阿古柏原是中亞浩罕汗王的一個軍官，沙皇俄國從十九世紀兼併了中亞三個小王國之後，即以阿古柏為馬前卒，向我國新疆伸展魔爪；與此同時，英帝國主義也積極收買阿古柏，用作它覬覦新疆的代理人。阿古柏在俄、英兩個主子的嗾使下，於一八六五年侵入新疆。他一踏上我國領土，即遭到新疆各族人民的反對。阿古柏採取殘酷手段，鎮壓殺掠 南疆 各族人民。據史料記載：“阿古柏匪徒侵入疏勒，縱兵大掠七天”。在和田屠城五晝夜，“五萬餘人慘遭殺害。護城河及所有的溝溝坎坎，都填滿了屍體”。阿古柏在鎮壓和屠殺新疆各族人民的同時，於一八六七年建立“哲德沙爾”殖民政權，自封為“畢調勒特汗”。接著於一八七〇年五月攻佔吐魯番。十一月攻入烏魯木齊、瑪納斯等城。吐魯番守將馬仲、馬人得父子，烏魯木齊的“清真王”妥得璘，投降了阿古柏。烏魯木齊人民把在城郊作戰死亡兵民的屍體叢葬在城南的二十里臺子，稱作“萬人墳”，至今遺址猶存。據傳有上萬名各族青少年，在烏拉泊戈壁上被阿古柏匪徒槍殺，暴行慘絕人寰。
阿古柏匪軍
阿古柏派馬仲為烏魯木齊阿奇木總管，下令回、漢人民，一律剃髮易服，作浩罕人的臣僕。阿古柏在烏魯木齊和南疆各城，大造行宮，從各地擄掠各族少女六百多人供他淫樂。有三千多奴隸供他役使，還把蒙、漢、維、哈、回、柯等族很多兒童，販賣到浩罕、費爾干納及土耳其去當奴隸。當時還在喀什設了市場買賣奴隸。阿古柏向烏魯木齊人民攤派各類名目的苛捐雜稅，要人民交糧草、交牲畜等實物和稅金，農民收入的百分之八十都被他奪走。一家若有老人死亡，遺產得全部充公，迫使無數人家，人亡家破，流離失所。阿古柏把漢民的屯田和清政府官員的土地、水渠一概沒收，另作價出售。有的土地，就被沒收和出售過好幾次。人們說：“他連土地的土層皮都颳走了”。阿古柏還打著伊斯蘭教的旗號，恢復“拉伊斯”制度，讓“拉伊斯”們手持棍棒、皮鞭，任意拷打人民，特別毒打上街不帶面紗的婦女，並對異教徒橫加殺害，約有四萬人因此而喪命。他把攻佔的城邑，分封給他的軍官或地方官在那裡當奴隸主，要當地農民當農奴，收入全歸奴隸主所有。阿古柏這種野蠻手段，以換取爪牙對他效忠賣命，他本人是最大最野蠻的奴隸主。
在外敵入侵的年代裡，烏魯木齊各族人民團結戰鬥，堅持終始，分路反覆襲擊，給阿古柏匪徒一沉重打擊，並遏制了沙俄向烏魯木齊入侵。
烏魯木齊附近一些山區，早先就駐紮著一些漢族民團，是躲避當時的戰亂在那裡開荒種地、築堡自衛的。駐在烏魯木齊南山東白楊溝松樹莊子一帶的徐學功民團，瑪納斯趙興體民團，吉木薩爾孔才民團等，都擁眾數百人。當時，清軍遠在巴里坤、 哈密 一帶。各民團首先紛紛暴動，抗擊侵略者。在共同反抗侵略的鬥爭中，回、漢族人民自動聯合，團結戰鬥，採用各種手段打擊外敵。徐學功民團經常以馬隊攔截入侵匪徒。一八七一年四月，徐學功民團與阿古柏匪軍戰於烏魯木齊倉房溝以西的靈應臺子，民團乘夜劫營，擊斃阿古柏總元帥馬官。接著，徐學功又約會孔才民團攻奇台，沈廷秀民團攻昌吉，趙興體民團攻瑪納斯，徐則自攻烏魯木齊。四處同時出兵，一戰收復烏魯木齊滿城，進而攻漢城，給了匪徒一沉重打擊，同年五、六月間，回民群眾出城給徐學功反映軍情，導引徐學功民團攻城，與阿古柏匪軍在倉房溝一帶展開激烈戰鬥。徐學功乘馬奮勇衝殺，在戰陣上斬殺烏魯木齊阿奇木總管馬仲，給賣國賊一應有的懲罰。嗣後不久，馬人得糾集匪軍反撲，烏魯木齊第二次被匪軍佔據，很多回民被匪徒活活燒死或亂箭射死，活著的被課以六百至一千兩銀子的罰金。回民不堪虐殺，爭迎徐學功。
