清朝末年的新军失控，表面上看是革命党与旧势力的矛盾爆发。实际上，在暗地里却是满汉官员之间的权力斗争。
清朝入关后，有一套比较完整的防备汉人夺权的军事体系。八旗在各地都有驻军，而各省的总督、巡抚和提督、总兵，相互之间又有牵制关系。这样一来，地方上的封疆大吏无法做强做大，军队的训练和调动，也能始终掌握在清廷的中央政府手里。（满人的手里）
但是太平天国之后，八旗形容虚设，绿营也不堪一击，原先吆五喝六的满蒙贵族，对军队实际上已经完全丧失了掌控。只不过当时清廷仍然还有点余威，慈禧老太婆靠着他的政治手腕还能镇得住地方的汉人实权派。
但是八国联军侵华，给了清廷中央政府和慈禧老太婆当头一棒。中央权威的尽失！地方的实权派完全不拿中央当回事。于是，清政府想到了一个办法——就是立宪改革。
不明真相的吃瓜群众一定会说，咱大清也搞君主立宪了，这是好事呀！然而事实的真相却并不是那回事。清末所谓的立宪，实际上是借着立宪这个借口，加强中央集权！把之前让给汉人实权派的权力再收回来。当时就有不少头脑清醒的人指出，慈禧搞立宪的目的，就是藉变法之名，以收集权之实。继续维持满洲人的统治地位。
既然立宪了嘛，那么军队的指挥权，自然就要收归到中央政府。当时的满蒙八旗和绿营都是垃圾，地方实权派训练的练军（比如湘军和淮军），通通都作废，统一改编为巡防营。朝廷另起炉灶，按照西式的标准，训练了一批新式陆军，也就是所谓的新军。
所以新军的建立，并不完全是为了巩固大清国防的需要，关键点在于：慈禧要把汉人精英官僚训练出来的那些什么湘军、淮军，全部裁撤掉！让满洲人重新掌握军队的指挥权，也就是掌控新军。
但是当时的新军普遍也是汉人训练的，比如袁世凯、徐世昌、冯国璋、段祺瑞等人训练出来的北洋六镇；张之洞鼎力支持训练出来的湖北新军。这些新军的指挥官，仍然都是汉人。等于军权还是掌握在汉人手里。于是慈禧想出了一个先砍头，再剁手足的办法。
1906年，慈禧前往天津阅兵，在阅兵场上逼迫袁世凯交出了北洋四镇兵权，并且辞去各项兼差，仅保留两镇的指挥权；
1907年，御前会议上，载沣等人又逼迫袁世凯辞去直隶总督和北洋大臣的实权职务，明升暗降为军机大臣和外务尚书。张之洞在同年也被免去湖广总督的职务，明升暗降随袁世凯一起调入京城。湖广总督一职，由汉军镶蓝旗出身的赵尔巽接任。
1908年，慈禧病死后，身为摄政王的载沣拿出了光绪遗诏，声称要杀袁世凯。所幸当场的张之洞等人极力维护，袁世凯才免于一死。但被免去了所有职务，赶回河南老家钓鱼，永远不准出仕。
罢免袁世凯只是第一步，紧接着还要收回其它部队的指挥权。比如载沣就自封为陆海军大元帅，名义上成为全国总司令；满洲正白旗出身的荫昌为陆军大臣，将北京附近各省的新军指挥权收归中央；满洲亲贵出身的载泽、毓朗和善耆等人掌管新军指挥权。其实就是让荫昌接替袁世凯，让载泽等人控制每一个镇，直接指挥各镇的行动。而原来各镇的统制，比如段祺瑞、曹锟等人则要靠边站，沦为名义上的指挥官。
另外，摄政王载沣还派自己弟弟载洵为海军部大臣，把原本一直就是汉人指挥的海军也收回到满人的手中；并且载沣还下令，从满洲八旗中抽调精干之人，编练为禁卫军，让他的另一个弟弟载涛为军谘府大臣，统领禁卫军；并在北京设立了专收满人的贵胄学堂，培养八旗自己的军事人材。
通过这一系列的调动，在太平天国和洋务运动之后崛起的汉人实权派，荡然无存！各省的汉人督抚，汉人军官，也基本上被满人和汉军旗人所取代。
如果站在满洲人的角度来说，载沣的这一套操作，是符合他们利益的。但是站在当时那个时代来讲，载沣简直蠢透了！据说当时袁世凯被撤换时，张勋就在一旁嚷嚷，干脆他娘的造反算了！只不过袁世凯觉得时机还不到，没有同意。但是让载沣这么一闹，地方上的新军指挥官就不干了！
