一直以來，針對石達開敗亡的原因，學術界基本上認定為西征戰略的失誤和偏師西進的被動。然而，還有一個很重要的原因一直被世人所忽略，那就是石達開西征部隊中的雜牌花旗軍，這顆雜牌軍的定時炸彈最後終於爆炸將石達開的西征炸得血肉模糊。
1864年7月，天京陷落後，忠王李秀成被俘。李秀成寫下了長達數萬字的《李秀成自述》（原稿為《李秀成供狀》），李秀成在《自述》中痛陳了導致太平天國滅亡的三大禍害，“我天國壞者一是李昭壽，二是招得張樂行之害，三是廣東招來這幫兵害起。”（《中國近代史叢刊·太平天國》卷二）
李秀成在《自述》中所稱的第三害指的就是廣東的花旗軍。
那麼，花旗軍作為太平天國的盟軍，為何成為太平天國滅亡的禍害了呢？這得從石達開西征時說起。
花旗軍特指太平天國運動時期廣東的天地會隊伍，太平天國在金田舉起義旗之後，廣東的天地會也紛紛響應。於是有不少天地會隊伍加入太平天國，但這些隊伍加入之後依然打著天地會的旗號，由於天地會堂口太多，於是旗幟也五花八門，統稱為花旗軍。
對於花旗軍的性質，左宗棠在上奏清政府的奏摺中說：“花旗賊，此股系廣東無賴匪徒，前年（1861年）由廣東、湖南、江西入浙、皖者也。”
花旗軍作為一支獨特的隊伍加入太平軍作戰，主要是在石達開西征之時。而這一股花旗軍的加入，也為石達開的敗亡埋下了禍根，這也是為什麼李秀成在《自述》中將其稱之為第三大禍害的原因。
1856年，石達開從安慶撤出，率領手下數千人轉戰江西，藉以牽制曾國藩主力。在江西轉戰時，石達開收納了大批廣東花旗軍，這些隊伍的加入讓石達開解決了兵力不足的問題。對於石達開在江西招納大批花旗軍，當時的兩廣總督毛鴻賓在給清政府的奏摺中是這樣記錄的：
“探報金陵逆賊偽侍王李世賢分大股上竄，其前隊廣東花旗股匪已由浙繞越江西之廣豐、玉山，浙及撫州、建昌地界。查咸豐六年廣東洪匪大股數十萬人竄擾吉安等處，會石達開至臨江勾結其眾，另編花旗股匪，肆擾多年”。（《剿平粵匪方略》卷369）
石達開在江西招納數萬（毛鴻賓奏摺中的數十萬並沒有那麼多，願意加入石達開隊伍的花旗軍不過幾萬人）花旗軍。石達開從安慶到江西不過數千人馬，花旗軍的補充解決了石達開兵力不足的問題。
但石達開在收納這批花旗軍時，卻沒有按照太平天國早期一樣對這些隊伍進行收編，全部融入到太平軍隊伍裡，而是讓這些隊伍保持著原來的組織和旗號。
石達開難道不知道這樣做的後果嗎？顯然是知道的，但此時的石達開亟需花旗軍勢力的幫助，再加上這股花旗軍“獷悍不可制”，石達開“乃陽令示以羈縻，令其自樹一幟於江、皖間”，“藉以牽制官兵”（夏燮《粵氛紀事》）
花旗軍對石達開西征造成的三大致命危害：
一是敗壞了太平軍鐵一般的軍紀，使得軍隊戰鬥力下降
這一支花旗軍實力較大，為石達開解決了西征兵馬的不足，而且此時石達開已經離開天京屬於孤軍奮戰。花旗軍名為歸順，實際上與相互合作差不多，花旗軍尾大不掉，石達開為長遠利益著想不得不牽就這些雜牌軍。
花旗軍對石達開隊伍的敗壞由此開始，花旗軍軍紀渙散，自由散漫破壞了太平軍鐵一般的紀律。忠王李秀成在談及太平軍的軍紀時，曾言道：“安民者出一嚴令，凡安民家安民，何官何兵無令敢入民房者斬不赦，左腳踏入民家門口者斬左腳，右腳踏入民家門口者斬右腳”李秀成又指出，導致軍紀敗壞的人，除了李昭壽、楊輔清等人外，天地會的花旗軍也是一大禍害，太平軍的軍紀就是由這些人敗壞的。（原文：“害民者，實這等人害也”）
一支沒有紀律的隊伍會是什麼隊伍呢？這樣的隊伍能夠打敗兇狠的敵人嗎？顯而易見，石達開雖擁有十多萬人馬，但大部分的雜牌花旗軍臨陣逃跑、貪生怕死的行為讓戰機一失再失，想不敗都難。
二是直接害死了石達開精銳大將，導致隊伍離心潰散
在前幾篇文章中，筆者都有提及石達開在廣西隊伍離散的問題，石達開在廣西隊伍發生三次大的離散。這三次大的隊伍離散除了戰略失誤，進軍失策外，一個很重要的原因就是花旗軍的反叛。
花旗軍的反叛直接導致了石達開精銳先鋒軍陶金湯的慘敗，接著石達開猛將石鎮吉部又因為花旗軍的內訌，為了利益相互攻殺，導致石鎮吉被當地土司抓住殺害。石達開入廣西的精銳先鋒大將損失大半，精銳的老廣西兵三萬人幾乎全軍覆沒。石達開曾以殺止叛，但到後期這種方法也收效甚微。最好的證明是1857年底，石達開在江西接納了劉遠達的天地會萬餘人，但由於後來劉遠達的隊伍軍紀極差，劉遠達又私受連州土司賄賂被石達開部下石國宗處死，於是劉遠達部群起報復，數萬人離開隊伍。清人在《寇汀紀略》中記載：“逆黨從此離心”，曾國藩一針見血地指出：“察看入閩出閩之賊，勢亂而無紀，氣散而不整，回不似石逆當年情形”（《陳明石逆情形片》，《曾國藩全集》奏稿卷10）
三是燒殺搶掠喪失了民心，使得隊伍無法在群眾中立足
石達開西征之時，形勢已經今非昔比了。花旗軍中的天地會分子，大多抱著打仗發財的態度加入太平軍。一旦軍紀敗壞，這些人便本性暴露，燒殺擄掠比清軍還殘忍。
石達開轉戰江西時，期初花旗軍還是比較能夠守規矩保持軍紀的。但隨著石達開在湖南等地接連失敗時，花旗軍就開始各種燒殺擄掠，甚至將村民的房屋拆毀把木料拿來燒火做飯。這種行為不僅帶壞了太平軍將士，更讓石達開失去了群眾基礎，無法在群眾中立足。
這就是為什麼石達開在廣西入楚不能，入湘不敢，回廣西無處立足的重要原因之一。正如曾國藩指出的那樣，此時的石達開已經不復當年的情形了，精兵猛將已經喪失殆盡，被動挨打已成定局。