這是由於歷史原因及國際政治形勢壓力造成的，本來印尼在歷史上也沒有形成過統一的國家，在西方殖民之前都是一些分散的封建制國家在統治各個島嶼。一直到1945年日本投降後，印尼國內民族意識覺醒才成立了印度尼西亞共和國，雖然後來又和原本殖民國家荷蘭鬥爭了好幾年，但是經過印尼國內的不斷鬥爭，終於在1950年印尼成為聯合國第60個成員國。至於東帝汶的獨立要從東帝汶所在的帝汶島的殖民統治歷史說起：
一、荷蘭和葡萄牙兩個殖民帝國導致帝汶島分裂成為東帝汶和西帝汶。
在西方大航海時代開啟之後，各個殖民國家都積極出去尋找資源，像香料、黃金、白銀等等。葡萄牙也是如此，葡萄牙是最早將勢力滲透到帝汶島上的，他們為了拿到東方的香料，在東南亞各個地方進行殖民統治，馬六甲海峽也落入他們的殖民統治中，這樣他們就想控制整個香料的運輸線，可以壟斷海上貿易。這時候有一支葡萄牙人發現在帝汶島上盛產檀香木，而這種香料在中國很有市場，所以為了利益的誘惑，他們就入侵了帝汶島，做起檀香木的生意。
緊隨其後的荷蘭，這個海上馬車伕在和西班牙爭殖民老大的位置失利後，也將目光投向了東方，這時候荷蘭在東南亞的菲律賓、印尼等地建立多個殖民地，也將目標投向了帝汶島。他們在1613年入侵了帝汶島的西部，建立據點後開始向島內滲透勢力，這樣就和早來的葡萄牙勢力有了衝突，島上慢慢就形成了以葡萄牙為主的東部勢力，以荷蘭為主的西部勢力。這就是東帝汶和西帝汶的前身了。荷蘭人和葡萄牙人在島上的爭鬥直到1859年才達成了協議，透過協議的形式正式瓜分帝汶島，東部以及歐庫西地區歸葡萄牙統治，西部地區併入印尼歸荷蘭統治，從此帝汶島就有了東帝汶及西帝汶之分。
二戰時期，日本全面侵入印尼及帝汶島，使得島上民族意識誕生。
日本在二戰時期侵略亞洲許多國家，東南亞的菲律賓、印尼、越南、緬甸等都飽受日本侵略者的摧殘。由於東南亞的國家當時基本都是歐洲列強的殖民地，長期被殖民統治，所以日本在佔領之後為了有目的消除殖民統治的影響，就民族獨立的幌子來鼓勵當地的居民反抗之前殖民勢力，這就導致了東南亞民族意識的覺醒。印尼和東帝汶也在這段時期有了民族意識。1945年日本戰敗後，荷蘭、葡萄牙等原先殖民帝國又想回來重新對這些地區進行殖民統治，卻遭到當地居民的反抗，首先印尼為了實現獨立，組成了反荷陣營，最後終於取得民族獨立成立了印度尼西亞共和國。而由於當時的西帝汶曾在荷蘭統治期間被併入印尼，所以印尼獨立以後以繼承荷蘭殖民遺產為由，把西帝汶變為自己的領土。
而此時的東帝汶卻還是在葡萄牙的統治中，但是這時殖民統治已經不再是世界主流的思想，許多地方的殖民地開始去殖民化運動，這也成為國際社會的新趨勢。聯合國大會也先後通過了《給予殖民地國家和人民獨立宣言》（1960年）、《國際法原則宣言》（1970年），宣言中重點強調了人民自治權以及剷除殖民主義。
但是葡萄牙當時國內政府卻拒絕承認殖民地的自治權，希望在殖民地還繼續進行殖民統治，這自然就引起各殖民地居民對葡萄牙的反抗。此時剛好爆發全球石油危機，石油輸出國組織阿拉伯成員國，對以美為首的西方資本主義國家實行石油禁運，從而導致了全球經濟危機，葡萄牙在危機中也遭到巨大經濟打擊，國內經濟衰退嚴重。一方面國內沒有錢，一方面還要花錢派軍隊取各殖民地鎮壓當地反抗運動。這自然就引起葡萄牙國內民眾不滿，最終爆發了康乃馨革命。新成立的葡萄牙政府表示支援殖民地獨立運動，放棄所有海外殖民地，包括承認東帝汶及其他葡屬殖民地都擁有自治獨立的權利。
印尼入侵東帝汶
此時，在東帝汶國內為了政權出現了民主聯盟、社會民主協會，人民民主協會三大政派，這三大派系各自主張不同，其中有一支人民民主協會主張與印尼合併。後來民主聯盟在印尼的挑唆下和人民民主協會合作組建了臨時政府，臨時政府對社會民主協會成員採取極端的手段導致東帝汶內戰爆發。
社會民主協會在1975年更名為獨立革命陣線向臨時政府發起反抗，並在當年11月控制了首都帝力，親印尼勢力撤到了西帝汶。印尼就以此為藉口出兵東帝汶並很快將其吞併，扶持親印尼黨派組建臨時政府，臨時政府上臺後就宣佈要併入印尼。於是印尼在1976年7月對外宣佈東帝汶成為印尼的第27個省。
1975年12月聯合國大會透過決議，要求印尼撤軍，呼籲各國尊重東帝汶的領土完整和人民自決權利。此後聯合國大會多次審議東帝汶問題。1982年聯大表決透過支援東帝汶人民自決的決議。從1983年至1998年，在聯合國秘書長斡旋下，葡萄牙與印尼政府就東帝汶問題進行了十幾輪談判。
而印尼在控制東帝汶之後就對獨立革命陣線成員進行清除，並製造了許多慘案，手段極其殘忍。有西方記者正好拍下了印尼屠殺東帝汶人民的照片，並在國際社會上公開，國際社會的輿論都開始指責印尼政府。印尼向國際營造的和諧統治假象也隨之破滅。
1997年亞洲爆發金融危機，印尼國內也是困難重重，直接導致1998年總統蘇哈托下臺，1999年新總統印尼總統哈比比同意東帝汶透過全民公決選擇自治或脫離印尼。
1999年5月，印尼、葡萄牙和聯合國三方就東帝汶舉行全民公決簽署協議，8月底在聯合國的監督下完成公投，公投的結果是78.5％的東帝汶人贊成獨立。隨後，東帝汶就爆發了親印尼派與獨立派發生流血衝突，20多萬難民逃到西帝汶。9月多國部隊進駐東帝汶進行維和工作。2002年5月20日，東帝汶民主共和國正式成立。東帝汶民主共和國是本世紀第一個新生國家。