1938年10月武汉会战结束后，日本人确实有点迷茫和失望，因为他们期盼中的“国民政府乞和或者投降”的情况没有出现，而日本的军力和财力却已经用到了极限，政府几乎快破产了。不过大小鬼子仍不死心，尤其是1939年9月欧战爆发后，日本军部和内阁一致认为，美英苏的注意力都被吸引到了欧洲，再努把力还是有机会解决“中国事变”的，于是就在这个月上旬，东京大本营撤销了“华中方面军”建制，以其司令部为基干在南京重新组建了“中国派遣军”。
这就表示日军经过大约11个月的整补后，还是认为有机会有能力在中国战场全面取胜，因为这个“中国派遣军”统一指挥着华北方面军、华中第11军、沪杭第13军和华南之第21军，是二战日军的第一个“总军”级单位。这个总军成立的目的，就是协调和总揽关内战场的作战，企图在军事上给重庆政府以致命一击，迫其“乞和或者投降”，派遣军总司令是西尾寿造大将，而总参谋长是老牌侵略分子板垣征四郎（从陆相的位置上被踢了下来）。
为了打开局面，西尾和板垣就职后的第一件事，就是把第11军司令冈村宁次中将召到南京，决定发动一次新的攻势，目标是扫荡薛岳第九战区的野战主力和摧毁长沙，但是板垣同时又提出长沙不能长期占领，因为“如占领长沙，我们就要建立从岳阳到长沙的兵站补给线，但我手里没有富余的兵力来维护这条补给线”。冈村对这样的决定表示质疑，却也拿不出来什么更好的办法，只能遵令执行，于是9月23日第一次长沙会战爆发。
简短截说，这次会战日军并没有占到什么便宜，不仅未能冲进长沙城，也未能围歼薛岳的任何一支师以上建制部队，到10月1日左右，日军在损失惨重后不得不全面反转，撤回新墙河以北出发阵地。这一仗是薛岳抗命打出来的，所以脸上很是有光，遂于不久以后的第二次南岳军事会议上，职务中的“代理”俩字被去掉了，正式就任第九战区司令长官（原来是陈诚兼着），而冈村宁次则闹了个灰头土脸。
在湖南方向没有取得什么进展，日本人又连续进行了两次尝试，第一次是以两栖登陆的方式，于1939年11月突然攻击了广西南部，以切断越北至广西的交通线为目的，日本方面称之为“南宁攻略”，而中国方面称为桂南会战。正是在桂南会战期间，爆发了著名的昆仑关战役，杜聿明第5军死磕日军精锐第5师团，最终中日两军在昆仑关一线形成对峙，至少从表面来看，对重庆政府没有形成什么实质性的压力。
第二次是枣宜会战，武汉日寇第11军从1940年5月开始发动，终于在6月间占领了宜昌。这已经是最接近三峡和川东的鄂西重镇，重庆方面紧急成立了陈诚的第六战区应对，最终双方在宜昌以西的山地形成对峙，也就是说，虽然宜昌丢了，但是日军也无力进一步西进，川渝仍然是安全的。在此期间，日本陆海军的航空部队疯狂轰炸重庆，企图用所谓的“无差别轰炸”来打击中国抗日军民的士气，配合其战场上的攻势。
然而这些攻击顽强的中国军民都坚持了下来，到1940年9月，东京内阁和军部不得不开始改变对华策略，出台了三个重要措施，第一是将对华战略更改为：“以政治诱降为主，以军事打击为辅”，着重扶持汪伪政权。第二是压缩关内日军兵力而加强和充实盘踞东北的关东军，即山海关以南的日军兵力将由85万减少到72万。第三，是将原有中国派遣军所辖的华南方面军，改由东京大本营直辖。
认真解读完这三项措施，就知道在个这个时间点上，日本军部已经认为无法全面战胜中国了，否则不会削减在华兵力、也不会把汪逆真当回事，尤其是华南方面军的改隶，充分说明日本人要向南觊觎法属印支地区，准备实现其“以战养战”的策略了。因为日本是个资源匮乏的岛国，经不起长期战争的消耗，对日本来说，当时面临着一道无解的难题，陆军省和参谋本部商量来商量去，也拿不出来一个真正有效的解决方案：
参谋本部一些军官认为，对于解决“中国事变”只有两个办法，一是打到重庆、延安，二是从中国撤军。可是若想打到重庆和延安，就需要给中国战场增援不低于15个师团的兵力，在实行对苏警戒的前提下，日军显然没有这个能力。而至于从中国撤军，内阁和陆军省又不可能接受，对于喜欢弱肉强食和占便宜成瘾的日本人来说，把吃到嘴里的肉再吐出来，那简直是不可想像的。
既然不能在短时间内用武力取胜，那就得耗下去，耗到重庆政府坚持不下去而求和或者投降，日本政府和军部同时是这么想的。所以这一时期，连续出现了日本和重庆方面秘密接触进行谈判的所谓“同工作”、日本要求英法关闭滇缅公路和滇越铁路、日军武装进入越南北部等种种情况，标志着日本人从“速胜论”转变为准备长期战争的思路，以日本人的性格，但凡能够在战场上取得决定性的进展，怎么可能跟重庆政府搞什么“和谈”？
包括中国派遣军也发布命令：“以占领区的治安肃政为第一要务”，也就是准备巩固占领区来实现“以战养战”了，而不是再发动大规模的攻势作战，尽管冈村等一批前线将领对此表示强烈不满，也是胳膊拧不过大腿的。1940年9月28日，裕仁在皇宫召见了新任参谋总长杉山元，这个家伙在1937年全面抗战爆发时正任陆军大臣，也是在他的嘴里说出了“三个月解决中国事变”的狂话，现在，裕仁想问问军部究竟怎么打算的？
裕仁质问杉山元，连守备皇宫的近卫师团都调到中国战场了，为什么还没有个明确的结果？杉山元顾左右而言他，于是裕仁愤而退席，责成内大臣木户继续提问。木户孝允提问：有没有把握打败重庆政府？“傻瓜元”回答：很难，木户再问：既然如此，是不是调整下战线，以适应我国财政和物资情况呢？“傻瓜元”再答：很难，突然撤兵，会让外界认为我们战败了。杉山元的这两个“很难”，其实已经准确诠释了日本军政当局在1940年骑虎难下的状态。
而日军染指法属越南，也引起了美英等国的警惕，就在这一年的冬天，美国总统罗斯福发表了“炉边谈话”，第一次向全世界宣告：“中美英三国的命运有密切的关系，美国决心负起民主国家之兵工厂的责任，以大批军需援助中国”，至此，抗日战争乃至于整个二战亚洲战场的重要节点，就要到来了。
