嶗山山脈屬膠東低山丘陵的一部分，整個山體由白堊紀開始形成的花崗岩構成。我們今天所看到的嶗山面貌是第四紀末期，亦即在近幾萬年的滄桑變化中，由大自然雕鑿而成的秀麗景色。在嶗山千姿百態的奇峰怪石之間，散佈著許多大大小小的洞窟，或光潔如玉，或幽深莫測。歷代的出家人鍾情於斯，他（她）們棲身其中傳經佈道，潛心修行，從而又使這些洞窟的知名度越來越高。
“那羅延窟”俗稱“大洞”，位於華嚴寺西南方的那羅延山西澗，由花崗岩崩塌形成。“門北向，中寬豁如廈屋，高深各數丈，穹窿磅礴，一氣結成。最深處，有圓竇直通巖巔。人自下仰視，如井底而觀天。四壁皆有螺紋旋上。南壁之半凹處，又如佛龕，真異觀也”。
相傳，當年那羅佛祖在此洞中修行，其徒不願供養，遂用柴禾堵住洞口欲將其燒死。那羅延佛正好藉此火力衝頂飛昇，窟頂的圓孔即是當時所留。那羅延窟不僅在嶗山首屈一指，在國外也是大名鼎鼎，被僧侶們譽為“世界第二大窟”。
明代四大高僧之一的憨山大師從《華嚴經》中看到“東海有處，名那羅延窟，諸菩薩眾，於中止處”的記載後，不遠千里，於明萬曆十一年（1583年）四月從五臺山來此窟中修禪，後因此處荒蕪不可久住，又移居太清宮建立了海印寺。清乾隆年間即墨舉人江如瑛的《登那羅佛窟》詩中寫道：“面壁滄溟不記年，玲瓏石室尚依然。雲穿窟地侵苔溼，珠走空中墜露圓。失足佛門皆火宅，回頭東海即西天。蒲團坐破青山在，雨雨風風總是禪。”
由那羅延窟順澗北上，只見絕壁下有一山洞，名“華嚴洞”。洞處掛月峰下，與那羅延山隔澗相對。“石壁萬仞，滄海在足下，沐日浴月之勝，舉目得之”。坐在洞中俯瞰滄溟，與天一色。相傳此處為明代黃宗昌初建華嚴庵時的舊址，明末毀於兵燹。因位於峻嶺深谷難以尋覓，現已鮮為人知。
華嚴寺北坡有巨石空敞如屋，洞額橫鐫隸書“寂光洞”三字。清代時此處“穴供佛像，草舍三間。”現其內供奉“胡三太爺”塑像。此洞周圍“山花覆地，松菊蔭庭，境堪幽寂，堪習靜。幽潛之士，宜其入而不出。”前人有詩為證：“寂寂寂光洞，空庭長莓苔。秋深花徑淡，僧去石門開。寒吹聞松響，閒雲帶鶴來。峰頭觀海氣，旭日擁蓬萊。”
除了這些因僧道居住聲名遠播的洞窟，嶗山還有許多名曰“石屋”的山洞，一些村落和澗谷即以此為名，如“雙石屋”“觀嶗石屋”“石屋澗”等。