北約緣何轟炸我國駐南斯拉夫使館，時過境遷，至今美國和北約都沒有公佈相應檔案和材料，美方的宣告依然是以“誤炸”了事。
而自事件發生之後，各種背景下的流言蜚語不脛而走，對美方的動機，多年來有多種推測。
說法之一：轟炸針對南斯拉夫總統米洛舍維奇
據說，一個日本記者後來回憶說，當時他看見從被炸使館逃出幾個百人，說塞語，不是消防隊員。他就此推測，說米洛舍維奇當時藏在中國使館。
美國人獲取確鑿情報證明中國使館允許米洛舍維奇避難的訊息後，斷然採取行動，既從肉體上消滅米洛舍維奇，又給堅決反戰的中國以難堪。
當然，這種說法純屬胡謅，在當時日本人的立場本身就親美，要麼是那個記者眼花了，要麼就是為了某些不可告人的目的胡編亂造。
退一萬步說，即使米洛舍維奇真在使館避難，美國和北約也無權轟炸使館。根據維也納外交關係公約，使館館舍、住宅及其領土神聖不可侵犯。襲擊使館，是對維也納公約和國際關係準則的粗暴踐踏，也為天理人性所不容。
說法之二，稱米洛舍維奇要於5月7日夜來中國大使館參加招待會。
這實際上是第一種說法的變種。但奇怪的是，直到2004年10月，這種說法還有市場。《中國青年報》曾刊載原南聯盟軍事情報局上校情報員彼得科維奇在接受一家雜誌採訪時認為，1999年5月7日以美國為首的北約轟炸中國駐貝爾格萊德大使館的初衷是想炸死南聯盟總統米洛舍維奇。
彼得科維奇說，北約情報部門獲悉，5月7日，中國大使館舉行招待會，米洛舍維奇將出席，因此北約決定轟炸使館，目的肉體消滅米洛舍維奇。
這種說法帶有一定的欺騙性，原因在於訊息來源是南斯拉夫方面，而訊息的傳播者竟是原南聯盟軍事情報官員。但事實上，在北約空襲南聯盟期間，沒有一個使館還在開招待會，更何況在斷水斷電的情況下如何舉行招待會？
說法之三，稱美國人懷疑中國使館曾被用作“無線電轉播中心”。
這種說法源自西方媒體，美國人懷疑中國使館裡隱藏有先進的通訊和電子竊聽系統，中國方面把自己蒐集到的軍事情報傳送給塞爾維亞方面；作為交換，南軍將擊落的F-117A隱形戰鬥機的殘片交給中國。
美國人一位中國已經搞到隱形技術，所以大為惱火，於是冒險對中國主權領土進行了轟炸。
這種說法也沒什麼道理。稍有常識的人都會知道，所有大使館同其派出國都有無線電通訊聯絡，這一系統不可能移作他用。
不過當時有一些外國記者披露了一些情況值得注意。倫敦《觀察者報》曾採訪過一位高階軍官，披露北約在選擇攻擊目標時存在一個“雙軌”系統：
一個軌道是先由北約偵察機和士兵選定初級目標，然後由北約秘書長索拉納和英、法、德三國的領袖認可；另一軌道的目標選擇則完全由美國單獨控制，包含一些政治敏感的目標，須得到美國總統或美國國家安全域性的同意。
如果“雙軌說”成立，那麼就可以認定美國中央情報局的確是“有意或無意”地標錯地圖，要美國最高層相信那是南軍指揮中心，繞開北約的核實機制予以摧毀。
1999年7月2日，美國《政企首要情報評論》週刊發表了一篇題為《轟炸中國駐南使館並非意外事件》的文章。
文章中說，中國駐貝爾格萊德大使館作為轟炸目標，是可以由不低於英國外交大臣和美國國務卿一級指揮官來批准的。這裡提出與的問題是，由哪一個來批准，還是兩人一起來批准？
文章接著說，考慮到所有這些情況，有意轟炸中國使館的動力也是來自英國政府和白宮政府。如果克林頓披露這一事實，甚至宣告這起轟炸事件“絕非意外”，他要麼將在被人操縱的彈劾之下而下臺，要麼被某些深深潛伏在美國安全機構中的英美利益集團所暗殺。
5月中旬的時候，美國國際行動中心華盛頓辦事處負責人馬爾科姆·坎依接受了外國駐南聯盟使館事和美國轟炸南聯盟等問題回答了記者的提問。坎依認為，襲擊中國駐南聯盟使館是美國乾的，是有意所為，是美國戰略的一部分。
坎依還說，美國和北約在解釋這次事件的原因時前後不一致。他們先是稱北約是在瞄準使館附近目標，導致偏離方向，因為中國使館離北約要打擊的目標很近，北約這種誤擊已經很多次了。
但是當事實證明，五枚導彈從不同角度襲擊中國使館時，國防部長科恩又改口稱，北約用了1992年的地圖，中國大使館沒有標進去。這可能麼？
最後，坎依給的結論是，襲擊中國使館是一個大陰謀，是美國的戰略。這一戰略不僅向中國政府，同時也像其他支援南聯盟的國家和組織發出訊號：
不要反對文明轟炸南聯盟，否則文明將轟炸你們的使館、你們的領土和平民百姓。這也是對俄羅斯的警告。
同時，美國非阿楚的另一個訊號是：亞洲可能成為美國襲擊的目標。亞洲國家也要聽我的話，在臺灣和西藏問題上，美國已經在干涉中國內部事務了。
從美國的角度而言，轟炸中國駐南聯盟大使館是發生在對南聯盟持續了45天的轟炸之後，之所以選擇轟炸中國大使館，其實是採取“左道旁門”的卑劣做法，試圖打掉米洛舍維奇所謂的“精神支柱”，打擊南斯拉夫抗擊北約的戰鬥士氣，達到扭轉戰局，便捷取勝的目的。當然，這也是對同情南斯拉夫，反對北約戰爭行動的俄羅斯的一個警告。
再者，轟炸中國大使館，是對中國火力偵查和戰略試探，美國和北約中的一些敵視中國的強硬派把中國看作是潛在對手（事實上這樣的人一直存在），不願看到中國崛起，千方百計挖空心思地在中國前進道路上設定障礙，製造困難。
最後，是美國對華強硬派給克林頓出難題，著眼於下屆美國的阿軒。克林頓對華政策總體而言是相對友好的，然而這種政策引起了對華強硬派的不滿，他們以轟炸使館這種非常手段，干擾克林頓對華政策，破壞中美關係，打擊克林頓威望，挖民主黨的牆角，為下屆共和黨競選總統做鋪墊。