岳飞罢官后，陷害的步伐马不停蹄地加速进行，张俊利用鄂州都统制王贵到镇江枢密行府参见之机，胁迫他就范。王贵在八月下旬返回鄂州，副都统制张宪又于九月一日动身，前去镇江府。大约在秦桧党羽林大声的唆使下，张宪的副手、前军副统制王俊于七天后出面，向王贵诬告张宪，说他得知岳飞罢官的消息，阴谋裹胁大军去襄阳，以威逼朝廷将兵权交还岳飞。
尽管此状并非是刀笔讼棍的高明手笔，全是一派拙劣的谎言，任何稍明事理的人，都不难看出其中的破绽。但受逼胁的王贵却只能将状词转交负责报发朝廷文件的林大声，用急递发往镇江府。早七天出发的张宪须昼行夜宿，他到达镇江府，恰好是自投罗网。
王俊做贼心虚，他特别在诬告状中申明：“张太尉说岳相公处人来，教救他，俊即不曾见有人来，亦不曾见张太尉使人去相公处。张太尉发此言，故要激怒众人背叛朝廷。”然而张俊却不管密院不得私设公堂的国法，对张宪严刑拷打和逼供。最后张宪仍拒绝自诬，张俊又以“张宪供通，为收岳飞处文字后谋反”，上报宋廷。
十月十三日，岳飞终于被投入大理寺狱。主审官是御史中丞何铸，副主审官是大理寺卿周三畏。何铸算是秦桧心腹，曾参与弹奏岳飞，故委此重任。岳飞沉静地辩白自己的冤屈，他特地解开衣服，露出背上“尽忠报国”四个深刺的大字。何铸至此天良发现，他找到秦桧，力辩岳飞无辜。
秦桧在理屈词穷之余，便抬出了皇帝，说：“此上意也！”何铸并不退让，说：“铸岂区区为一岳飞者，强敌未灭，无故戮一大将，失士卒心，非社稷之长计。”秦桧当即奏请宋高宗，改命万俟卨为御史中丞、兼主审官。万俊卨对岳飞竭尽酷刑逼供的能事。岳飞只是在狱案上写了“天日昭昭！天日昭昭”八个大字，并且不进饮食，唯求速死。
一代忠勇名将的冤狱，引起朝野极大的震动。文士智泱、刘允升、范澄之等纷纷上书，企图营救岳飞。范澄之的上书尖锐地指出，“宰辅之臣媚虏急和”，“胡虏未灭，飞之力尚能勘定”，“岂可令将帅相屠，自为逆贼报仇哉”！只求躲避迫害的韩世忠也挺身而出，责问秦桧，秦桧只是冷冰冰地回答：“飞子云与张宪书虽不明，其事体莫须有。”
韩世忠愤慨地说：“莫须有三字，何以服天下！”赵氏宗室中德高望重的赵士像也谏劝皇帝说：“中原未靖，祸及忠义，是忘二圣，不欲复中原也。臣以百口保飞无他。”
大理卿周三畏虽然屈服于权势，而少卿薛仁辅和大理寺丞李若朴（李若虚弟）、何彦猷却竭力为岳飞辩护。虽然宋太祖传下了不杀大臣的誓约，而万俟卨煞费苦心、深文罗织到的罪状，按秦桧之说只是“莫须有”。但正如一个狱子所说，皇帝既已将岳飞“送下棘寺，岂有复出之理”。诏狱历时两个半月，眼看已到岁末，万俟卨通过秦桧匆忙上报，建议“岳飞私罪斩，张宪私罪绞”，“岳云私罪徒”，“今奉圣旨根勘，合取旨裁断”。
宋高宗当即“有旨：岳飞特赐死。张宪、岳云并依军法施行，令杨沂中监斩，仍多差兵将防护”。岳飞和张宪的家属流放岭南和福建。直接卷入冤案的岳飞幕僚和部属于鹏、孙革、王处仁与蒋世雄分别流放“编管”，和尚泽一“决脊杖”，刺配远方牢城厢军，为岳飞鸣冤的智也“决臀杖”，流放远方“编管”。宋高宗对万俟卨上奏的最大更动，是将岳云的徒刑改为死刑，必欲处死而后快。
三位在民族战场上出生入死的猛士，不死于敌，而死于朝廷，却并不意味着冤狱的终结。宋高宗和秦桧尤其憎恨岳飞的幕僚，如朱芾、李若虚、高颖、王良存、夏琪、党尚友、张节夫等都被株连，而贬黜流放。其中如高颖“陷伪十年，固穷守节”，到岳家军任参议官仅一年。他与李若虚饮恨死于流放地。
挺身为岳飞辩护的薛仁辅、李若朴、何彦猷、何铸等，甚至仅对岳飞罢兵权持异议的刘洪道，还有其他一些人士，都受到不同的处分。刘允升死于大理寺，范澄之也死于流放地。王贵作为岳飞的爱将，统率着一支雄师，他虽违心地转递王俊的诬告，宋廷对他仍然很不放心。
王贵明白自己处境的危险，主动提出辞呈，宋廷特命张俊的心腹、庸将田师中取代王贵，任鄂州大军都统制。田师中上任后，对原岳飞部将或排斥，或拉拢，后又将反对议和的牛皋毒死，并将一整套腐败作风带到了鄂州军中。最荒谬的，是因为宋高宗和秦桧憎恶一个“岳”字又将岳州改名纯州，其节镇军名岳阳军改名华容军。
秦桧第二次任相期间，冤狱之多，不可胜计，而诛之慘，株连之广，则以这次“莫须有”狱为最。宋高宗在不少冤狱中一般仍遵守宋太祖誓约，不开杀戒，而唯独对岳飞的冤狱例外。
