皖南事变后，蒋介石取消了新四军编制，1941年1月20日，中共中央军委发布重建新四军军部的命令。命令以华中总指挥部为基础，重建新四军军部。1941年3月，中共中央决定，重建新四军，由陇海路以南的新四军和八路军部队改编，全军七个主力师，共9万人.
新四军军部代军长 陈毅政委 刘少奇副军长 张云逸参谋长 赖传珠政治部主任 邓子恢
第一师（由原苏北指挥部所辖部队和第一支队、第二支队一部分合并改编，辖三个旅和十一个独立团，1941年4月，师部兼苏中军区机关，辖第一、第二、第三、第四、第五、第六军分区和联抗司令部、抗大九分校等地方组织，1942年主力部队地方化，各旅只保留一个主力团，其余和地方武装组建了12个独立团和3个海防团，1942年10月，和第六师领导机关合并粟裕任指挥兼政委）师长 粟裕、叶飞（1944年12月任）政委 刘炎、谭震林（1942年3月任）副师长 叶飞（1942年11月任）参谋长 张震东（1942年11月任）政治部主任 钟期光第一旅（由第一纵队改编，辖三个团和特务营，1942年主力部队地方化，保留第一团，兼第三军分区，1944年12月，辖第一团、特务团、江高独立团，后改为一师教导旅，又改为苏浙军区第4纵队）旅长 叶飞政委 叶飞副旅长 张藩（1941年11月任）参谋长 张藩政治部主任 吉洛（即姬鹏飞）第一团（1942年抽出一个营加强地方武装，与第二团合并仍称第一团）第二团（1942年与第一团合并，称第一团，番号取消）第三团（1942年与泰东警卫团合并，称泰东警卫团，番号取消）第二旅（由第二纵队改编，辖三个团和特务营，兼第二军分区,1943年，南下与第16旅合并，番号撤销，称第16旅）旅长 王必成政委 刘培善副旅长 段焕竞参谋长 杜屏政治部主任 陈时夫第四团（1942年与第五团、特务营合并，仍称第四团）第五团（1942年与第四团合并，番号撤销）第六团（1942年抽出一个营改称特务营，其余与地方武装合编为台北独立团、兴化独立团）第三旅（由第三纵队改编，辖三个团和特务营，兼第四军分区，1942年主力部队地方化，保留第七团，1944年辖第七团、第一特务团、第四特务团，后改称苏浙军区第3纵队）旅长 陶勇政委 刘先胜参谋长 张震东政治部主任 卢胜第七团（1942年抽出一个营充实地方武装，其余与第八团2个营、特务营合编为第七团）第八团（1942年抽出1个营充实地方武装，其余2个营并入第七团，番号撤销）第九团（1942年，充实地方武装，番号撤销）联抗司令部（统战性质，辖四个大队，1944年10月取消）司令员 黄逸峰（以国民党战地指导委员会委员身份出任）副司令员 李俊民副司令员 周至堃参谋长 周至堃政治部主任 张孤梅抗大九分校（辖3个大队1个中队和1个直属党训队，1200人，1944年5月转为苏中公学）校长 粟裕政委 粟裕副校长 刘季平（1943年2月任）教育长 张日清、杜屏参谋长 廖昌金（1943年2月任）政治部主任 谢云晖、张崇文政治部副主任 刘亚奇、姚耐12个地方独立团，3个海防团。
第二师（由改编后第四支队、第五支队、江北游击队和军部特务营改编，辖第四、第五、第六旅、津浦路东联防司令部、津浦路西联防司令部，淮南行政公署成立后，方毅任行署主任）师长 张云逸（兼）政委 郑位三副师长 罗炳辉参谋长 周骏民政治部主任 郭述申（未到任）政治部副主任 张劲夫四三年成立淮南军区后师长 罗炳辉政委 谭震林参谋长 刘振纪副参谋长 詹化雨政治部主任 萧望东政治部副主任 余立金第四旅（由第四支队改编，辖三个团，1943年9月兼津浦路东军分区，1945年10月编入津浦前线野战军第二纵队，仍称第4旅）旅长 梁从学、朱绍清政委 王集成、张劲夫、陈光、高志荣副旅长 吴世安参谋长 詹化雨、黄序周、秦贤安政治部主任 王集成（兼）、李世炎、徐海珊第十团第十一团（1942年第十二团部分人员编入）第十二团（1942年撤销，所属人员分别编入第十一团和五旅第十四团、六旅第十七团、1945年恢复番号）第五旅（由第五支队改编，辖三个团，1943年2月兼津浦路东军分区，9月改兼路西军分区，1945年10月北上鲁南，编入第二纵队，仍称第五旅）旅长 成钧政委 赵启民副旅长 詹化雨、张翼翔副政委 黄岩（1943年9月任）参谋长 张元寿政治部主任 侯政、汪少川、邓少东第十三团第十四团第十五团（1942年所属第1、第3营分别编入第十三团、第十四团，第2营和第六旅第十七团和并为第十五团）第六旅（由江北游击队和军部特务营改编，辖三个团，1943年2月兼津浦路西军分区，１９４３年９月建制撤销，１９４４年12月重建）旅长 