自朱权移藩南昌，至朱宸濠承袭王爵，宁藩宗人在南昌繁衍生息、瓜绵椒生，历时近百年，分出了若干支系，除了大宗亲王一系，其余郡王分别是：
宁献王朱权之下：次子临川康僖王朱盘烨，三子宜春安简王朱盘烑、四子新昌安僖王朱盘炷、五子信丰悼惠王朱盘。
其中临川王朱盘烨在天顺五年（1461年）犯事被废，子孙不得袭爵。新昌王朱盘炷、信丰王朱盘死后无子承嗣，国除。宁献王位下，只有宜春王朱盘烑有后嗣继位。
宁惠王朱盘烒（宁世子）之下：次子瑞昌恭僖王朱奠单（土旁）、三子乐安昭定王朱奠垒、四子石城恭靖王朱奠堵、五子弋阳荣庄王朱奠壏。
其中石城王传到第三代时，于弘治十二年（1499年）被革爵，后来虽然复封，但是石城大宗没有子嗣，第三代石城王去世后藩国除封，其余石城支系宗人有存。其余诸王则有后嗣继位。
宁康王朱奠培之下：三子钟陵恭懿王朱觐锥、四子建安简定王朱觐东（金旁）。
其中钟陵王朱觐锥在弘治十八年（1505年）犯事被废，子孙不得袭爵。建安王有后嗣承袭王爵。
另外，宁康王长子朱觐均在未承袭宁王爵位前，被封为上高王，后来朱觐均的独子朱宸濠在没有继承王爵前，也是先承袭了上高王。不过父子俩在继承宁藩，成为大宗之后，都自动去除上高王封号，这算是一个特殊的宁藩郡王。
合计宁藩位下诸郡王，共有：临川、宜春、新昌、信丰、瑞昌、乐安、石城、弋阳、钟陵、建安等十国，另上高一国。其中新昌、信丰两王无子除国；临川、钟陵两王犯事被废、子孙不得袭；上高王承袭宁藩不再复封；石城王大宗无子去世后其余支系宗人不得袭封。宁藩支系只有宜春、瑞昌、乐安、弋阳、建安五王保有王爵传承。但是石城王、临川王、钟陵王依旧有支系宗人存在，所以宁藩除大宗以外，一共是八支支系。
朱宸濠在弘治十年（1497年）承袭宁藩成为第五代、第四任宁王后，牢记祖宗们的教诲，悄悄积蓄力量，一步步恢复宁藩的实力。而历代宁王们忍耐百年之久，一直韬光养晦、恭顺低调，朝廷对于宁藩也逐渐消除戒心，平常视之。在这种情况下，朱宸濠得以扩张势力，收买死士，以谋划将来更大的企图。
弘治十八年（1505年）五月，孝宗驾崩，十五岁的武宗朱厚照即位。武宗忱于玩乐而疏于理政，并宠幸刘瑾为首的内宦集团，导致大明朝政开始紊乱荒怠。朱宸濠趁机贿赂当权大太监及文臣，将永乐年间被朝廷收走的宁藩三护卫恢复，更增长了自身实力。
除此之外，朱宸濠在南昌藩地依仗权力强夺地方田产，又窝藏盗贼，暗中劫掠来往商贾，积蓄了大量的钱粮兵器。同时，他拉拢了致仕都御史李士实、举人刘养正、王纶等一批怀有野心的官员士绅，日夜策划，密谋趁武宗不理朝政务、朝野颓废之际，起兵造反，再来一次“靖难之役”，以实现祖宗当年未竟的向帝系报仇雪恨之夙愿。
正德十四年（1519年）六月十四，暗中准备了二十多年的朱宸濠自认为起兵之事万事俱备，于是借口武宗荒废朝政、宠幸佞臣，昏庸无道的理由，于南昌聚集党羽，正式起兵“匡难”，号称自己“奉皇太后诏，起兵匡扶国家”，并发檄文至各地藩王官员，要求他们放弃正德朝廷，参与自己的“匡难”。在起兵时，朱宸濠为了震慑地方，还杀了不肯附逆的江西巡抚孙燧、江西按察副使许逵，然后革除正德年号，改元顺德。
