边疆问题是中国古代王朝统治最重要的问题之一，它关系着王朝的领土完整以及中央王朝对于边疆的统治和权威。许多王朝覆灭于内部腐败，但边疆问题却往往是“压死骆驼的最后一根稻草”，这一点在明朝展现的淋漓尽致。
明朝的边疆问题主要在于东北。1386年，朱元璋在南京建国，国号大明，建元洪武。与诸多统治中原的少数民族政权一样，元朝统治者在数百年间早已经在纵情声色之中将蒙古人的强大消耗殆尽。元朝的腐败问题与民族矛盾非常尖锐，元末明初学者叶子奇在他的著作《草木子》一书中揭露道：“元朝末年，官贪吏污，始因蒙古色目人罔然不知廉耻之为何物。其问人讨钱，各有名目……漫不知忠君爱民之为何事也。”如此一来，元朝已是不得民心，因此当朱元璋建国后，元朝很快就被推翻，大量元朝将领投降明朝。当然，还有一部分元朝残余势力占据在西北和东北一带，对明朝负隅顽抗，给明朝边疆统治带来巨大的威胁。
在这种情况下，为巩固明朝统治，明太祖在平定元朝残余势力以后，在辽东半岛建立辽东都司和许多羁縻卫所。辽东都司全称为辽东都指挥使司，它是明朝在辽东地区设立的军政机构，而明朝的羁縻卫所则是明朝时针对边疆地区，以当地首领为长官，掌管当地军民政事的地方机构。羁縻卫所直隶于兵部，不过在实际操作中羁縻卫所拥有极大的权力，其长官甚至由各部族世袭，足以可见当地部族首领对于羁縻卫所的掌控力度。
羁縻卫所制度起源很早，宋朝时就已经出现，《资治通鉴》记载：“大者为州，小者为县，再小者为峒……“巴酋长子弟，量才授仕，置之左右。”明朝时对羁縻卫所制度进行创新，它是明太祖、明成祖等人对于治理边疆的智慧结晶。羁縻卫所中所谓“羁”就是用军政加以控制，而“縻”则是指以经济和物质利益作为抚慰。羁縻卫所最著名的代表是奴儿干都指挥使司，它于永乐九年（1441年）正式设立在黑龙江一带，主要官员初为流官，后为世袭。兀良哈三卫也是羁縻卫所的重要代表，它比奴儿干都指挥使司成立要早，为1389年设置于纳哈出一带。
由于明朝时在东北大量设立羁縻卫所，因而明朝对于东北的统治也被称为“羁縻统治”。羁縻统治有利有弊。在明朝初期，明朝国力鼎盛，元朝负隅顽抗的势力相继被明太祖和明成祖镇压平定，许多蒙古人都依附于明朝，更不用说刚刚经过休养生息恢复元气的女真人。东北地区的女真人在明代时分为四大支系：建州女真、海西女真、东海女真以及黑龙江女真。黑龙江女真和东海女真距离明朝辽东较远，因此影响不大，因而建州女真与海西女真成为明朝治理东北的关键。
海西女真对明朝辽东地区常有侵扰，但由于辽东总兵李成梁的打击，海西女真逐渐式微，建州女真却趁机崛起。建州女真依附于明朝，向明朝进贡，接受明朝皇帝册封。永乐二年（1404年），明朝设立建州卫，封当地首领阿哈出为建州卫指挥使。后来，由于另一位首领猛哥帖木儿因跟随明成祖攻蒙有功，被封为建州左卫指挥使。在动乱当中，猛哥帖木儿被杀，其子董山也被俘获，建州左卫印丢失，猛哥帖木儿的弟弟凡察向朝廷上报，明朝皇帝于是再次授予凡察新的建州左卫印。可是不久之后，董山被赎出，原有的建州左卫印也重新找到，叔侄俩关于建州左卫的归属权产生争执。明英宗下令将建州左卫一分为二，再增设建州右卫，凡察与董山各掌一印。因此，建州卫一分为三，分别成为建州卫、建州左卫、建州右卫，史称“建州三卫”。
明朝初期对于东北地区的统治是比较成功的，通过羁縻政策，明朝获得东北以及西北地区各部族的支持，比如明太祖以及明成祖平定反抗势力时都有少数民族的支持。明朝还通过羁縻卫所进行互市，用内地的的服饰、铁锅、耕地工具等换取东北地区的马匹、人参、貂皮等土特产，极大促进了明朝内地与东北的交流和发展。
不过，明朝对于东北统治的问题也是显而易见的，在东北设立的羁縻卫所的长官大都是当地部落首领担任，且为世袭，这也就是意味着东北地区实际上完全由当地部落掌管，明朝只是名义上的主人。明朝初期国力鼎盛，东北地区的部落首领惧怕明朝的同时多对明朝的册封心怀感激，因此他们比较听命于明朝，可是在明朝后期，随着明朝国力衰弱，加上辽东历代总兵对于东北地区的剥削和打压，激起了东北地区各民族的反抗，尤其是不断崛起的女真人，成为明朝在东北地区最大的威胁。
明万历二年（1574年），女真首领王杲自称建州右卫首领，并以明朝断绝贡市，剥夺女真生计为由，举兵进犯辽阳等地。明辽东总兵李成梁在王杲部下觉昌安的带领下找到王杲部，并将王杲诛杀，不过在战乱当中，觉昌安也被明军误杀。当噩耗传到爱新觉罗?觉昌安家的时候，有一位少年在心中埋下了仇恨的种子，他发誓要替祖父报仇，推翻女真人眼中的“天皇帝”，而这位少年，就是努尔哈赤。
由于明朝国力衰弱，加上东北各族异动不已，明朝已经逐渐失去对东北地区的掌控。努尔哈赤逐渐崛起，他先是征服建州，然后统一女真，最终于万历四十四年（1616年）建国，国号大金。万历四十六年（1618年），努尔哈赤发布“七大恨”檄文，对诸贝勒宣布：“欺凌实甚，情所难堪，因此七恨之故，是以征之。”（《满洲实录）》此后努尔哈赤不断率军攻打明朝北方，成为明朝最大的威胁。明朝对于努尔哈赤的后金疲于应对，只能不断抽调军力抵御女真人的进攻，因此失去镇压国内农民起义的最好机会，最终京城被李自成攻陷，明朝覆灭，崇祯皇帝自缢殉国。
参考资料：
《草木子》 叶子奇
《资治通鉴》 司马光
《满洲实录》