新聞哥:解讀諾貝爾化學獎成果: “抓拍”生命分子的高畫質照片

新聞哥:解讀諾貝爾化學獎成果: “抓拍”生命分子的高畫質照片

  新華社北京10月4日電(記者王豔紅)在生物體內,無數複雜分子不斷地運動著,形成又拆解、結合又分離,透過這些過程來實現各種生理功能。如果能任意“抓拍”高畫質照片、看清某個分子在特定瞬間的模樣,將使我們更深入地理解生命如何運作。

  近幾年來迅速竄紅的低溫冷凍電子顯微術(Cryo—EM)就是這樣一種“抓拍”手段。2017年諾貝爾化學獎的三位獲獎者對該技術的發展作出了關鍵貢獻。

  生物分子的功能很大程度上取決於它們的結構,不清楚一個分子的三維結構,就不能算是瞭解它。但是,用來觀測的波長決定了可觀測的尺度。可見光的波長比分子尺寸大很多,因此光學顯微鏡在這方面無用武之地,好比量腰圍的軟尺量不出頭髮絲的粗細。

  過去約一百年來,對生物分子結構的研究主要依賴於X射線晶體學,即透過X射線在晶體裡的衍射情況推斷原子在空間裡的排列,這項技術曾揭示了DNA雙螺旋等諸多重要結構。

  X射線波長較短,成像可以達到很高的解析度,但它只能分析晶體——分子必須在空間中整齊有序地排列,才能形成衍射圖樣。生物體內的很多大分子難以結晶,沒法讓它們“列隊擺拍”;還有些分子雖然能結晶,但要先改頭換面一下才行,拍不到它們的“工作照”,而科學家感興趣的正是分子在生物體內溶液中活躍運作的樣子。

  於是,人們把目光轉向了另一種高精度觀察工具——電子顯微鏡。

  電子顯微鏡利用原子對電子的散射來揭示物質結構,電子能量越高、速度越快,“尺子”的刻度越精細。但電子束會破壞生物細胞和分子,而生物材料在電子顯微鏡下的成像能力差,即使用最強力的電子束透射,影象對比度也很低。這就需要在樣本製備和操作上想辦法,儘量減少電子束帶來的破壞、增強對比度。

  20世紀80年代初,工作於歐洲分子生物學實驗室的雅克·杜博歇提出了“急速冷卻”方案,奠定了低溫冷凍電子顯微術樣本製備與觀察的基本技術手段。冷凍可以對樣本起到保護作用,但通常的冷凍過程中,樣本里的水會結成冰晶,可能使物質結構發生改變。更重要的是,冰晶會“喧賓奪主”,使電子發生強烈衍射,干擾觀測。杜博歇用液氮對生物大分子溶液薄膜進行瞬間冷凍,使水來不及結晶而是形成無定形的“玻璃態”,就不會產生衍射。

  電子顯微鏡觀測的樣本通常是隻含一層分子的薄膜,可以視為二維的。對大量散佈的同一種分子拍攝二維影象,再把這些影象整合起來,就可以得到該分子的三維影象。20世紀70年代,在紐約沃茲沃思研究中心工作的約阿希姆·弗蘭克開始進行這種“三維重構”的理論研究,開發出了多種數學工具和影象處理方法。

  1990年,英國劍橋分子生物學實驗室的理查德·亨德森小組報告了他們對一種色素蛋白進行的三維重構,這項成果是低溫冷凍電子顯微術的重要里程碑,證明“冷凍樣本-二維成像-三維重構”的確可以得到高解析度的三維影象。它標誌著一種研究生物大分子結構的新方法已經成形,其思路與X射線晶體學迥異,可以給生物體內溶液中、處於工作狀態的分子“抓拍”快照。

  不過此後相當長時間裡,低溫冷凍電子顯微術的精度都不太高,無法與X射線晶體學相比。這裡既有觀測手段的原因,也有計算機發展水平的限制。

  近幾年來,傳統的電子顯微術照相機被可以直接檢測電子的裝置取代,解決了影象轉換導致細節丟失的問題,這個重大進展也是亨德森的貢獻。輔以新的高解析度影象處理演算法,以及突飛猛進的計算機運算能力,低溫冷凍電子顯微術的“高畫質時代”終於來臨,例如2016年釋出的穀氨酸脫氫酶結構,解析度達到了1.8埃(1埃等於10的負10次方米)。

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