公元9年，王莽篡汉建立新朝，成为皇帝的王莽推行新政时，不仅没能有效缓和社会矛盾，反而造成了天下剧烈的动荡，各地农民起义纷起，其中以赤眉军和绿林军为最大的两股军事势力。
新朝天凤四年（公元17年），新市（今湖北京山）人王匡、王凤聚饥民数百人在绿林山起义，由于他们隐蔽于绿林山中（今湖北京山境内），故这支义军被称为“绿林军”。
赤眉军于天凤5年（公元18年）在莒州（今山东莒县）起事，首领为琅琊人樊崇，其以泰山山区一带为根据地，与王莽的军队对抗，几年之间发展到数万人，成为一支不可小视的军事力量。
自号“赤眉军”
地皇3年（公元22年），王莽派出其子王匡（与绿林军首领同名）、廉丹率约十万军队进攻赤眉军。樊崇担心自己的部队与王莽的士兵混淆不清，就下令自己的部下都把眉毛涂红以相识别，从此号称“赤眉军”。
赤红眉毛的赤眉军轻松地战胜了前来讨伐的官军，此次大捷后，赤眉军在黄河南北纵横驰骋，队伍很快就扩大到数十万人。
这个时候绿林军北路部队攻克洛阳，更始帝刘玄由宛城迁都洛阳，派人劝降赤眉军，樊崇亲自带领20多人前往洛阳归降。
但更始帝采取冷漠应付的态度，只封樊崇等20几人为列侯，无权无禄，也没有封地。樊崇等人愤然离开回到赤眉军营地，自此绿林、赤眉两军分裂。
赤眉灭绿林
公元24年冬，赤眉军拥兵30万，分两路向西进攻长安，准备取代更始政权。当赤眉军走到华阴县时，樊崇等人考虑到：天下是刘家的天下，既然要取代更始帝，就要找一个姓刘的人出来当他们的首领。
于是，他们在部队中找到一个西汉皇帝的远亲——一个叫刘盆子的放牛娃，拥立这个年轻的孩子为“上将军”（樊崇等人认为古代皇帝带兵打仗，称上将军，那么上将军就是皇帝）。
有了名分的赤眉军士气大振，公元25年9月，赤眉军攻下了长安，俘虏了更始帝。
这样，绿林军宣告覆灭。轰轰烈烈的绿林大起义虽然失败了，但“绿林”二字却成为了后世那些“聚众山林、反抗朝廷”的英雄豪杰的代名词。
此时的赤眉军声势浩大，拥兵数十万，号称百万之众，成为当时军事力量最为强大的一支势力。可以这么说，如果不出意外的话，天下就是赤眉军的天下了。
占领长安
但是，胜利的喜悦很快就冲昏了赤眉军将领们的头脑，他们攻下长安后，天天聚在一起饮酒作乐，互相吹嘘自己的功劳，稍有不满就拔出长剑砍柱子，内部矛盾很大。
一次在宫里设宴庆祝，结果因为一件小事引发大乱，他们互相残杀，死了上百人才平息了下来。
刘盆子的哥哥很有见识，他看到赤眉军如此没有纪律，知道他们一定会失败，就让刘盆子归还帝位。
结果当他们提出要退位让贤时，樊崇等人死活不同意，最后向刘盆子承认错误，保证不再骚扰百姓，刘盆子才又留了下来。
此时的长安城内，鉴于常年的兵荒马乱，百姓们不知道哪个军队是百姓的军队，也不知应该归顺何人，所以赤眉军也得不到人民的支持。
与此同时，关中的地主豪强隐藏粮食，聚众反抗，与赤眉军为敌，致使长安城中的粮食奇缺，赤眉军又开始在长安城中大肆抢劫，更加失去民心，百姓们也纷纷逃散，城里的军粮得不到补充，占据长安城仅仅四个月，军粮就吃光了。
撤离长安
无奈之下，赤眉军只好放弃长安城，他们把抢掠来的金银财宝装上车，又一把火把长安城里的宫殿烧了个精光，准备向西逃窜。
需要说明的是，赤眉军自从成军以来，就不注重建立根据地，他们往往只会一路抢掠做流寇，不懂得巩固地盘、保障后勤补给的重要性，而抢来的军粮总有吃完的那一天，没有了军粮，军队也就没有了战斗力。
当赤眉军西移至安定、北地（今甘肃固原、怀县）一带时，恰天寒地冻遭遇大雪，又遭到拥兵割据的隗嚣地主武装的袭击。
不得已，赤眉军又折回了长安。而此时的长安，已是“城郭皆空，白骨蔽野”，赤眉军只好出关东归，此时的赤眉军还有20多万人。
刘秀建东汉
当时的刘秀虽然据有河北，但在广大的东方和南方，农民起义军余部和地方割据势力仍为数众多，和这些形形色色的武装力量相比，刘秀只不过才占据了巴掌大的一块地方，其实力也不足以与号称百万之众的赤眉军展开决战。
因此，刘秀趁赤眉军出兵西进长安之机，两路出击，扩充势力，一路自河北南下，夺取原赤眉军的地盘；一路从河北往西，进攻并州（今山西省）。两路军兵锋所指之处，攻无不克，捷报频传，一些割据势力也纷纷归附，中原之地尽为刘秀所占。
更始三年（公元25年）六月，刘秀在众将拥戴下，于河北鄗城（今河北省邢台市柏乡县固城店镇）的千秋亭即皇帝位，建元建武。 为表重兴汉室之意，刘秀建国仍然使用“汉”的国号，史称东汉。后来又定都于洛阳。
最后的失败
建武三年（公元27年）闰正月，当赤眉军行至崤山之底（今河南陕县东南）时，遭刘秀征西大将军冯异的伏击，被俘达八万人。其余十余万人南下宜阳（河南洛宁），又陷入刘秀设下的包围圈中。
饥寒交迫的赤眉军突遇伏兵，又逢大雨，措手不及，只好向刘秀请降，刘秀答应饶他们一死，于是，赤眉军向刘秀放下了武器，轰轰烈烈的赤眉起义就此终结。
刘秀认为，赤眉军的将领们虽然到处抢掠，干了不少坏事，但还是有三个长处：
一、他们没有抛弃糟糠之妻；二、他们能够拥立皇室后代为帝；三、别人失败的时候往往都是砍下君主的脑袋为自己邀功，而他们却没有这样做，显得比较有仁义。
同年，已投降的樊崇和赤眉军将领逄安再度起义，结果兵败后被杀。而刘盆子一直受到刘秀的优待，得以善终。原本可以稳得天下的赤眉军就这样败在了自己手上。