前言
故事開始，一家三口正愉快出行。後座上坐著的，正是童年時期的琴，因為對母親音樂品味的不滿，琴下意識的用自己的意念換了電臺，母親忍不住說了她幾句，任性的琴情緒開始失控。
X戰警接到任務，前去太空營救
身為司機的母親瞬間被催眠，導致車子直接撞上了迎面駛來的車輛，一場慘烈的車禍就此發生。因為自己的超能力，用意念擋住玻璃碎片的琴，並未受到嚴重傷害。
一個輪椅蜀黍，也就是X教授找到了她，告訴她父母已經去世，他可以來到自己創辦的變種人學院，並表示自己可以幫助琴控制超能力。
畫面一轉，時間來到1992年，因為航天局的航天人員在執行任務期間，探測到不明物體靠近，並很快失去了聯絡，很明顯這已經超出了普通人類的救援範圍，X戰警們就成為了最佳人選。
在教授的派遣下，變種人團隊在魔形女的帶領下，迅速出擊，琴身為其中的一員，看出了首次太空營救任務的艱險，但魔形女表示，有什麼不對就立刻撤，這都是小場面，我們Hold得住。
當他們一行人趕到時，發現人類太空梭正在太空高速旋轉著，鐳射眼一個鐳射炮，擊毀了飛船的動力系統，讓它停了下來。緊接著，由夜行者帶著快銀閃現到飛船的內部，很快，身陷險境的宇航員們一個個被順利救了出來，然而就在他們以為可以功成身退的時候，得知宇航員隊長還在船艙深處。
可此時，情況已不容樂觀，不遠處的太陽風暴正迅速靠近。如果再一次營救的話，大傢伙很可能都要集體撲街，坐著說話不腰疼的教授下命令，不能落下任何一個倖存者，而且琴有能力可以讓飛船不散架。
經過測算，他們必須要在30秒內找到隊長並救下他，夜行者帶著琴再次出發，可剛到達現場，太陽風暴就加速襲來，整個船艙正在迅速解體。夜行者在最後十秒終於找到隊長，並在最後一刻，在風暴的衝擊力下，閃現回來，而琴卻孤身一人抵抗著風暴的侵襲，甚至火力全開將所有能量盡數吸收。
巨大的爆炸後，琴漂浮在太空失去了意識，被夜行者救了回來，所有人的心都揪了起來。在鐳射眼的懷中，琴甦醒了過來，並虛弱的詢問起了大家的情況，大家這才鬆了一口氣。
在吃瓜群眾的歡呼中，所有人渾身榮耀的走下了飛機，此次行動的他們也成為了不折不扣的大英雄，教授為此自豪不已。魔形女很顯然對如今的教授十分不滿，一次比一次更冒險的任務，讓教授收穫了無限榮光，很明顯，他飄了。
野獸透過身體檢查，發現琴不僅沒有任何傷害，體內的能量似乎更強了。晚上，在城市某個角落裡，一個金髮女在尋找掙脫韁繩的小狗時，幾名外星人突然現身，從返回時的金髮女的神態，我們幾乎可以推斷，她已經被外星人附身了。
與此同時，變種人學院中舉辦了隆重的慶功宴，大家圍著火堆載歌載舞，耀眼的光芒讓琴突然想到了剛剛經歷的那場災難，整個人開始不受控制了起來，瞬間爆發出強烈的能量擊倒了嗨皮的眾人。所幸情況很快得到了控制，現場並無人傷亡，琴也暈倒在地。正在觥籌交錯中的教授也感受到了這一切。
為了瞭解琴洪荒之力的真相，教授來到了超腦電波控制室，順便告訴了魔形女，當年的自己在琴的腦中建了一道心牆，讓她忘卻了內心深處的傷痛。可現在的琴，已今非昔比。那道牆正在逐漸被摧毀，那些痛苦遲早都會再次侵蝕琴。
琴擔心自己傷到朋友，毅然離開
