1856年9月初天京事变后，清军趁机向太平天国发起了大举进攻，分兵重点进攻湖北武昌、江西瑞州、抚州、皖北巢湖、皖南宁国。安徽的宁国、无为、庐江、巢湖、和州等相继失守,天京粮源受到威胁,太平天国的形势较为严峻。巧合的是，10月英法联军乘中国内战之际,挑起了第二次鸦片战争,清军被迫调兵遣将抵御英法联军，无法向太平天国发起全面进攻，让处于内乱中的太平天国有了喘息的机会。
1856年11月洪秀全除掉韦昌辉后，召石达开回天京提理政务。深明大义的石达开回京后，采取只惩首恶，胁从不究的策略，使人心惶惶的太平天国内部人心迅速安定下来。刚刚经历了杨秀清、韦昌辉擅权的洪秀全改变太平天国的最高决策体系，只是给了石达开“通军主将”的名义指挥全国军务，而由自己兼任军师,将军政决策权掌握在自己手里。,洪秀全又将自己两位兄长封王，用以钳制石达开，在洪氏兄弟掣肘下，太平天国的指挥中枢效能都受到限制,石达开难以施展才智和指挥能力。但久经沙场的石达开在天京执掌朝政的短短几个月内，仍然发挥了不小的作用。
石达开面临的形势是：1856年12月18，坚守武昌多时的韦俊内外交困下无奈撤守，武昌复被湘军占领；湖北清军聚集到九江、小池口（今湖北省黄梅县小池镇）,威胁江西；皖北清军围桐城, 逼近安庆，李秀成率残军六七千人坚守桐城。天京上游江防两大重镇面临沉重压力。
在石达开的部署下，一段时间内太平军稳守要隘，伺机反攻，并大胆启用了李秀成、陈玉成、石镇吉、杨辅清等一批后起之秀，内讧造成的被动局面逐渐得到了扭转。1857年春,李秀成与陈玉成在枞阳商定出奇兵战略相互配合反攻皖北，由李秀成在桐城牵制皖北清军主力,陈玉成在东路发动猛烈攻势,1857年1月,太平军接连连败清军,收复无为、巢湖、庐江、三河镇,巢湖粮仓重新回到太平天国手中,天京粮源得以稳定。太平军局部战略反攻取得显著战果，清军分别逃往庐州、六安,皖北战局得以扭转。皖北又成为扼堵湘军东侵的战略基地，天京再次得到稳定可恃的战略后方。
1857年4月,陈玉成奉石达开指令,以皖鄂边界为基地,屡次进军湖北,使九江清军的战略后方大受威胁，战线由安徽推进至湖北，陈玉成连克黄梅，广济，黄州，蕲水，罗田，湘军既不敢分兵援皖,又不能增兵九江,相反,还不得不动用小池口前线兵力去抵御陈玉成。湘军东侵势头和力量都遭到阻滞。太平军在上游的战略退却态势得以扭转,复归到新的战略相持阶段。
对于江西战场，石达开采取“谨守江西”战略方针，将湖北撤回的太平军调集起来, 对瑞洲、临江、吉安三处进行驰援，使三处湘军都陷入攻坚拒援、腹背受敌的困境。江西战局逐步活跃起来，江西腹地被太平军牢牢控制,赣西战局继续着长期相持战局。1857年春，石达开又令石镇吉、杨辅清为统帅,相继进军福建,但由于兵力不足，难以控制广大占领区，杨辅清和石镇吉先后被调回江西战场。因此，进军福建的战略不算成功。
总之，石达开主持军务后,采取了收缩战线,腾出机动兵力,突破皖北,进军福建,谨守江西等战略决策,基本扭转了战略退却、军情险恶的不利局面,稳定了上游防线，使天京有了可靠的屏障。可惜这种局面没能坚持多久，就因石达开的离京出走而告终。