首先，病毒真的是到处都是，所以他们真的无形中影响了我们的方方面面。在你生活的任何环境里面，他们都是数量含量最高的东西(因为很难叫他们生物)。所以基本上他们影响这我们方方面面，从身体结构的组成(就像李雷说的，基因里面长期进化留下的痕迹)，到具体的身体的功能。很多病毒的功能我们只是还没有发现，但是并不代表他们不存在。我真的觉得病毒这些东西是这个世界上最酷的有机体了，我经常想这么简单的个体有的时候居然可以做那么多神气的事情(有点撤远了，回到主题)。
1. 病毒帮助我们免于细菌感染，尤其是在皮肤和粘膜分泌的黏液里面(mucus)。体表会分泌粘液，从化学组成上来说，粘液里面有营养物质，还有很多化学物质来抑制细菌的生长。但是更加另人惊奇的是，里面病毒的含量甚至更高，达到每一个细菌可能就会被 40 个病毒感染。科学家用正常的肺组织作为实验材料，然后保留粘膜组织，发现没有病毒的话，尽管有黏膜组织的存在，细菌仍然可以入侵肺组织，说明病毒是防止细菌入侵不可缺少的一个成分。病毒在我们的身体里的其他组织也发挥着同样的作用。尤其是屎尿屁聚集的地方。想像下在小肠里，如果没有病毒的存在，很多微生物会疯狂的生长，很快就会撑破你的肚皮了 [1]。
(病毒正在感染粘膜上的细菌)
2. 病毒可能影响着我们某些行为，可能是好的，也可能是坏的 (声明：还没有实验证明病毒可以引发让人收益的行为，但是非常的有可能)
a.病毒是可能操纵人的行为的(包括很多其他动物)
我们都知道狂犬病的存在，一种非常流行的说法就是狂犬病毒可以操控宿主的行为，包括人和动物宿主。狂犬病最直接的传播的途径是经过通过一个宿主咬另外一个新的宿主，咬会造成伤口，同时病毒会随着唾液一起进入新的宿主。而在唾液里面病毒的含量是惊人的高的。所以病毒让宿主变的更有攻击性，然后去咬人(操纵行为，因为这时候感染者都是无意识的行为了)，增加病毒的传播几率。
(口吐白沫的狂犬病患者)
b.病毒确实可以增加宿主的某些性状。
比如在植物界，早就有证据证明被某些病毒感染的植物，土豆，西红柿，不但不会引起感染的症状，反而会增强宿主对于干旱还有寒冷的抵抗能力。
(CMV 病毒感染的植物更加耐受低温，但是没有病毒感染的健康植物已经死亡) [2]。
c.既然病毒确实可以操纵人类的行为，同时在其他的物种中也可以诱发对宿主有益的形状，在人体里面当然也是很有可能的，只是我们还没发现而已。
3. 还有就是化敌为友了，虽然在很多时候病毒会为我们造成不好的影响。但是合理应用的话，很多时候我们能化敌为友。
我们可以用他们来生产抗体和外源蛋白，因为很多蛋白是非常好的蛋白表达系统。
我们还可以把病毒致成疫苗
他们还可以用来为特定的细胞输送靶基因，用来治疗癌症和疾病
还可以大规模生产很多昆虫病毒，来用来防治有害的农业害虫，比如说杆状病毒，因为他们对于很多毛毛虫特别的特异，不会杀死其他的昆虫和感染人类，再农业上已经被用作一种绿色农药很厂时间了。
被杆状病毒感染最后滑成一滩水的毛毛虫。
好了，就这么多吧今天，去搬砖了。
References:
[1]. Friendly Viruses Protect Us Against Bacteria
[2] Roossinck MJ (2013) Plant Virus Ecology. PLoS Pathog 9(5): e1003304. doi:10.1371/journal.ppat.1003304