朱宸濠起兵造反时，宁藩诸郡王中，第五代宜春王朱拱樤、第四代瑞昌王朱拱栟参与了作乱，并对朱宸濠跪拜、口呼“万岁”。此后朱宸濠率叛军主力沿长江而下直驱南京时，朱拱樤、朱拱栟奉命和宁王妃娄氏、宁藩內官万锐等镇守南昌大本营。
而宁藩其余在任郡王：第三代乐安王朱宸前（水旁）、第三代弋阳王长子朱拱樻（尚未袭爵）、第一代建安王朱觐东（金旁），则没有参与叛乱，还主动向朝廷汇报朱宸濠的举兵作乱之举，和宁藩大宗划清了界限。
朱宸濠出兵沿江东下后，先后攻破九江、南康，围攻安庆，准备直取大明留都南京，破城后于此即皇帝位。但朱宸濠在江西碰上了他命中的克星，也是有明一代不世出的文武全才----王守仁（王阳明）。此刻王守仁正以右佥都御史的身份巡抚赣南，在得知宁王造反的消息后，王守仁立即出兵勤王，并联合吉安知府伍文定、赣州知府邢珣、袁州知府徐琏、临江知府戴德孺、江西都指挥使佘恩等江西各地文武官员，制定周密计划，以偏师引诱朱宸濠的主力大军，自己则率精锐官军避开叛军攻击方向，绕道迂回，直奔朱宸濠的老巢南昌，趁城内防守不备，一举偷袭破城，生擒守城的宜春王朱拱樤、瑞昌王朱拱栟，在城内的宁王妃娄氏见大势已去，投水自尽。
朱宸濠在安庆前线正全力攻城，突然得知大本营南昌失守，大惊失色之下急忙在正德十四年（1519年）七月二十一回军南昌。匆忙返回途中，叛军在南昌东北黄家渡被早有准备的王守仁安排在这里的伏兵截击，官军诱敌深入、南北夹击，导致本来就因老巢丢失而心慌意乱、军心不稳的朱宸濠叛军一战而溃，大败逃散，其中被斩杀或者被淹死者数以万计。
已经穷途末路的朱宸濠不甘心失败，在第二天拼凑起最后的力量，向王守仁大军再次发起进攻，妄图做困兽之斗，但是又被官军击退。朱宸濠无力再战，只能退往南昌东北方的樵舍，将残余水师船只用铁链接在一起，结水寨以抗拒王守仁来攻。在随军的万安知县王冕献计之下，王守仁在七月二十四日凌晨用小船载油柴乘风而下，点火冲入朱宸濠水寨中，第三次大破朱宸濠叛军，斩杀、烧死、溺毙叛军又达数万。朱宸濠辛苦几十年所积攒的私兵几乎全军覆灭。王守仁这一仗，重演了当年赤壁之战的精彩历史。
一片混乱中，朱宸濠的座舟也在大火中被焚毁，只能弃舟上岸，狼狈逃窜，随侍其身边的嫔妾都来不及逃走，纷纷赴水自杀。此后王守仁一鼓作气，督促各军紧紧追赶，片刻不停，终于在七月二十六日追上并擒获了宁王朱宸濠及其诸子、仪宾等宗人，李士实、刘养正、王纶等附逆官绅也全部被官军拿获。朱宸濠自正德十四年（1519年）六月十四举兵谋叛，到七月二十六兵败被擒，仅仅四十三天。
朱宸濠叛乱已经平定，而没有及时得知消息的武宗于八月二十二才发布诏令，“御驾亲征”。八月二十五武宗到达涿州时，王守仁的平叛捷报抵达御前，但是武宗决意继续“南征”。此后御驾一路游山玩水，直到闰八月才抵达南京，而王守仁早就将朱宸濠押到南京，等待皇帝“亲征”多时了。