谭希林、陈庆先政委 谭希林、黄岩副旅长 张翼翔、李国厚副政委 刘额标参谋长 朱绍清、饶守坤政治部主任 徐祥亨、汪少川第十六团第十七团（1942年番号撤销，与五旅第十五团第2营合并，改为五旅第十五团）第十八团（1942年底，调归津浦路西联防司令部指挥）重建第六旅（1944年12月恢复第六旅建制，兼津浦路西军分区，辖第十七团、第十八团、淮西独立团和地方武装）旅长 陈庆先政委 黄岩副旅长 李国厚副政委 刘额标参谋长 饶守坤政治部主任 汪少川第十七团第十八团
淮西独立团巢北支队定合支队定凤怀总队定远总队定凤嘉总队滁县总队全椒总队淮南独立旅（１９４５年８月，由路东部队组建）旅长 罗占云政委 李世炎参谋长 谭知耕政治部主任 王敬群津浦路路西联防司令部司令 郑抱真政委 谭光廷副司令员 陈庆先参谋长 李国厚独立一团独立二团独立五团
津浦路路东联防司令部独立三团独立四团
第三师（由八路军第五纵队改编而成，辖三个旅、盐阜军分区、淮海军区、皖东北保安司令部）师长 黄克诚政委 黄克诚参谋长 彭雄政治部主任 吴法宪第七旅（1941年由八路军第五纵队第一支队编成，辖三个团，1944年9月归第四师指挥，1945年9月，恢复三个团建制，11月开赴东北，编入东北民主自治军）旅长 彭明治政委 朱涤新、郭成柱（代）副旅长 田维扬、胡炳云参谋长 黄炜华政治部主任 郭成柱第十九团第二十团第二十一团（1943年，分散编入淮海军分区第四支队、盐东、盐城、建阳总队等地方武装）第八旅（1941年2月，由八路军第五纵队第2支队编成，辖三个团，兼苏北军区盐阜军分区，1945年8月，开赴东北，编入东北民主自治军）旅长 田守尧（牺牲）、张爱萍（兼）、张天云政委 吴信泉、李雪三、张爱萍（兼）、李雪三副旅长 常玉清参谋长 常玉清（兼）、胡继成政治部主任 李雪三、陈志方第二十二团第二十三团（1945年9月，留在山东作战，盐阜军分区射阳警卫团变为第二十三团）第二十四团（1942年4月，分散编入射阳、阜宁、涟东大队）第九旅（1941年2月，由八路军第五纵队第3支队编成，辖3个团，9月调归四师建制，兼淮北军区第一军分区，1945年10月北上山东，改编为津浦前线野战军第2纵队第九旅）旅长 张爱萍、韦国清、滕海清政委 韦国清、康志强副旅长 张震球（1942年任）参谋长 杨志雄、刘清明政治部主任 张震球、张震环
盐阜军分区司令员 洪学智
淮海军区司令员 覃建政委 金明
皖东北保安司令部副司令 常玉清独立旅（由淮海第二、三支队组成，后归第七师指挥）
第四师（由八路军第四纵队改编而成，辖第十旅、第十一旅、第十二旅、萧县独立旅）师长 彭雪枫（彭雪枫牺牲后，张爱萍任师长）政委 彭雪枫（邓子恢）副师长 韦国清（彭雪枫牺牲后）参谋长 张震政治部主任 萧望东（吴芝圃代）第十旅（1941年2月，由八路军第四纵队第四旅改编而成，辖第二十八团、第二十九团，1941年9月，与第三师第九旅对换建制，兼苏北军区淮海军分区，1945年9月28日后改辖第28、第29、第30团，11月北上东北，改编为东北民主自治军）旅长 刘震、钟伟政委 康志强（金明）、王凤梧参谋长 沈启贤政治部主任 高农斧第二十八团（1942年，第1营、第3营并入第二十九团，第二营充实到淮海独立团、滨海大队和沭河大队）第二十九团（1942年11月，和第七旅第二团与地方武装整编为第1、2、3、4四个支队，1945年4月，2、3支队合编成第三师独立旅，1、4支队改编成新1、新2团）第三十团（第十一旅第三十三团调入）第十一旅 （1941年2月，由八路军第四纵队第五旅改称，辖三个团，兼淮北军区第2军分区，1945年11月编入华中野战军第九纵队）旅长 滕海清政委 孔石泉副旅长 张太生政治部主任 黎同新第三十一团（1941年6月，第十二旅第三十五团一部分编入）第三十二团（1941年6月，第十二旅第三十五团一部分编入）第三十三团（1941年6月，调归第十旅建制）旅独立团（1944年1月，淮北军区第2军分区独立团第二、第三营和陇海大队合并而成）第十二旅（1941年2月，由八路军第四纵队第六旅改称，辖2个团和萧县独立旅，1941年5月撤销，所属34、35团归师部指挥）旅长 谭友林、饶子键政委 赖毅副旅长 黄思沛参谋长 黄思沛（兼）政治部主任 刘作孚萧县独立旅旅长 钟汉民政委 李中道第三十四团第三十五团
