“浙兵”。就這樣，戚繼光在張居正的支援下，組建並訓練出一支快速反應部隊，能夠勝任拱衛京師的任務，並給疲疲沓沓的本兵起到示範作用。
這裡面還有一個問題，就是軍政首腦的關係處理，當時的總兵是部隊一把手，他上面還有一個總督。總督既是地方行政長官，又領導總兵。過去只要總督和總兵產生矛盾，朝廷一定是撤換總兵，而不會換總督。張居正不一樣，當戚繼光這個總兵和總督產生矛盾以後，撤換的都是總督。
而且每一個總督上任，張居正都會找他談話，要他支援戚繼光的工作。戚繼光當了十三年的薊遼總兵，薊遼沒有發生一次戰爭，蒙古也沒有一次進犯，這既是戚繼光的功勞，也是張居正知人善任的功勞。張居正不提倡頻繁地換幹部，各地的封疆大吏、總兵，他提倡久任制。
當然，久任並不等於不升官。你在一個地方幹久了，有了政績了，就給你升官。比如說，你還是一個四品的總兵，但給你掛一個兵部左侍郎的銜，不是變成二品的官員了嗎？象遼寧總兵李成梁，因為屢立戰功，張居正就力主給他封侯，這都是張居正用人的智慧。
張居正與戚繼光的關係，是萬曆時期官場的一個健康標本。兩人心心相印，但沒有一點私情。戚繼光有一個愛好，喜歡吃豬頭肉，每次過春節的時候，張居正就在北京把豬頭肉做好，派人送到薊遼總兵行轅。戚繼光收到豬頭肉，就拿去和將士們一起分享。
不管別人怎麼攻擊戚繼光，張居正始終對他信任有加，長久對他委以重任；但是，不管別人怎麼向張居正推薦海瑞，他堅決不用。戚繼光與海瑞，都是晚明時期的名傾朝野的重要人物。張居正對他們的態度，可是絕然不同。
萬曆首輔：張居正
造成海瑞戚繼光兩種不同境遇的原因在於張居正德用人理念：重用循吏，慎用清流。張居正用人時，打破了君子與小人的界限。總結他用人的經驗，最核心的一點就是重用循吏，慎用清流。循吏，就是腦子一根筋，只想把事情做好，把事功放在第一位，而不會有道德上的約束；清流則不同，總是把道德放在第一，說得多，辦成的事兒少。
對這兩種人取捨，張居正明顯偏向於清流，他的態度很鮮明。張居正作為明代見識和能力首屈一指的政治家，其在政壇上爐火純青的權術，在封建官場中要幹大事，僅僅憑道德的力量是遠遠不夠的，對這點張居正深有體會，他在官場上的發達已證明了要有大的作為，是不能保持個人品德的高潔，有時還得不擇手段，自汙名節。
對張居正的品行，史家一向評價不高。奸臣嚴嵩當政時，“嵩亦器居正”。徐階代替嚴嵩為首輔後，同樣“傾心委居正”，這左右逢源的水平可不是一般人能達到的。高拱秉權後，“兩人益相密”。可是高拱是橫亙在他面前的石頭，不扳倒高，他不可能成為首輔。
於是他又私下裡結交司禮秉筆太監馮保。“神宗即位（萬曆帝），保以兩宮詔旨逐拱，事具拱傳，居正遂代拱為首輔。” 可見，張居正的政治品德實在不怎麼樣，怎樣對自己有利他就怎樣幹，毫不在乎什麼名節。在個人的私德上，他也做得不怎麼樣。他好色縱慾，因為常服春藥，大冬天都滿腦袋冒熱氣，不能戴帽子。
父親死了後，為了權柄不落入他手，和馮保共同策劃，促使皇帝下達了“奪情”的旨意，在父喪期間依然緊握手中大權。明代是非常推崇孝道的，士大夫在父母喪後，必須丁憂三年。而且他也不清廉，屬下的官員賄賂他的財物不計其數。張居正以帝王師的身份為首輔，權傾天下。而海瑞在官場卻是空前的寂寞，作為以耿直忠貞之名聞於天下的道德楷模，海瑞的作用僅僅是個符號，他在政壇沒有朋友，更不可能有黨徒，自己的政治抱負沒有實現的平臺。
張居正因為害怕海瑞的“峭直”，儘管面對輿論高度地推崇海瑞，但是就是不重用他。為此後人很是詬病張居正，認為他心胸狹窄，嫉妒海瑞，拼命地打壓海瑞。 就這樣一個公德和私德一無是處的人，卻是奠定大明短暫中興的大政治家。他推行的“一條鞭法”，在中國歷史上有著劃時代的意義。