在王守仁及诸臣的一再催促、并将擒获叛王的功劳都归功于“奉天征讨威武大将军镇国公朱寿”（其实就是武宗本人）的前提下，武宗才在南京举行了盛大的献俘仪式，并亲自出场，身着戎服，号令将除去刑具的朱宸濠围在军队包围中，然后一拥而上“伐鼓鸣金而擒之”，再作凯旋状而归，总算是结束了这场儿戏般地“御驾亲征”。
之后，玩得尽兴的武宗在文臣们的提醒下，终于打起精神清算朱宸濠叛党。他下诏历数了朱宸濠罪状，宣布即刻废除宁藩，将朱宸濠及其诸子、诸婿、妃嫔等全部押往京师。朱宸濠在正德十五年十二月（阳历是1521年1月）被处死在通州，诸子婿皆一同伏诛。至此，历经四代五王、一百二十八年的宁藩被废封，宁藩大宗宗族全部被处死。
在处理了宁藩作乱的大宗之后，武宗对参与谋反的宁藩支系：宜春王朱拱樤、瑞昌王朱拱栟及其亲属也做出判决：朱拱樤、朱拱栟押送京师，勒令自尽，直系子孙全部废为庶人，发往凤阳高墙禁锢，宜春、瑞昌两藩除封，旁系宗人改隶乐安、弋阳、建安三府分别管理。（此后宜春、瑞昌两藩先后在嘉靖、万历年间得以本府支系宗人任宗理，相当于复藩，但是没有复封郡王）。而对于没有附逆的乐安、弋阳、建安三王，武宗大加赞赏，并将他们和宁藩大宗及附逆的宜春、瑞昌两府区别开来，授予他们各自独立处理宗人管理的权力。
武宗于正德十六年（1521年）三月驾崩后，继任的世宗嘉靖皇帝因为出身地方宗藩（世宗是武宗堂弟、宪宗之孙、兴献王之子，因武宗没有儿子才得以凭借“兄终弟及、伦序当立”的原则入承大统），所以对同样身为宗藩、又因大宗作乱而不得不各自单独行事、多有不便的宁藩支系宗人们报以同情之心。嘉靖二年（1523年），世宗册立宁藩弋阳王长子朱拱樻承袭弋阳王爵，并授命他担任宁府宗理，兼管宁藩全部八支支系的宗人事务。嘉靖三十年（1551年），弋阳王朱拱樻去世，世宗又授命乐安王朱拱椤继任宁府宗理，兼管宁藩支系宗人事务。
嘉靖三十八年（1559年），第二任宁府宗理朱拱椤去世，世宗没有第三次任命宁府宗理，而是将宁藩尚存的八支支系宗人分别交由乐安、弋阳、建安三府管理，分而治之。从此，宁藩一直保持着这样的状况，直至明末。再往后，经历了朝代更替的宁藩宗人都成为了平民，其中有些朱权后裔至今还居住在南昌市新建区石埠镇璜源村，守护着位于村旁缑岭东麓的始祖宁献王朱权的陵墓，已经历时五百多年了。
明清相交之际，宁藩的后人中出了一个在当时乃至后世都极为有名的杰出画家——八大山人朱耷。他原名朱统金（林字头，念劝），是宁献王朱权的九世孙，弋阳荣庄王朱奠壏的七世孙，原为弋阳辅国中尉，明朝灭亡后先是削发为僧，后来又蓄发当道士。他在书画艺术上成就极高，前承古人，后启来者，被尊称为“国画一代宗师”。有这么一位艺术方面出类拔萃的优秀后裔，也稍微可以告慰一下晚年因心中郁闷、落寞而以文辞书画自娱的宁献王朱权了吧。