臺灣疫苗總量不足，截至7月15日疫苗覆蓋率僅17%。不少民眾等待疫苗望穿秋水。接種預約平臺登記太踴躍，還導致系統大宕機。國民黨“立委”洪孟楷16日在臉書揭露，依照民進黨當局衛生主管部門公佈的“特別預算”使用明細，4月底疫苗採購預算僅支出了29.6億（新臺幣，下同），到了6月底累積支出67億元，等於5、6兩個月內暴增付出37.4億，他質疑錢的流向不明。
洪孟楷質疑，5、6月正是臺灣疫情最嚴峻之時，而臺灣購買的疫苗數量，到貨的只有從covax平臺買的阿斯利康（AZ）疫苗41萬和莫德納的80萬劑，合計120萬劑交貨。為何就付出了37.4億元？“錢，到底花到哪裡去。”他指出，錢付超過115億的一半，到貨卻不到10%，這樣真的合理嗎。
洪孟楷說，衛生主管部門應該告訴臺灣人，這37.4億元是全都給島外廠商嗎？還是有給島內廠商？疫苗單價不能說，但付出的總金額多少錢也不能說嗎？這些都是人民的納稅錢，到底還要“黑箱”到什麼時候？
國民黨“立委”賴士葆則是根據衛生主管部門“新冠肺炎防治及紓困預算統計”發現，截至六月底，民進黨當局買疫苗的錢，帳上總共花了67億元。但實際與現況比對，他推估目前採購的AZ疫苗共0.72億元；採購莫德納疫苗共9.6億元，合計約10億元。姑且再加10億元算作是預付款，卻也有近40億至50億元去向不明，陳時中應交代清楚。
臺灣地區“流行疫情指揮中心”副指揮官陳宗彥昨日聲稱，疫苗採購有保密合約，而採購疫苗也會有先付前期款或分批給付等情況。指揮官陳時中則說，有些疫苗已經到貨，有些是付了前期款，也有部分經費用來支付預採購臺產疫苗，基本上不會只有10億元用於購買國際認證疫苗。不過，賴士葆隨後致電民進黨當局審計主管部門“審計長”陳瑞敏詢問此事，應該監督行政主管部門預算執行情形的“審計長”，竟也三緘其口拒絕透露，還強調疫苗採購支付是“機密”。
賴士葆也統計，民進黨當局補助疫苗開發的預算編了20億元左右，“國光”拿了1億多，“高階”與“聯亞”各拿了5億多元，他合理推測行政主管部門無法交代的這40億元至50億元，大部分拿去支付高階與聯亞的預付款，可是他們還沒透過EUA，民進黨當局等於提供近50多億元給他們週轉。（海峽導報）