他以皇帝的身份消极怠工，长达三十余年不上朝的，万历皇帝可以说破了中国两千年帝制时代的记录。有人认为是万历懒惰，昏庸无道，其实大错特错。万历不上朝实际上是一种与臣僚的对抗，愿因是因为他的想法、他想做的事情，总是会得到大臣的轮番攻击而无法实现。说的不恰当一点，就像是一个跟父母要玩具而不得的小孩子，回家怄气一样。
把万历的性格比喻成小孩子的性格，看似荒诞，实则恰当无比。万历作为皇帝，有着至高无上的权力，但他做事却出尔反尔，扭扭捏捏，极度缺乏信心和果敢，与一个掌握生杀大权的帝王来说显得极其格格不入。这里有一个例子，可见一斑：
万历十七年（1589年），大理寺左评事雒于仁上了一封《酒色财气疏》，疏中大骂万历皇帝贪财好色，荒淫成性。更可恶的是，雒于仁竟然说万历之所以重用宦官张鲸，是因为收受了张鲸的贿赂。对于皇帝来说，接到臣子这样的诋毁，简直是莫大的屈辱。万历看完奏疏之后，气的当即下令，要捉拿雒于仁。
但是，他又害怕捉拿了雒于仁，反倒在言官面前留下了一个心胸狭窄，不能接受忠臣谏言的骂名。于是他又打消了注意，找当时的内阁首辅申时行商量如何处理。申时行一贯是个和稀泥的角色，他对万历说：“此无知小臣，误听道路之言，轻率渎奏，出位沽名。唯宽容不较，乃显圣德。”但万历气不过，想让申时行以内阁的名义处置他，申时行当然不愿意，又是一番劝说之词。终于，万历放弃了处置这个诋毁皇帝的“忠臣”雒于仁。
由此可见，万历做事，第一个想到的是自己的在臣僚面前的名声，而不是皇帝的威严。且畏畏缩缩，没有立场。皇帝若下旨处罚诋毁自己的大臣，谁敢说个不字？但万历却偏偏下不去这个决心，他希望让内阁替他下决心，内阁却也不买他的账。于是，只能自己吃个哑巴亏。
彻底改变万历人生历程的，就是争执了长达三十年的争国本事件。所谓争国本事件，即万历要废长立幼，不立长子朱常洛而想要立三子朱常洵为太子。这被臣僚看作是离经叛道的事情，万万不能容许。大臣们引经据典，告诉万历各种废长立幼的危害，但万历就是不为所动。这一耗就耗了近三十年的时间。
为什么不能废长立幼？这是中国自古以来封建王朝传下来的规矩，有嫡立嫡，无嫡立长。除非嫡子或长子有重大的过失，否则万万不能更改规矩。万历没有嫡子，但却有长子。但是万历却对这个长子却表现出了极其的厌恶，他曾公开跟他的母亲李太后说：“朱常洛只是一个宫女的孩子，他不配当太子。”李太后说：“不要忘了，你也是宫女的儿子。”万历的生母李太后，曾是隆庆皇帝在当裕王时身边的一名宫女。
万历在立储这件事情上，表现出了两大不成熟的地方。首先，作为皇帝，表露出来自己对某个皇子十分喜爱，某个皇子十分讨厌，本来就是大错。就拿万历来说，人人都知道万历喜欢皇三子，讨厌长子，那么朝廷里那些趋炎附势投机钻营的大臣，就会选择性地战队，选择扶持自己所看好的皇子，不遗余力排斥异己，结党营私。如果自己选择战队的皇子将来得势，那自己就是功臣，他就会不惜一切代价打击不被看好的皇子，引起皇室之间骨肉相残。这样的事情在中国历史上比比皆是，数不胜数。万历把对朱常洵的喜爱和倚重恨不得天天挂在脸上，岂不是助长了这种臣子之间结党营私的风气？明末党争残酷异常，不得不说万历“开了一个好头”。
其次，就算万历铁了心觉得朱常洵有才能，比长子朱常洛强百倍，他完全可以动用皇帝的铁腕手段强制命令大臣听命于他，接受他废长立幼的事实。因为在明朝，以非嫡长子身份而继承皇位的，有先例可循，明成祖朱棣就是以朱元璋皇四子的身份继承的大统。况且，万历还可以废掉现皇后，把皇三子的母亲郑贵妃升为皇后，这样皇三子就变成了嫡子。可惜的是，这两种手段万历都没有使用。
理由同上面那个例子一样，反对万历的人太多，以至于让他迟迟下不了决心。他缺乏和臣僚对抗的勇气，更加接受不了臣僚用圣贤之道约束他的这个事实。既然缺乏勇气，他就只能像臣僚妥协，只不过妥协的心不甘情不愿。因此万历的一生，与其说他是高高在上的皇帝，实际上只不过是受制于大臣们的囚徒，不得自由。