什么意思？我们辛辛苦苦训练的军队，你们直接捡现成的？捡现成的也就罢了，起码给点补偿啊！直接派满八旗来接手，我们这些汉人怎么安排？给你们白白打工了？以后孙文的炮党再闹事，你们满人去镇压吧！我们不会再给你们卖命了。
所以在武昌起义时，荫昌根本就指挥不动北洋军！段祺瑞被冯国璋等人故意磨蹭，就是要逼清政府，让袁世凯重新出山。因为袁世凯这个总司令不出山，他们这些师一级的将领迟早也会被撤换掉。落一个兔死狐悲、鸟尽弓藏的下场。
紫禁城的那帮满洲贵族，最早还没把武昌起义当回事，原本以为只是小股刁民闹事，派军队去镇压就可以了。谁也没想到，武昌新军只是在湖北那么闹腾了一下，大清朝各省都跟着闹独立了。势头之猛，超乎载沣等人的想象。
江苏巡抚程德全、广西巡抚沈秉堃、安徽巡抚朱家宝、两广总督张鸣岐、山东巡抚孙宝琦等人，这些人可都是朝廷命官。面对载沣等人卸磨杀驴的新政，最后也跟着反了！他们认为反正也会被撤职，还不如搏一把。
后来迫于无奈，载沣等人只得把袁世凯又重新请回来。袁世凯这次回朝，心里面门儿清，要不把那帮满族亲贵彻底搞死，自己肯定也是白白替人家打工。最后还是落个明升暗降，赶回老家的下场。而且老冯和老段跟中央政府顶着干，肯定也没有好果子吃。那么，干脆把这个大清朝灭了算了吧！
所以清末新军不服从指挥，这个现象的根本原因就是新军将领对满洲贵族卸磨杀驴的做法不满！
当然了，因为利益分配不公导致反满，这个现象主要集中在北洋六镇。而在南方各省的新军中，情况与北洋新军又略有不同。
比如湖北新军，当年张之洞在位的时候，他对湖北新军非常重视，投入了非常大的资金。但是当张之洞离职后，削减开支成了常态。这样一来，新军对清政府的不满就可想而知了。在当时的湖北新军中，革命党的排满宣传基本处于公开化状态！
举几个例子。在当时的湖北新军中，像《扬州十日》、《嘉定屠城》、《孔孟心肝》这些痛斥满洲人欺压汉人的刊物，是可以在士兵中公然传阅的。而像《商务报》、《大江报》等这些革命党控制的报纸，因为他们经常会报道一些军官克扣军饷、满人欺压汉人的报道，赢得了很多士兵的支持。以至于声誉日起，报纸的销量日增。
据当时人回忆：部队里的革命气氛较浓，几乎所有的士兵都剪了辫子，表示对清朝统治的反抗，谁要不剪，就会被骂作猪奴才。
而且新军的来源主要是两部分：一是破产农民和城市游民；一是小知识分子，尤其是海归留学生。
这第一类人员本来就对满洲人的统治没什么好感，再加上里面有很多人都是穷人，很容易受革命派鼓动；第二类人员是因为受到西方和日本新思想的影响，对满州人的独裁统治也非常痛恨。
除了湖北新军之外，云南和广西新军也是反满的重要据点。据朱德回忆：当时云南新军和讲武堂的官长，李烈钧、唐继尧、刘祖武、顾品珍等人，大多都是同盟会员，其他一些教官或者是同盟会员。有时候教官在上课时，说着说着就站在椅子上大声高呼，让满州人的统治滚下去，大家不要当亡国奴！
南方新军都是这种调调，新军要不失控，还听满洲人的指挥，那才有鬼呢！
有人或许要问了：难道清政府不管吗？
是的，清政府的各级官员还真的不管！上面不是说过了吗？载沣一上台就是各种理由收回权力，地方督抚谁敢当这个出头鸟？要是被抓住了小辫子，丢官是小，丢命可就亏大了。而且还有一点，因为中央要集权嘛。所以地方督抚的任期都很短，通常就是几个月或者一年，官员就要调走。这种流水官，他们才懒得管这种吃力不讨好的事呢。
所以新军中的反满革命宣传，地方当局基本上就是睁一只眼闭一只眼，即使发现了，顶多解散组织、开除军籍，采取的是息事宁人、不予深究的态度。
所以归根到底的说，清廷对新军的失控，其实是对官员的失控。虽然满洲贵族一直在强调满汉一家亲的概念。但说的和做的，完全是两码事。在汉人官员看来，你吐出来的东西，还能再吞回去？如此厚颜无耻，那就别怪我不客气了！
另一方面，接受了革命思想的新军士兵也是对满洲人的统治早就不满了。当南方的新军和北洋新军达成了共同目标后，清政府的完蛋，就是必然的结果了。