十年后，张居正去世，明神宗开始亲政，有一段时间勤于政务，后期因和文官集团的矛盾而罢朝三十年。公元1620年驾崩，传位皇太子朱常洛。死后葬于十三陵定陵。明神宗罢朝三十年，史学家称之为 “醉梦之期”，并说这段时期明神宗“怠于临朝，勇于敛财，不郊不庙不朝者三十年，与外廷隔绝”。那么，明神宗是什么时候从一个立志有为的皇帝变成一个荒废朝政的皇帝呢？又是什么事情让这位曾经雄心万丈的大明天子堕落得如此厉害呢？表面看起来，明神宗荒于政事、不愿临朝的原因，先是因为宠幸郑贵妃，后是因为厌恶大臣之间的朋党之争。但是，究其主要原因，还是由于明神宗之身体虚弱，行动不便。当然，其身体虚弱的背后，无疑是酒色财气的过度。
万历十七年，即公元1589年十二月，大理寺左评事雒于仁上了一篇奏章，其中批评明神宗纵情于酒、色、财、气，并献“四箴”。对九五至尊皇帝的私生活这样干涉，使明神宗非常恼怒。幸好首辅大学士申时行婉转开导，说皇帝如果要处置雒于仁，无疑是承认雒于仁的批评是确有其事，外面的臣民会信以为真的。最后，雒于仁被革职为民。在处理这件事的过程中，明神宗曾召见申时行等人于毓德宫中，“自辨甚悉”。明神宗对内阁大学士们说：“他说朕好酒，谁人不饮酒？……又说朕好色，偏宠贵妃郑氏。朕只因郑氏勤劳，朕每至一宫，她必相随。朝夕间她独小心侍奉，委的勤劳。……朕为天子，富有四海之内，普天之下，莫非王土，天下之财皆朕之财。…… 人孰无气，且如先生每也有僮仆家人，难道更不责治？”看来，明神宗根本不承认雒于仁的批评。
其实，明朝晚期社会好酒成风。清初的学者张履祥记载了明朝晚期朝廷上下好酒之习：“朝廷不榷酒酤，民得自造。又无群饮之禁，至于今日，流滥已极。……饮者率数升，能者无量。……饮酒或终日夜。朝野上下，恒舞酣歌。”意思是说，明朝晚期对于酒不实行专卖制度，所以民间可以自己制造酒，又不禁止群饮，饮酒成风。喝酒少的能喝几升，多的无限量，日夜不止，朝野上下都是如此。明神宗的好酒，不过是这种饮酒之风的体现罢了。明神宗在十七岁的时候，曾经因为醉酒杖责冯保的义子，差点被慈圣太后废掉帝位。至于说到好色，偏宠贵妃郑氏，这倒是明神宗十分得意的一件风流事。说起来明神宗虽然似乎不及他的先祖文治武功，但却一点使他的先祖望尘莫及。他在万历十年，即公元1582年的三月，就曾效仿他的祖父明世宗的做法，在民间大选嫔妃，一天就娶了“九嫔”，也就是一连娶了九个媳妇。这郑贵妃就是这“九嫔”之一。
当时主持后宫的王皇后容貌平常，又秉持着传统的“妇德”，明神宗对她不感兴趣，却对聪慧机敏、风情万种的郑氏十分宠爱，平时一般都在她宫中留宿，后宫妃嫔无一人能及。万历十四年，即公元1586年，郑氏生下了皇三子朱常洵，明神宗马上当即册封她为仅次于皇后的皇贵妃。但这一晋封却引起了宫廷内外的纷纷议论。原来，明神宗在大婚之前，曾有一次到母亲李太后的宫中请安，忽然一时兴起，看上了太后身边一个王姓宫女，就和她凤倒鸾颠，春风一度。当时，明神宗还是少年天子，不敢让母后知道，他大婚时候的所纳的“九嫔”中也没有这位王姓宫女。但是，这位王姓宫女不久便怀孕了，当李太后向明神宗询问这件事情的时候，他还咬死口不肯承认，后来李太后命人拿出纪录皇帝行踪的“起居注”，一对日期，明神宗才没话可说。然而，李太后却没有生气，倒是觉得自己马上就要抱上孙子了，十分高兴。于是晋封王姓宫女为恭妃。后来，她就给明神宗生下了皇长子朱常洛。
