咖啡中含有咖啡因，進入體內促進交感神經興奮，消除睡意，改善血液迴圈，身體也會變暖，不會感到疲勞，有提神的效果。但是，交感神經受到刺激和興奮，但對食慾有負面影響，也就是說，食慾會減少，所以餐前喝咖啡會導致食慾不佳。此外，由於胃部受到刺激，胃液分泌增加，刺激空胃，對胃潰瘍等患者不利。這可以說是咖啡的負面作用。但是，餐後飲用，胃液分泌增加，有助於消化。因此在餐後飲用就絕對沒有問題。
另外，有人認為加點牛奶飲用可以緩和其刺激作用，但是少量牛奶到底能發生多少中和咖啡因的作用，除非是一半牛奶一半咖啡，調成咖啡牛奶或牛奶咖啡，或許有點效果。譬如早餐時喝的咖啡牛奶，由於牛奶比咖啡多，雖然空胃飲用，仍有緩和胃液的作用。最理想的是吃完飯再喝，那是有益無害的。
由於過敏系副交感神經激動引起氣喘或過敏性鼻炎，如果能促使交感神經激動，抑制副交感神經，有助於防止發作。特別是嚴重的過敏症患者，輕微的誘因會引起身體不適，加上心理上對過敏的恐懼，往往不能收拾。
因此，建議利用咖啡因的優點，在過敏症、呼吸即將發作時(患者自己感覺到)預先喝咖啡，具有預防作用。這除了咖啡因的興奮功效外，患者心理上有“已經喝了咖啡”的安全感，也比較不會發作。當然，所謂的太多了，不管有多好，都必須適當。
否則，無論飯前還是飯後飲用，過量的咖啡因都會發生心悸亢進(心臟跳得很厲害)，精神模糊，走路重心不穩定等副作用。小心！過量飲用咖啡因飲料容易患腎結石的原則上，咖啡最好一天喝兩到三杯。喝四五杯的話，大部分人都會感到不舒服，所以要小心。原則上，刺激性飲料最好每天不要超過三杯。