而半夢半醒間的琴，正在抵抗教授的意識入侵，就算他調到最大功率，依然不是琴的對手，最後甚至留著鼻血暈了過去。醒來後的琴深知自己已無法控制自己的能量，遲早會傷害大家。她不顧鐳射眼的阻止，堅持要離開這裡，去尋找腦海中依然在說話的父親。
為了不讓琴發現真相，教授堅持要趕緊找到琴。此時，琴已經回到了老家，並見到了一直以來以為死去的父親。父親滿臉都寫著拒絕，琴還是自顧自的走了進去。
看著牆上的照片，裡面沒有一張是自己的。透過入侵父親的意識，她才知道，只有母親死在了那場車禍中，而父親因為害怕，連句再見都沒說，就將自己交給了X教授，自己卻一直被教授欺騙，以為自己父母雙亡，實則是被拋棄。
無法接受這一切的琴弄暈了父親，並和找來的同僚們對峙。就在鐳射眼呼喚琴回來的時候，遠處駛來了多輛警車。處於崩潰邊緣的琴，二話不說就掀翻了警車。Ⅹ戰警們眼看情況不對，立刻開始阻止她，可是全都不是她的對手，就連速度最快的快銀，看到自己忽然被放慢的速度，也是一臉懵。
失去自帶BGM的他瞬間就被琴掀出去老遠，所有試圖阻止她的人，統統都被彈開。教授在定住所有普通人類後，魔形女試圖喚回琴的本性，就在她慢慢靠近情緒再次崩潰的琴，嘴遁全開時，琴爆發的能量將魔形女瞬間彈開，不幸撞在了不遠處的木錐上。
從暴走中恢復理智的琴，也不敢相信眼前自己所做的這一切，悲痛的她只能使用超能力逃離這裡。在大家的不捨中，送人頭的魔形女就這樣被單殺了，此次事故讓所有人陷入了深深的悲傷中。
野獸堅信，這一切的一切都是當年教授的自作主張導致的。教授卻堅持認為，自己這樣做只是在幫她。兩人大吵了一架，無處可去的琴找到了帶著一幫變種人隱居山林的老萬，面對老萬對於身上血跡的質問，琴並沒有明說。
這時，軍方人員跑來湊起了熱鬧，非說那場混戰是老萬乾的，求此時老萬的心理陰影面積，琴果斷站出來承認了這一切，並用強大的超能力打得軍方毫無還手之力。老萬不想事態變得無法控制，拼盡全力救走了人類，並趕走了琴。
沒過多久，野獸跑來找老萬，希望可以利用他的耳目找到琴報仇。可憐的老萬這才知道，原來琴身上的血跡正是死去魔形女的。他發誓只要找到琴，一定要親手殺了她為魔形女報仇。
無家可歸的琴跑到酒吧借酒澆愁，旁邊的外星金髮女輕鬆認岀了她，並告訴琴，她的能力是相當強大的，沒必要聽X戰警的剋制自己，還將她帶到了外星人所隱藏的秘密基地之中。
他們告訴琴，當時她在宇宙中所吸收的根本不是太陽風暴耀斑，而是一種被琴吸引來的強大的宇宙能量鳳凰之力。外星人們已經追尋鳳凰之力很多年了，可所到之處一切盡毀，直到遇到琴，他們才知道地球上竟然有人可以吸收這股力量。並告訴琴，只要駕馭這股力量，就可以創造出一個全新的世界。
早已不想參與紛爭的老萬，拿出了塵封多年的頭盔，準備去殺琴的事情，很快就被教授知道了。聖母婊傍身的教授竭力阻止老萬動手，可場面王老萬什麼時候聽過你的，兩方變種人隨即陷入一片混戰，整個街頭因為他們的打鬥亂成一鍋粥。
不得不說，這次真心有點想站反派了，人家老萬可並沒想傷害這麼多人，雙方都想先一步找到琴。就在此時老萬展現出了強大的實力，什麼時候都必須講場面的老萬，直接將地下的地鐵都給拽了出來，然後直接將地鐵開到了琴所在的房子門口，直接賭出入口，這招夠絕。