虽然如此，但明神宗却并不喜欢这个王恭妃，那次“临幸”她不过是一时冲动罢了。等到有了心爱的“九嫔”之一郑氏，就更是把他们母子抛到一边了。而当郑氏也给他生了一个儿子，他便立刻封她为贵妃，而早就生了儿子的王恭妃，却没有这种待遇。于是在朝野上下看来，这就是明神宗打算废长立幼的标志了。其实，不论是皇长子朱常洛，还是皇三子朱常洵，此时都还不过是小孩子，也分不出什么谁有出息、谁没有出息。或许在明神宗看来，到底要立谁不立谁都是自己的家务事，当然是由自己说得算。但那些大臣们可不那么想，有明一代的大臣们深受理学影响，对于维护礼制有着无比的热情。当年就和明神宗的祖父世宗皇帝因为要不要管亲爹叫爹的问题就大闹一场，气得世宗皇帝在午门打了一百多个大臣的屁股，成为震惊一时的“大礼议”事件。是不是管亲爹叫爹不过是个称呼问题，尚且掀起了这般轩然大波。关系到今后谁是下一任皇帝这样的“国本”问题，就自然更加引起了大臣们的严重关注，于是，当年二月，户科给事中姜应麟首先上奏，主张“册立元嗣为东宫，以定天下之本”。
这自然是违背了明神宗的心意，于是这位官员马上被贬到遥远的州县。但是，一个人倒下去了，还有千万个人跟上来。一时间，主张立皇长子朱常洛为太子的奏章雪片一般的飞到了御前，弄得明神宗晕头转向，心烦不已。一气之下，恨不得像他祖父学习，把这帮不知死活的家伙也送到午门去打屁股。但是，明神宗却比他的祖父多少有些涵养，觉得这么乱打一气总归不大像是“圣明天子”所为，于是，他就想出了一个“拖为上”的妙计。明神宗先是劝大臣们不要着急，皇后还很年轻嘛，万一她将来生下一个儿子，不就是理所当然的太子，何必急着现在就立王恭妃的儿子。但是，明神宗自从宠爱了郑贵妃，就再也不肯到皇后那里去，皇后这儿子又从何生起？群臣们自然是心知肚明，不肯上当，仍然要求明神宗有一个明确的说法。
无奈之下，明神宗只好使出了第二招，即于万历二十一年，即1593年，准备把皇长子朱常洛、皇三子朱常洵和皇五子朱常浩一并封王，借口等他们长大些再择其善者立为太子，以此来搪塞朝臣悠悠之口。结果群臣大哗，明神宗不得不收回前命。后来这件事情一直争论不已，其间又出现了不少“妖书”，影射宫廷嫡庶之争，弄得天下人心混乱。结果，李太后不得不出来干预。她问明神宗道：“为何迟迟不立常洛为太子？”明神宗慌不择言说：“他不过是个宫女的儿子罢了。”李太后本是明穆宗的宫女，因为生了明神宗才被晋封为贵妃，后来儿子即位又成为皇太后的，现在听到皇帝儿子说出这种话来，不由得勃然大怒道：“你也是宫女的儿子！”吓得明神宗赶紧叩首请罪。得到了李太后的支持，又加上群臣的压力，明神宗只好在万历二十九年，即公元1602年十月，无可奈何地立长子朱常洛才为皇太子。至此，“国本之争”告一段落，朝野上下才算安顿下来。群臣虽然取得了胜利，但明神宗心里却憋了一口气。于是他产生了报复心理：你们既然不让我立喜欢的儿子做太子，那我就“不郊、不庙、不朝、不见、不批、不讲”，干脆“罢工”。