千百年的古代专制，积累了很多荒唐可憎的恶习，例如臣民不得非议本朝列祖列宗的罪孽和过错。岳飞被揭发说过“官家又不修德”，就算弥天大罪。当然，在气愤已极的情况下，一句心声夺口而出，并非没有可能；而宋高宗的罪孽，又岂是“不修德”三字所能形容。
凡否定这次冤狱者，却只能归罪秦桧，而不能怪罪宋高宗。直至宋亡后，人们才开始谴责宋高宗，探究他杀岳飞的动机。明朝高启写诗说：“每忆上方谁请剑，空嗟高庙自藏弓。”文徵明的《满江红》说“岂不念，中原蹙；岂不惜，徽钦辱。但徽钦既返，此身何属。千古休夸南渡错，当时自怕中原复。笑区区一桧亦何能，逢其欲。”很多人认为，宋高宗杀岳飞，是因为岳飞要“迎二圣”，而“徽钦既返”，宋高宗就当不成皇帝了。
宋高宗的即位诏书说：“同傒两宫之复。”可见“迎二圣”是他自己首先提出来的。宋高宗并不昏庸，而颇为聪明。他必须提出迎还二圣，又不肯真正实施。但是，中国历史上唐玄宗和肃宗，明正统和景泰的事例证明，即使宋钦宗回来，也未必威胁宋高宗的宝座。
绍兴八年（1138年），宋高宗大搞求和活动的口实之一，正是迎还宋钦宗。他说：“朕以梓宫及皇太后、渊圣皇帝未还，晓夜忧惧，未尝去心，若敌人能从朕所求，其余一切非所较也。”经过谈判，金国同意“许还梓宫、母、兄、亲族”。
宋高宗决定让宋钦宗回来优养赋闲，“诏渊圣皇帝宫殿令临安府计度修建”。一时都以为宋钦宗南归在即，故岳飞的辞职奏说：“今讲好已定，两宫天眷不日可还，偃武休兵，可期岁月，臣之所请，无避事之谤。”后因完颜兀术发动政变，事情才发生变卦。
综上所述，可知“迎二圣”并不是岳飞和宋高宗发生矛盾的症结所在。冰冻三尺，非一日之寒，这两人的矛盾有一个积累和发展的过程。
自绍兴元年（1131年）到绍兴七年（1137年），金国主战派掌政，宋高宗乞和不成，为了自己的性命和皇冠，不得不破格提拔将帅。岳飞升迁最快，由一个地位不高的统制，后来居上，成为与韩世忠、张俊、刘光世、吴玠并列的大帅，而其才能和声誉又在他人之上。岳飞一时成了皇帝最器重的武将，他在《乞出师札子》中说：“陛下录臣微劳擢自布衣，曾未十年，官至太尉，品秩比三公，恩数视二府，又增重使名，宣抚诸路。臣一介贱微，宠荣超躐，有逾涯分。”他感激宋高宗，更渴望抗金功成，以为报答。应当说，在此期间，彼此尚无多大矛盾。
两人关系的转折是在绍兴七年（1137年）春。宋高宗本已慷慨允诺岳飞指挥除韩世忠和张俊以外的各军，大举北伐，却因张浚和秦桧的说服，取消成命。岳飞愤慨辞职，不经宋高宗批准，擅自去庐山，为亡母守孝。这种脱离古代臣规的举动，引起皇帝很深的疑忌。后来岳飞听说金国打算扶立宋钦宗儿子当傀儡，就上奏建议丧失生育能力的宋高宗设皇储。宋高宗立即驳回，说武将不应干预朝政。
绍兴八年（1138年），岳飞要求增添兵力，宋高宗的回答是“宁与减地分，不可添兵”，“末大必折，尾大不掉，古人所戒”。此后围绕着战与降，南北统一还是分裂，双方矛盾愈益尖锐。
对武将的猜忌和防范，向来是赵宋恪守不渝的家规。宋朝政治制度的一大特点，就是实行重文轻武，以文制武，使武将受制于文官。只要武将功大、官高而权重，就意味着对皇权构成威胁。南宋初，不得不提高武将的权力和地位，这在宋高宗和文臣们（既有投降派，也有抗战派）看来，是权宜之计，一直抱着且用且疑的态度。
宋高宗听从张浚和秦桧劝告，收回岳飞统率大部兵力的成命，其奥秘即在不容许他立盖世之功，挟震主之威。
岳飞抗金心切，要求增兵，提议建储等等，恰好都触犯宋高宗的深忌。甚至他留意翰墨，礼贤下士，也会使皇帝疑神疑鬼。他一再真诚表示要功成身退，准备在庐山东林寺看经念佛，以度余年，宋高宗是根本不信的。岳飞是武将，李纲和宗泽是文官，这种差别在具体研究宋史时，非注意不可。例如同样提议建皇储，文臣算是忠心，武将便成别有用心。
王夫之《宋论》说：“高宗之为计也，以解兵权而急于和；而桧之为计也，则以欲坚和议而必解诸将之兵，交相用而曲相成。”
降金和解除大将们的兵柄，成了他们的当务之急；而岳飞在这两个问题上，都成了首当其冲的人物。当然，光从这两个问题着眼，岳飞也可罢官闲废，得到与韩世忠一样的下场。查籥揭发的绍兴十年（1140年）秋?完颜兀术给秦桧的信件：“尔朝夕以请和，而岳飞方为河北图，且杀吾婿，不可以不报。必杀岳飞，而后和可成也。”对于他的遇害，也应有重大作用。