由於在合眾最熱的地方，沙漠地帶度假地，前不久發現了地下的巨神遺蹟，為了去解開這個古代謎團，有著各自目標而進行冒險的小智和小豪，將目的地轉向了合眾地區。正如小智們所料，在遺蹟中巨神的真面目，實際上就是寶可夢。
對戰雙方：
攻擊方：因為不同目的，來到巨神遺蹟的5個人，分別是探究巨神奧秘的小智與小豪，遺蹟發掘調查團團長，喜歡冒險的綺拉，被異色寶可夢吸引而來的異色收藏夾卡拉巴利。這5人為收服巨神，共拿出10只寶可夢。
反擊方：被稱為巨神的寶可夢——泥偶巨人。
普通泥偶巨人的高度是2.8米，而在遺蹟中發現的，被稱作巨神的泥偶巨人，身高超過了5米。泥偶巨人是魔像小精靈，地面+幽靈系，據說是古代人作為勞動力發明出來的，對主人的命令絕對服從。
古代遺蹟碑文的內容：泥偶巨人是古代人制作出來的都市防禦系統，醒來的時候，就是他戰鬥的時候，會攻擊眼前的任何東西。而且他還會究極攻擊，也就是巨神的身體發出光芒，把所有敵人都燒光。
對戰陣容：
小智的快龍+皮卡丘；小豪的炎兔兒+大針蜂+達摩狒狒；綺拉的瑪沙那+勇士雄鷹；團長的燭光靈+燭火精靈；卡拉巴利的藍色可達鴨。
小智的皮卡丘以“十萬伏特”首先進行攻擊，但是電系對地面系根本沒有，即使再使用鋼系的“鋼鐵尾巴”也毫不顧管用，反被泥偶巨人一撞擊而失去戰鬥能力。
見狀，小豪的炎兔兒來一記二連踢，然而，普通攻擊對幽靈系沒效果，炎兔兒不服氣，硬是給泥偶巨人來了一連串踢打，卻被泥偶巨人輕鬆彈開，又失去一戰鬥力。
緊接著，燭火靈的火焰漩渦，瑪沙那的精神衝擊，以及可達鴨的水泡一齊泥偶巨人，卻都被他輕易將攻擊彈開，順便讓這些發動攻擊的寶可夢相繼失去戰鬥能力。
第一波，就這樣英勇就義了，接下來是第二波攻擊。
小智派出快龍使用龍爪，小豪叫出大針蜂使用雙針，卻都被輕鬆躲過，綺拉請出勇士雄鷹使用空氣斬，團長換上燭火精靈使用烈焰濺射。可惜，一切攻擊對泥偶巨人都沒有效果，反而讓他變形，準備用究極攻擊，將眼前的敵人一網打盡。
為了不讓泥偶巨人失去究極攻擊，小智和小豪合作，讓達摩狒狒使出過熱，而快龍使用暴風，一起攻擊泥偶巨人。最後，巨神因為受到合攻的傷害，而再次變形，小豪則乘機收服了泥偶巨人。
經過5個人的10只寶可夢齊心協力，得以收服泥偶巨人，所謂是皆大歡喜，當然快龍和達摩狒狒功不可沒。只不過，在之前動畫中，一向是小智搶風頭的，這次卻換作小豪收服了泥偶巨人，不免讓人覺得有些失望。
其主要原因呢，還是覺得小智的主角光環，相對於前幾部，有些黯淡了。畢竟，咱們都看了20年的《精靈寶可夢》，也習慣了小智做第一男主角，理所當然認為，所有出風頭的事情，該由小智來做。
不過呢，泥偶巨人被帶回櫻木研究所以後，他就像櫻木公園的守護神一樣，守護著整個莊園的寶可夢們，至於他是誰收服的，貌似也沒那麼重要。
以上，就是小智和小豪，在合眾地區，與眾人合作，收服泥偶巨人的故事內容了。最後，關於小智和小豪，誰才是新《精靈寶可夢》的第一男主角，你有怎樣的看法呢？