一八七二年二月，徐學功民團攻克昌吉，回民首領馬明。出動各軍協同徐學功民團作戰。瑪納斯回民主動與趙興體民團聯合，由於回、漢人民團結戰鬥，使烏魯木齊地區形勢大為好轉。徐學功民團所需糧草，當地回民積極供應。五月間，徐學功民團再次與匪軍戰於烏魯木齊南郊。徐學功之弟徐學策中炮陣亡，徐學功返往沙山子。阿古柏再次大肆屠殺烏魯木齊回、漢族人民，並把身強力壯的押送南疆作奴隸。古牧地回族馬明，領導被押送人民於半路上“逃出自歸”。馬明因其兄被阿古柏殺害，懷恨前往奇台找清軍聯絡，“大出芻糧供軍”。清軍取得回民資助，派統領張玉春率軍西進，在古牧地建立前哨據點。這一回、漢人民團結與軍民團結的形勢，對反侵略鬥爭極為有利，但因清軍對民團的統轄和調遣不當，以致分散了作戰力量。阿古柏匪軍乘機偷襲，清軍敗走，古牧地再次被匪軍攻陷。
在此期間，沙俄也想乘隙向烏魯木齊侵襲，於一八七二年十一月，在伊犁組成一批武裝，偽裝“商隊”，佯稱進行貿易，經奎屯向瑪納斯前進。駐在沙山子的徐學功民團，英勇機智地伏擊了這夥“商隊”，殺傷五十餘人，俘獲很多物資和俄鈔，遏制了沙俄的進犯。
新疆各族人民在抗敵禦侮鬥爭中，也把期望深深寄託於全國人民的支援和清軍的到來。南疆的維吾爾族人民，以在街頭巷尾“談論著漢人即將到來的訊息”來“相互寬慰”。南疆有些伯克派商人拜合提到塔城向清軍呈稟帖，表示願向清政府效力。各地勞動人民，紛紛逃出阿古柏統治地區，投奔民團抗擊外敵。徐學功民團由數百人發展到四五千人。
新疆的嚴重局勢，引起全國人民的極大關注， 左宗棠 向清朝政府提出收復新疆的主張，在朝野受到很大支援。清朝政府遂於一八七五年五月授任左宗棠為欽差大臣，督辦新疆軍務，並抽調湖南、四川、安徽等省約六萬兵力，進入新疆作戰。清軍在作戰過程，到處受到各族人民的支援。清軍於一八七六年七月進抵阜康，當地人民積極提供地形、水草等情況，使清軍得以出奇兵晝夜突襲黃田，進而包圍古牧地，與阿古柏匪徒拉開大戰。清軍在古牧地攻堅戰中取得勝利後，連克烏魯木齊、昌吉、呼圖壁等城，但戰火之後的烏魯木齊，被匪徒破壞得殘破凋零，一片瓦礫，“漢城僅剩頹垣，滿城已同平地”，四鄉田園荒蕪，滿目瘡痍。其他附近各城，斷牆殘壁，都不復有城鎮面貌。
隨著清軍的勝利進攻，阿古柏佔區的維吾爾族、回族人民，紛紛衝出封鎖，到烏魯木齊彙報敵情、請求安撫者達三百餘人。曾屈從於阿古柏的伯克，大都向清軍遞送密信。為阿古柏掌管後勤的司庫吾守爾，也與阿古柏決裂，帶領隨從和各類物資投奔了清軍。吐魯番投降者阿哈默特，也向清軍提供了重要軍情。當劉錦棠率清軍夜圍達坂城時，城內維吾爾族人民，冒著生命危險潛出城外，把“安夷待援不至，現議突圍出走”的軍情報告給清軍，使清軍攻克達坂城獲得大勝。
一八七七年五月，阿古柏在庫爾勒被部下擊斃，其子統殘部西逃。甘當外敵爪牙的 白彥虎 ，決開都河阻清軍。他的副手劉四伏與白分裂，率隊他去。清軍得到蒙古族和維吾爾族人民的幫助，跨越開都河洪流，收復喀喇沙爾城。庫車的託乎迪夏，輪臺起兵反正的伯克哈迪爾，都率眾配合清軍作戰。拜城、阿克蘇、烏什等地的各族人民，紛紛聚眾起義，趕走侵略殘匪，開城迎接清軍。阿圖什的哈拉峻地方柯爾克孜族人民，組織群眾武裝，阻擊敗逃的阿古柏殘匪。僻處帕米爾高原的塔吉克族人民，在艾力甫率領下，殺死阿古柏匪徒的偽官，捕獲阿匪頭目玉努斯江，並押赴喀什交給清軍。