9月5日晚，東京殘奧會閉幕式在東京新國立競技場舉行。
這場閉幕式的主題為“和諧之聲”，與開幕式一樣，參與文藝表演的演員多為殘疾人。值得一提的是，各代表團旗手入場後將從志願者手中拿到的一面鏡子安裝在場地中央的東京地標建築晴空塔的模型上。“晴空塔”上一面面閃耀的鏡子，象徵著殘奧會為東京帶來的改變。在閉幕式末尾，東京都知事小池百合子將殘奧會會旗交還給國際殘奧委會主席帕森斯，後者再將會旗傳遞給下屆殘奧會舉辦城市巴黎市的市長伊達爾戈。
帕森斯在致辭中充分肯定了東京殘奧會，他說：“我們一起克服困難並取得了成功，東京殘奧會非常精彩，在12個比賽日裡，運動員給了全世界信心、快樂和希望，他們打破紀錄、溫暖人心，並且改變了我們的生活。”東京奧組委和殘奧組委主席橋本聖子感謝了志願者、工作人員和東京市民對奧運會和殘奧會的支援，她說：“很高興東京舉辦了奧運會和殘奧會，我相信它們的價值。2024年全世界體育愛好者將再次集結，祝願巴黎取得成功！”
張雪梅攜國旗進入體育場。
在閉幕式上擔任中國體育代表團旗手的是28歲的女子輪椅籃球運動員張雪梅。本屆殘奧會上，她與隊友團結一致奪得銀牌，創造了中國女子輪椅籃球隊在殘奧會上的歷史最佳戰績。此前張雪梅在接受採訪時，曾向鏡頭展示了自己滿是老繭的雙手，讓人心疼不已，她解釋說：“（我的手）開始的時候也是很嫩的，不斷地進行輪椅技術、基礎訓練，不斷地起泡、再起泡，反反覆覆，就成了這樣。”