在安徽天長幹了三年縣長，任期已滿，包公升了官，被派到廣東肇慶做市長(知端州)。肇慶出產硯臺，所產端硯馳名天下，以往到這兒做官的人，臨走都整車整車地裝硯臺，回去好給親戚朋友以及朝廷要員送禮。包公不這麼幹，他在肇慶三年任滿，一方硯臺也不要，正應了徐志摩的那句詩：輕輕地我走了，正如我輕輕地來。
從廣東回到京城，包公一路高升。首先，朝廷派他做“權三司度支判官”，這個官職，相當於財政部的一個司長。然後又做了“監察御史裡行”，相當於監察部的一個司長。很快又升任“三司戶部判官”，先後出任“京東轉運使”、“陝西轉運使”。北宋時，轉運使是省級行政轄區最高行政長官，相當於省長或者省委書記。再然後，又回京城，做“三司戶部副使”，相當於財政部副部長。
五十八歲那年，包公以龍圖閣直學士、尚書省右司郎中的身份，在當時的首都開封做了一把手。這也就是戲曲和影視劇裡說的“包公倒坐南衙開封府”。
包公戲一開場，黑臉老包都要來一句“包龍圖打坐在開封府”，好像包公在開封做一把手做了很多年似的。事實上，包公在開封府只幹了一年，就被重新調回中央，做了御史中丞、三司使和樞密副使。其中御史中丞相當於監察部部長，三司使相當於財政部部長，樞密副使相當於國防部副部長。
基本上，包公不管在哪個崗位上，都是清廉的、剛正的、得民心的好乾部。在開封府當一把手時，還做過一些司法上的小改革，使案件不至於積壓，使老百姓得以直接把訴狀呈遞到包公手裡，而無需經過書吏和副職的上下其手。但是要說包公不考慮一點私情，判案時完全地一視同仁，也不太符合實情。
有兩例可以探明。
章惇通姦案
章惇(此人後來在王安石變法期間飛黃騰達)中進士以後，有一段時間尚未做官，沒有房子，寄居在開封市區某同族長輩家裡。這人不老實，跟那個長輩的小妾私通，有一天被人撞破，嚇得翻牆而出。從牆上跳下來時，不料一腳踩到一個靠牆根兒曬太陽的老太太腦袋上，把老太太踩得頭破血流。那個長輩愛面子，沒有告發章惇，被踩傷的老太太氣不過，拽著章惇去開封府告了一狀。當時包公正倒坐南衙，一審問，章惇是個新科進士，就沒有定罪，讓他賠老太太一點錢，勸兩人私了而已。
眾所周知，私通長輩之妻妾，屬於“十惡不赦”之一，即使當事人沒有告發，只要法官知道此事，就有責任定罪。而像這種“十惡”之罪，只要定罪，至少會在徒刑以上，並且不允許遵循議親議貴之例給予“收贖”，換句話說，是不能讓嫌疑人花錢免災的。包公只問踩人案，不問通姦案，讓章惇跟老太太私了，屬於避重就輕，包庇罪犯。
章惇
宋朝官員多由科舉出身，不是舉人，就是進士，他們對於舉人、進士犯案，似乎總有些兔死狐悲物傷其類的感覺，能輕判則輕判，能不判則不判。《名公書判清明集》裡有個類似的案例：某舉人橫行鄉里，強姦鄰人之妻，並使其懷孕，鄰人告到衙門，該舉人之弟竟然把告發者抓起來暴打，受理該案子的法官範應鈴包庇舉人弟兄，只判責打強姦犯二十小鞭，對於打人的那位，則“以愛兄之道”，不予處分。按照南宋法律，男子與有夫之婦通姦，必須勞改兩年，如果是強姦，則可視情節輕重判以三年以上徒刑甚至死刑，範應鈴是南宋名臣，不可能不懂這些規定，但他還是循禮而枉法，既輕判那個舉人，又將其兄弟無罪釋放。這種做法，在今天是要被網民掀翻天的，但是卻被宋朝的主流輿論所允許，要不然也不會寫進《名公書判清明集》，作為知名法官的經典案例來“教化”後人。
所以對於包公包庇章惇一事，咱們也無需苛求——在他那個時代，法律有時候小於情理，而包庇士大夫就是所謂的情理之一。
縣民上訪案
包公有個下屬，名叫王尚恭，當時包公是開封市長，王尚恭是開封下轄原陽縣(時稱陽武縣，現歸河南新鄉管轄)的縣長。包公對王尚恭很喜愛，有種“你辦事，我放心”的感覺。有一回，原陽縣的幾個老百姓進京上訪，說本縣領導如何徇私，如何害民，請包公給他們做主。包公一問，原來這幾個老百姓要告的，是他的得意部下王尚恭，就不理會了，讓人把那些訪民趕出去，說：“你們王縣長是個什麼樣的人，我最清楚，你們說的這些我統統不信!”
如果我們根據這件事情，認為包公在包庇下屬，也許太過。但至少它能說明，包公未必永遠“清如水、明如鏡”，也會有犯渾的時候。
宋朝歷代皇帝，除宋太宗外，對百姓上訪都頗為支援，老百姓對本地縣官如有不滿，可以找州官、府官申訴，而州官、府官也必須受理。如果不受理，或者雖受理但處理不公，當事人還可以找轉運使、按察使、本路提刑，乃至刑部、大理寺、御史臺、登聞鼓院、登聞檢院、軍頭引見司直至皇帝本人申訴。這中間，任何人、任何機關，不得以任何理由截訪。所以說重一些，包公不受理訪民的申訴，是有些徇情枉法的。
總的來說，包公是清官，不貪財，不戀權，不怕打擊報復，活著時就受到百姓喜愛。但是也不可能永遠不犯錯，譬如說，有時候他也會包庇一些人。所以我認為，這是一個有彈性的清官，比之海瑞的過分剛直來，包公實在是靈活多了。雖然“靈活”未必總是好事兒。