《刺客信條》系列早期的幾部遊戲均是男性主角，12部正傳中自《刺客信條：梟雄》後才加入真正能讓玩家操控的女性主角，豐富了玩家的角色扮演體驗。《刺客信條：奧德賽》的卡珊德拉讓許多玩家感到驚喜，除去“第一把袖劍的傳承”DLC被軟飯男糟蹋的劇情外，卡姐完美得無可挑剔。《刺客信條：英靈殿》中艾沃爾（女）的選擇率就低了很多，很多玩家表示並不喜歡粗曠的維京大媽。
不過也有令部分玩家感到不適的情況，自從可自選主角性別後，育碧就經常用女主做宣發，基本上忽略了男主。這讓很多選擇男性主角的玩家感到不滿，他們認為育碧“重女輕男”，自己喜歡的角色不配出鏡，簡直是區別對待玩家。
事實上，除了宣發常用女性外，很多設定也是預設女主。在《刺客信條：奧德賽》中，育碧將女主卡珊德拉設定為正史的主角，小說劇情也是講述她的冒險故事，而男主阿利克西歐斯則是她失散多年的弟弟，被秩序神教利用。在《刺客信條：英靈殿》中，育碧直接預設艾沃爾是女性，之所以能透過Animus模擬男性的形象與聲音，是因為她是北歐眾神之王奧丁的轉世，某種意義上算雌雄同體。
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上一次因主角性別問題而引發的大規模的怒火還是在2021年底，《刺客信條：英靈殿》與《刺客信條：奧德賽》聯動的時候。雖然《奧德賽》新加的劇情中仍可沿用之前選擇的主角性別，但在《英靈殿》的聯動任務中玩家們遇到的神秘人只有卡珊德拉（女），而阿利克西歐斯（男）則完全沒有出現，這讓許多在《奧德賽》中選擇阿利克西歐斯作為主角的玩家感到很不適應，劇情有很大的割裂感。
《刺客信條》15週年之際，官方釋出了一條艾沃爾（女）和奧丁的推文。“兩位領導者，擁有共同的命運，以及更多的未來”
不出意外，熱評中仍有玩家表示，“你們一直以來的宣傳都是不合適的！奧丁是男性，艾沃爾是奧丁轉世，所以艾沃爾也是男性！不要再用女性版本做愚蠢的宣傳了！”
玩家們認為，主角可選男女是趨勢，也是件好事，但具體還是要注重處理方式。像《刺客信條：梟雄》中的弗萊姐弟就處理的很好，他們有自己的專屬任務和技能，且總戲份時長差不多，所有的玩家都能深入體驗這兩個性格相反且鮮明的角色。而《刺客信條：奧德賽》中身份對調的處理方式，以及《刺客信條：英靈殿》因為轉世實則同一人的處理方式都有些不妥當。
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