6月24日，證監會對獐子島做出了行政處罰以及董事長吳厚剛終身市場禁入的處罰。公告中提到，因獐子島存在嚴重財務造假行為，對獐子島公司給予警告，並處以60萬元罰款，對15名責任人員處以3萬元至30萬元不等處罰，對4名主要責任人採取五年至終身市場禁入。
在同一時間，董事長吳厚剛宣佈辭職。罰款、終身市場禁入已經是舊《證券法》的最頂格處罰，而新《證券法》是今年3月開始施行，其中對於造假行為最高罰款1000萬元，對相關責任人最高罰款500萬元，而因為“法不溯及以往”的原則，獐子島得以倖免最高罰款。
從2014年開始獐子島就透過“扇貝跑了、扇貝餓死了”等說辭掩蓋其業績的虧損，2014年是“遭遇冷水團，導致扇貝絕收”，全年虧損11.89億元；2017年，又因“部分海域的底播蝦夷扇貝存貨異常”，獐子島全年業績由預計盈利變為鉅虧7.23億元；2019年4月，獐子島稱一季度虧損4314萬元，理由依然是“底播蝦夷扇貝受災”。
無論是證監會多次下發問詢函，還是媒體連番質疑扇貝跑了的真相，獐子島都歸因於外界因素。甚至吳厚剛在接受採訪時表示，“為什麼別人遭了災大家都同情，獐子島遭了災不但沒人同情，大家還都來踩上一腳？”
此次證監會獲得獐子島造假石錘的證據得益於北斗衛星，在此次調查中，證監會透過中國水產研究所、中科宇圖公司兩家公司的協助調查，分析北斗衛星的定位資料最終發現了獐子島公司的資料造假違法行為。
獐子島公司的主營業務是水產品養殖，主要透過底播增殖也就是將苗種放回海底的粗放式養殖。這就導致第三方難以審計檢測扇貝具體數量，再加上海上養殖極高的專業性與複雜性，這也對監督獐子島的經營情況造成了一定的壁壘。
證監會調查發現，獐子島公司登記的扇貝採捕區域和作業船隻實際的工作位置有很大的出入，在獐子島記錄完成扇貝抽測的120個調查點位中，有60個點位抽測船航行路線其實並未經過。
因此，獐子島公司透過這類資料進行造假，進一步公司減少營業成本的登記和營業外支出。根據證監會測算，獐子島公司 2016 年度虛增利潤1.31億元元，虛增利潤佔當期利潤總額的 158.11%，2017年虛減利潤 2.79億元，佔當期披露利潤總額的 38.57%。