拖雷系雖然短暫地抵禦了西北汗國的偷襲，但忽必烈卻犯了一個連他自己都不可能饒恕的錯誤：未能明察秋毫到拖雷系后王本身的
內訌
。忽必烈攘奪汗位，不僅阿里不哥諸子孫口咽惡氣，蒙哥后王也忍氣吞聲。而忽必烈時而流露的吝嗇和猜疑及不公，其異母弟后王也滿腹牢騷。忽必烈已埋下內江的種子。至元十三年（
1276年）夏，那木罕、安童及各諸王在伊犁河邊度夏並圍獵。安童分撥軍餉時惹怒了脫黑帖木兒，由此點燃了內江的導火線。脫黑帖木兒以勇敢和善射著名，作戰時他的白馬格外引人注目。
他從不騎常人掩飾受傷的暗色馬，他認為馬和騎士的血點染自己，就像婦女以硃紅裝飾面容一樣美。性情暴躁的脫黑帖木兒不滿意於忽必烈指定給他的分封，藉口軍餉的不公挑逗昔裡吉：
“汗位本屬於你，忽必烈汗卻一再侮辱我們。”昔裡吉目迷心眩了，作為蒙哥的兒子，比篡奪帝位的忽必烈不是更有稱帝的權力嗎？怦然心動的昔裡吉叩開內江的第一扇大門。經過密謀，他們劫捕了那木罕、闊闊出與安童，沿著幻想的道路將忽必烈的兩個兒子送往欽察汗忙哥帖木兒的帳殿，而將安童作為禮物送致海都，企圖取得其他三系的支援。
當海都獲悉他們推舉的大汗不是自己時，受辱感使他厭惡這種合作。脫黑帖木兒、昔裡吉碰了軟釘子後，脅迫撒裡蠻等引軍東竄和林。忽必烈正聚精會神進攻南宋，昔裡吉的叛亂使他感到西北的威脅空前嚴重，他寧願鬆懈對南宋的征服，也不想喪失蒙古本土。忽必烈匆忙地派李庭領軍北上，急令南征的大將阿術西巡，驛召重臣相威帥軍鎮守西土，火速撤還江南的蒙軍主力和駐高麗軍，由最優秀的大將伯顏率領前往和林撲滅叛火。伯顏乘敵懈怠，突襲昔裡吉，奪回被捕的大帳，將昔裡吉逼退到海都的領地也兒的石河。
至元十六年（
1279年），盤踞了吉利吉思的撒黑帖木兒再犯和林，漢將劉國傑—一後來向忽必烈誇海口“爪哇指末物”的大將，卻輕騎襲攜了他的輔重。撒黑帖木兒撤兵，請援昔裡吉，遭拒絕後他轉奉撒裡蠻為大汗，但這只不過是他一人心目中的大汗而已，蒙古地區又陷人成吉思汗興起之前的可怕混亂狀態。遭到眾怒的撒黑帖木兒被軍隊拋棄，被昔裡吉擒殺，昔裡吉叩開內證的第二扇大門。撒裡蠻靠山傾倒，勢單力孤，投附昔裡吉。昔裡吉仍目迷於汗位，將他作為人質送往欽察汗國，途中撒裡蠻被部屬們劫回，於是重新糾集軍隊，攻奪昔裡吉箱重。昔裡吉在引軍還戰時，其士卒又戲劇性地臨陣倒戈，反被撒裡蠻擒獲。支援昔裡吉的藥木忽兒率軍援救，其軍也臨陣釋仗投降，本人也被俘獲，但他重賄斡赤斤后王，斡赤斤后王突襲撒裡蠻。撒裡蠻帶著妻子單騎逃亡，投降忽必烈。
這場眼花繚亂、翻雲覆雨的內江戰爭延綿了六年。北邊的斡亦刺部、應昌的弘吉刺部及河西、六盤山等地起兵應叛，西竄東擾，忽必烈十分慶幸海都還堅持大汗正位只能流傳於窩闊臺系，不然海都與蒙哥、阿里不哥后王聯兵，歷史被重寫的機率無疑會直線上升。忽必烈各個擊潰各支叛軍後，大加禮遇了撒裡蠻。結果，昔裡吉叩開了最後一扇大門：天國之門。藥木忽兒投附欽察汗國，明理帖木兒則降服於海都。
內江戰爭饋贈給忽必烈的最大惡果不僅是永遠喪失了阿力麻裡，且防線被迫收縮到別失八里，也就是說他企圖扼控其他汗國，重新確立自己蒙古人大汗地位的希望像泡影般破滅了，而且還不得不傾全力，將帝國的最精銳部隊擺放在這一條漫長而又人煙稀少的荒涼防線上。軍事負擔的沉重可想而知，它不僅消蝕了忽必烈帝國的國力，蛀蝕了忽必烈的海外夢想，也同時助長了忽必烈斂財的慾望，嚴重地攪混了帝國的政局。