在这方面，明神宗敢想敢干，想到做到，不让其先辈。他先是不肯上朝，又不肯“召对”大臣，于是慢慢地就连内阁的大学士们也很少见到他的面了；后来更是发展到不批奏章，臣下们的奏章一概“留中”不发。明神宗心里明白，对于那些他不喜欢的奏折，只要一加以贬斥，马上就会给朝臣们找来更多的上奏理由，又使他们得到了“讪君买直”的机会。现在干脆给他一个不理，让这帮“忠君爱国”的臣子们面对皇帝的影子作战。至于他自己，就躲到深宫里与他心爱的郑贵妃风花雪月去了。明神宗沉迷酒色，不但迷恋郑贵妃，而且竟然还玩起同性恋的勾当，就是玩弄女色的同时，还玩弄小太监。当时宫中有十个长得很像定陵出土的刺绣百子女夹衣秀的太监，就是专门“给事御前，或承恩与上同卧起”，号称“十俊”。所以，雒于仁的奏章中有“幸十俊以开骗门”的批评。这一点，明神宗与他的祖上明武宗有一点相像。至于贪财一事，明神宗在明代诸帝中可谓最有名了。他在亲政以后，查抄了当朝重臣冯保、张居正的家产，还让太监张诚全部搬入宫中，归自己支配。为了掠夺钱财，他派出矿监、税监，前往各地四处搜括民脂民膏。
由于酒色的过度，使明神宗的身体极为虚弱。还在万历十四年，即1586年，年仅二十四岁的明神宗就传谕内阁，说自己“一时头昏眼黑，力乏不兴”。礼部主事卢洪春为此特地上疏，指出“肝虚则头晕目眩，肾虚则腰痛精泄”。万历十八年，即公元1590年正月初一，明神宗自称“腰痛脚软，行立不便”。万历三十年，即公元1602年，明神宗曾因为病情加剧，宣召首辅沈一贯入阁嘱托后事。可见，此时明神宗的身体状况实是每况愈下。因此，明神宗亲政期间，几乎很少上朝。他处理政事的主要方法是通过谕旨的形式向下面传递。万历年间开展的平定哱\拜叛乱、援朝战争、平定杨应龙叛变等三大征伐的军事行动，都是通过谕旨的形式，而不是大臣们所希望的“召对”形式。在三大征伐战事结束之后，明神宗对于大臣们的奏章的批复，似乎更不感兴趣了。所以，明神宗荒废朝政的情形，有着前后两个阶段：前一阶段是不愿意上朝听政；后一阶段是连大臣们的奏章也不批复，直接“留中”不发。
按照明朝的制度，皇帝是朝政大事的惟一决策者。一旦皇帝不愿处置但又不轻易授权于太监或大臣，整个朝廷的运转就可能陷于停顿。因此，明神宗为了讨好宠妃而采取的这种不负责任的“罢工”，无疑给大明王朝带来了致命的后果。据有关史料记载，到万历三十年，即公元1602年，定制官员空缺的现象已然非常严重。这一年，南、北两京共缺尚书三名、侍郎十名；各地缺巡抚三名，布政使、按察使等官六十六名、知府二十五名。按正常的编制，南、北二京六部应当有尚书十二名，侍郎二十四名，这时总共缺了近三分之一。到万历三十四年，即公元1606年，朝廷中央九卿要员中空缺一半，有的衙署竟然一个人也没有。到了万历四十年，即公元1612年，内阁仅剩下了叶向高一个人，六部九卿仅赵焕一人，都察院已经连续八年没有正官。
而地方的行政管理，有时必须由一个县的知县兼任邻县的知县。从这样的情形，可以想见万历后期朝政运作的效率。神宗萎靡委于上，百官党争于下，这就是万历朝后期的官场大势。官僚队伍中党派林立，门户之争日盛一日，互相倾轧。东林党、宣党、昆党、齐党、浙党，名目众多。大明王朝几乎瘫痪，已是到了崩溃的边缘。因此《明史》在明神宗的盖棺定论时说：“论者谓：明之亡，实亡于神宗。”
