在納卡衝突的停火協議達成之後，亞美尼亞國內傳出訊息稱，亞塞拜然除了要求割讓大片領土外，還要求對近30年的“非法佔領損失”進行賠償，根據之前亞塞拜然方面的統計，這一賠償款項高達500多億美元，亞美尼亞國內的反對派呼籲，簽署不平等條約的帕希尼揚當局必須立即下臺，避免亞美尼亞人子子孫孫都要償還這筆巨資，然而帕希尼揚卻拒絕下臺，反而還將戰敗的責任歸咎於俄羅斯“見死不救”，以及之前近30年亞美尼亞人的“鬆懈”上，認為這才是導致亞美尼亞戰敗的真正原因，自己不應當為戰敗負責。
就在亞美尼亞國內混亂不堪之際，據亞塞拜然新聞網11月18日報道，阿總統阿利耶夫正式要求亞美尼亞對納卡境內“基礎設施遭到破壞”進行賠償。他指出，亞美尼亞軍隊在撤退的時候，摧毀了所有的基礎設施，包括房屋、水電廠，甚至連樹木都伐光帶走，亞塞拜然將在國際法庭上提供訴訟，要求亞美尼亞對此照單賠償。巴庫方面已經要求國際機構和相關專家統計損失的具體情況，並將向亞塞拜然就過去30年的所作所為進行索賠。
然而對於亞塞拜然的索賠，亞美尼亞的態度卻十分強硬，就是“要錢沒有”！實際上，亞美尼亞總人口也不過300多萬人，全國的GDP也只有124億美元，如果亞塞拜然真索要500多億美元的賠償，那麼就算賣了亞美尼亞也還不上，因此雖然亞塞拜然提出索賠的要求，但是亞美尼亞肯定不會同意，該國的強硬派已經對停火協議十分不滿，甚至策劃兵變推翻帕希尼揚，揚言要繼續和亞塞拜然開戰，拒絕承認戰場上的“暫時失利”，對此亞塞拜然方面則警告稱，如果拒絕賠償的話，那麼衝突不排除再次爆發。
據介紹，11月10日，由於戰場上的形勢已經一邊倒，在亞美尼亞軍方的直接建議下，帕希尼揚終於同意了停火協議，在俄羅斯的主導之下，兩國同意就此停戰，但是協議卻對亞美尼亞十分不利，該國失去了納卡大部分領土，還要撤走大批亞美尼亞居民，此外亞塞拜然還保留了索賠的權利。軍事專家認為，實際上這就是一份21世紀的不平等條約，再次讓外界認清了“落後就要捱打”的殘酷現實。