康熙皇帝在創立官卷的過程中起到舉足輕重的關鍵作用，他於康熙三十九年(1700年)會試後敏銳覺察到科場存在嚴重問題，接連發出兩個質問，一言“今年會試所中，大臣子弟居多，孤寒士子，未能入彀，如此欲令人心服，得乎”?再問“考取舉人進士，特為得人耳。若或行賄夤緣而得之，則出身之本源不清，而欲冀他日之為忠臣良吏，得乎”?他提出“凡系大臣子弟，另編字號，令其於此中較閱，自必選擇其文之優劣。大臣子弟，既得選中，又不致妨孤寒之路。如此，則於考試一事大有禆益”。此處所謂“不致妨孤寒之路”頗關緊要，體現了康熙帝對科舉考試社會作用的深刻認識，也是清代建立官員子弟科舉體制的根本意義所在。
一些大臣起初對康熙帝的方案很消極，康熙又令他倚重的李光地、張鵬翮等四人詳議具奏，意在尋求支援。至十一月才確立了官卷制度的基本框架，直隸各省鄉試在京三品以上及大小京堂、翰詹科道、吏禮二部司官，在外督撫提鎮及藩臬等官，“子弟俱編入官字號，另入號房考試”，“會試滿合字號、南北字號亦編官字號，每二十卷取一卷。雲南等四省中額仍照現例行，不另編官字號”。後經更動調整逐步形成定製，“在京滿州漢員文官京堂以上及翰詹科道、武官副都統以上，在外文官藩臬以上、武官副都統總兵以上，其子孫曾孫、同胞兄弟、同胞兄弟之子，皆編為官卷，其祖父伯叔毋庸編入”。應編官員範圍後來呈現縮小趨勢，逐步向高階官員集中，比如，吏禮兩部因掌官員考核與科場事宜，其司員子弟一度列為官生，後皆取消。
官卷本為防止和糾正官員子弟侵佔民卷中額而設，如何設計其錄取方式也就顯得非常重要。康熙時按照官民卷大約同等比例方式確定官卷中額。後來在實際運作過程中出現官卷錄取過多過優的現象，違背了限制官員子弟的初衷，遂有減少官卷中額、甚至廢裁官卷的建議，乾隆皇帝意識到官民分卷“立法之始，本為防弊，而彼時諸臣奉行者，不無偏袒子姓親族之見，含糊具奏，分定中額，未免過多，遂使以憐恤寒畯之意，轉成優幸縉紳之路，揆之情理，實未允協”，提出“中額貴有限制，而立法務在均平”的錄取原則。按照該原則，各省鄉試官卷按大、中、小省確定中額。該取中原則將定額錄取與按比例錄取結合在一起，官卷中數以定額為限，不得逾額多取，如官卷不敷，缺額則以民卷補足，相沿成為定例，僅在具體定額及比例方面偶有細微調整。
設立縝密的迴避制度，很多考生因父兄或其他親族做考官而喪失入場考試的機會，後為此短暫開設過“迴避卷”迴避之法始於唐朝，至清已趨於縝密，有親屬迴避、籍貫迴避、命題迴避、閱卷迴避、磨勘官迴避等規定，其中以親族迴避最為嚴苛周備，這裡重點談親族迴避。順治十五年(1658年)題準，“凡鄉會試考官、同考官、監臨、知貢舉、監試、提調之子及宗族應試者”，“照例迴避”，其後規定漸多，考官及其親屬範圍逐步擴大，到光緒朝時堪稱嚴密繁複。從朝廷立法角度論，這是要求考官子弟親族迴避以免嫌疑，而從考生方面來說，則意味著因父兄或其他親族做考官而喪失入場考試的資格與機會。
雍正皇帝即位後對迴避之法進行了較大改動，鄉試從雍正元年、會試從二年開始考試迴避官員子弟，此亦即迴避卷之制，他認為“入闈各官為國家宣力，伊子弟反不得應試，殊屬可憫”。迴避官員子弟考試主要有兩種形式，一是“另行考校”，如元年在午門內試以四書文二題、經文一題、表策各一題，從中取四人為舉人。二是“一體考試”，即迴避官生與其他考生一道入場考試，但另編坐號與字號，酌量取中入榜。乾隆九年，乾隆帝再改回避之法，他以“各科迴避官生多寡不一，若遇人少之年，則入彀甚易，於科場條例亦不畫一”為由，決定“自以照舊迴避為是，嗣後不必一體考試”。乾隆九年和十七年，順天鄉試和會試迴避卷先後停止考試，該制自產生到廢止為時甚短，不過二三十年時間，可視為清代迴避制度的另類插曲，但其意義卻不應完全忽視。
清代官員異地為官，子弟多有隨其生活者，在為官之地參加科舉考試具有一定的合理性，但清代對官員子弟在其任職之地參加科舉考試始終沒有放開，明確規定“官員在現任地方令子弟等冒籍者，本生斥革，該員革職”。《欽定科場條例》雖然是在《冒籍》卷規定官員子弟不得在現任地方考試，其實質則是另一種形式的迴避，即地域迴避，立法本意在防杜官員藉機滋弊，這也就意味著官員子弟必須回原籍參加考試。
清代關於官員子弟科舉的各項規定日趨繁複細瑣，官員及其子弟如敢於違犯條例，就要承擔巨大風險，其懲罰具有兩個特點，一是處分極重，再是株連範圍很大。官卷凡出現以不應編入之人編入、應編入之人而不編入的情況，均應“由部指參議處”，處理人員株連範圍很大，八旗官卷若混入民卷取中，“查系本家漏報，將本官革職、本生黜革”，如系佐領漏報，則將其降二級呼叫，參領降一級呼叫，都統、副都統及總管內務府大臣皆以失於查察而罰俸一年。對於不應編入而假借冒充混入官卷者，或經查出與告發，照例治罪，本官革職、本生黜革，出結造送的教官州縣均照循情例降二級呼叫，知府、直隸州、知州照矇混造冊例降一級呼叫，布政使降一級留任，巡撫與學政則罰俸一年。對應迴避不迴避而中式者的處罰是“本官革職、該生黜革”，江南與陝西鄉試有關應迴避的不入場官員，如匿報查出也是“本官革職”。對允許子弟在任官地參加考試的情況是零容忍，處分亦很嚴厲。