比如，李自成麾下的名將李巖，他早就坦率地規勸：“以不殺收人心”;李自成偏偏沒往心裡去。一句話，拿錢來!這叫“助餉”，而且明碼標價：“中堂十萬，部院京堂錦衣七萬或五萬三萬，道科吏部五萬三萬，翰林三萬二萬一萬，部屬而下則各以千計。”
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如果說，對貪腐成性的明朝官員發洩私憤，還有情可原，那麼，對無辜百姓下手，則徹底暴露了農民軍的“匪氣”。他們的確開始趁火打劫了，所謂“殺人無虛日，大抵兵丁掠搶民財者也”。劫掠還不算，又規定了新政策：“令五家養一賊，大縱淫掠，民不勝毒，縊死相望。”對無辜百姓來說，朱明皇帝當然不是什麼好東西，但是，前門驅虎，後門進狼，橫豎沒好日子過。
所以說，血腥屠城後，李自成僅僅在京城喘息了42天，便兵敗如山倒，首要的原因便是不得民心。
導致李自成進京後快速滅亡的第一個原因是不尊先帝。李自成入京後的第一件事不是安撫民眾，而是派手下搜尋崇禎皇帝和皇后，並聲稱“活要見人，死要見屍”。
其次，第二個原因就是虐待降臣。由於李自成本人不喜讀書，所以對待讀書人不是那麼的看重，於是在進入北京城之後就出現了“群賊爭戲侮學士”的場景的出現。
李自成身上有一個非常明顯的缺點——思想覺悟不高，很容易產生驕傲。
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當進入北京城之後，他自然有了一種“天下無敵”的感覺，因此對於軍隊的管理他已經疏於關注——連首都都被自己佔領，還有什麼好怕的呢?
北京作為中國歷史上元明清時期的“第一城市”，遭到了如此待遇，訊息很快傳來，整個中國領土不免都有所擔憂。但李自成卻對此毫不在意，在他的眼中“十個燕京也比不上一個西安”，他唯一的目的，就是快速將北京的財富帶回西安。
正是因為縱容手下，所以大順軍在進入北京城後，反而被貼上了“恐怖”的標籤;但如果李自成能夠適當要求中層首領的行為，那麼也許還會有改觀的機會。但李自成並沒有這樣做，終於因為得力手下的不理智，逼得原本可以與自己站在一起的吳三桂徹底投降了清軍。
因此綜上所述，李自成集團的硬傷在於核心謀士團檔次不高。
李自成敗亡的原因固然很多，但知識分子政策的失誤，不能不說是其中一個重要因素。下層知識分子，長期生活在鄉野或江湖之間，不僅缺乏帶兵打仗、從政治國的經驗，而且視野狹隘，不能準確把握全國形勢及其走向。
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如果李自成能吸取歷史的經驗教訓，在站穩腳根之後，像劉邦、朱元璋那樣禮賢下士，廣泛網羅知識分子，特別是吸納具有真知灼見，能準確判斷全國形勢並提出相應對策的高層次知識分子，在制定重大戰略方針和政策措施時注意傾聽他們的意見，是可以少犯或不犯錯誤，使大順政權的統治穩定下來，阻遏、擊敗清王朝的進攻，進而統一全國的。
有關李自成戰死在九宮山的說法又有好幾種。
一說李自成在戰敗之後，帶領著二十幾名隨身軍士逃到九宮山，被清軍圍困，最終上吊自殺了。
還有一說是李自成在逃到了九宮山之後，被困山林，由於飢餓難當，於是帶領幾個手下找到機會來到上下的村子裡找吃的。
吃飽喝足之後，李自成發現一個元帝廟，於是前去拜祭祈求上天庇佑，最後被一個農民拿著鋤頭從後面捶碎了腦袋，甚至還有人說這個村民最後還憑此在當地當了一個小官。