鐳射眼阻止了一切，琴被帶走
以為勝券在握的老萬，飛到半空操控起金屬就準備殺了琴，但早已能量升級的琴，根本就沒帶怕的，殺了隊友還如此理直氣壯的，這樣的女主讓螢幕外的觀眾怎麼想?不僅狠狠嘲諷了老萬一番，還輕輕捏碎了他的頭盔，最後將老萬給直接懟到了外面。
明明加到一起都打不過人家一個，卻老是選擇一個個送人頭。眼看情況不妙的教授，在夜行者的幫助下，再次進去對琴開始洗腦，結果琴不僅不予理會，還讓坐久了輪椅的教授，直接站了起來。好久沒走路了，好歹讓他先適應適應嘛。
透過讀取教授的記憶，琴看到了教授一直以來對自己的期許，忽然就又淚流滿面了，善良的本性終於被喚醒。金髮女眼看情況不妙，竟然開始徒手吸收起了琴的能量，旁邊的教授緊張不已，一旦外星人吸收走了能量，不僅琴會死去，整個地球都將被外星人毀滅。
關鍵時刻，鐳射眼趕來阻止了這一切，卻還是被隨後衝進來的軍方帶走。他們被控制在一輛火車上，而能力最強的琴則被獨自鎖在最後一節車廂。
外星人團隊卻在此時攻了進來。特種部隊完全不是對手，還好一個人類自知沒了變種人只有死路一條，打開了控制變種人的機關，變種人拯救地球的戰鬥又要打響了。戰五渣人類只能在角落瑟瑟發抖，一個多小時的鋪墊終於結束，正片終於開始了。
趁著老萬率領其他變種人大戰外星人的時候，教授在鐳射眼的幫助下，來到了琴的所在地，常年都是場面為大的老萬，輕鬆捏扁了好幾節車廂，外星人盡數被殺，轉身輕輕一揮手，將鐵皮車廂丟了出去，深藏功與名。
誰知，擁有強大能量的金髮女卻過來了，野獸和暴風女統統吃癟，就連面對老萬操控的無數把衝鋒槍，依然面不改色心不跳，迅速打敗所有變種人的金髮女，也來到了琴的車廂，此時的琴已經在教授愛的感召下甦醒了過來。
在她的能量下，整個火車被抬上了天空，變種人在她的保護下完好無損。老萬追求的場面，在這番場景下，簡直是不值一提。可憐的火車皮到底造了什麼孽，總這麼被人捏來甩去的。
轟隆隆落地後，不死心的變種人紛紛衝向琴，結果琴隨便抬一下手，所有人都化成了灰，這下不用火化了。知道的這是黑鳳凰，這不知道的還以為滅霸打響指了呢。臉都氣裂了的琴，面對身後的攻擊，那是分分鐘讓他重新投胎做人。
結尾：沒什麼事情是太空無法解決的
金髮女一個閃現繼續過來重新吸收能量，此情此景，忽然就讓我想到了洗髮水的廣告，敢問你倆用啥牌子呀？令金髮女沒想到的是，因為能量過於強大，自己開始逐漸被反噬，於是開始放話:你再在這裡打我，你的隊友又得被KO了。
琴一看，說得好像有道理，咱們換個地方繼續。為了避免隊友再次遭到傷害，兩人直接就飛上了天，畢竟沒有什麼事是外太空解決不了的。隨著一聲巨響，兩個女人就這麼化成了灰，所有人的生活再次歸於平靜，只是失去的再也回不來了，老萬和教授這對老搭檔，也難能可貴的再一次一起下棋。
這部電影的口碑並不算好，作為完結篇，它承載了粉絲們太多的期望，忽然就插一腳天外來客作為反派，著實是有點猝不及防。沒了狼叔的露臉，總覺得差了點什麼，好在結局中的老萬和教授終於迎來了相親相愛的美好場面。