重建第十二旅（1945年8月重建，辖三个团，11月，第三十四、三十六团编入华中野战军第九纵队，第三十五团开往路西扩大成独立旅）旅长 饶子键政委 张太生参谋长 张登先政治部主任 王学武第三十四团第三十五团（由宿东游击队改编）第三十六团（由萧县、铜山独立团合并而成）
第五师（由豫鄂挺进纵队改编，辖第十三旅、第十四旅、第十五旅、特务旅、第一、第二、第三游击纵队）师长 李先念政委 李先念（朱理治）参谋长 刘少卿政治部主任 任质斌第十三旅（由鄂豫挺进纵队第一支队改编，辖三个团，1945年10月，编入中原军区第二纵第十三旅）旅长 周志坚、周志刚政委 方正平副旅长 肖远久、黄林政治部主任 栗在山第三十七团（由第一支队第二团改称）第三十八团（由第一支队第三团改称）第三十九团（由挺进纵队第五团改称）第十四旅（由挺进纵队一部改编而成，辖三个团，1942年4月番号撤销，所属部队归第五军区指挥，1945年10月，分别被编入中原军区第二纵队第十四旅、鄂东军区独立第二旅）旅长 罗厚福、吴林焕政委 张体学副旅长 吴林焕政治部主任 夏农苔第四十团（由平汉支队第一团改称，1941年11月，编入第五师特务旅第一团，广济独立团改称第四十团）第四十一团（由黄冈地方武装改编）第四十二团（由挺进纵队第九团改称）第十五旅（1941年4月，由鄂豫挺进纵队一部改编，辖3个团，1942年4月成立第三军分区，番号撤销，1943年9月，重建第十五旅）旅长 王海山、杨经曲副旅长 王海山（杨经曲任旅长后改任）政委 周志刚副旅长 朱立文参谋长 张文津政治部主任 张执一第四十三团（由额与挺进纵队第六团改称，后隶属第三军分区）第四十四团（由额与挺进纵队第十团改称，后隶属第三军分区）第四十五团（由额与挺进纵队第八团改称，后隶属第三军分区）重建第十五旅（1943年9月，重建第十五旅，后又并入第三军分区）旅长 吴林焕政委 方正平第三十九团第四十四团第四十五团特务旅（1941年11月，由第十五旅第四十四团和第三游击纵队一部改编，1942年4月特务旅撤销）旅长 罗厚福政委 何耀榜第一团第三团
第一游击纵队司令员 杨经曲政委 张执一第二游击纵队司令 黄林政委 黄林第三游击纵队司令 何耀榜政委 何耀榜第六师（第三支队和第二支队一部分改编，辖第十六旅、第十八旅、江南东路保安司令部、江南西路保安司令部，后师领导机关与第一师实行内部合并，归粟裕指挥）师长 谭震林政委 谭震林参谋长 罗忠毅政治部主任第十六旅A（由新四军第二支队一部分改编，辖3个团，1943年1月与第二旅合并仍称第十六旅）旅长 罗忠毅（兼）、黄玉林（代）、谭震林（兼）、钟国楚政委 廖海涛、钟国楚、江渭清政治部主任 钟国楚（兼）第十六旅B（1943年1月，第二旅并入第十六旅，1945年1月，改称苏浙军区第一纵队）旅长 王必成政委 江渭清副旅长 钟国楚参谋长 张开荆政治部主任 魏天禄副参谋长 陈铁军第四十六团第四十七团第四十八团第十八旅（1941年2月，由新四军第三支队改编，辖三个团，1941年11月，改属第一师，兼苏中军区第一军分区，1945年6月，改为苏中军区教导第二旅）旅长 江渭清、温玉成、刘先胜、刘飞政委 温玉成、韦一平、陈时飞参谋长 光夏政治部主任 张英、刘文学第五十一团（1942年4月，第五十三团番号撤销后，划归第十八旅建制）第五十二团（1941年5月抽出一个营编入第五十一团，9月，五十三团第一营补入）第五十三团（1941年9月，番号撤销，第1、2营分别编入第五十二团、第五十四团）第五十四团（1941年9月，五十三团第2营补入，后调出二个营给五十二团，其余部队和高宝地方武装合并成立高宝独立团）
江都警卫团（1942年10月，以五十二团一个营和原江都警卫团合并而成）
江南东路保安司令部司令 何克希政委 吴仲超
江南西路保安司令部司令 韦永义第七师（由重建的第三支队改编，开始只有四个团和一个教导大队，后整编成三个旅）师长 张鼎臣（未到任）、谭西林（代）政委 曾希圣参谋长 李志高政治部主任 何伟第十九旅（1841年4月成立，辖三个团，1942年4月，番号撤销，所辖三个团编入第七师含和、沿江、皖南支队，1945年6月，番号恢复，仍辖第五十五团、第五十六团、第五十七团，9月编入津浦前线野战军第七师第十九旅）旅长 孙仲德政委 曾希圣（兼）参谋长 林维先政治部主任 何伟（兼）第五十五团（1943年2月，编入沿江支队）第五十六团（1943年2月，编入含和支队）第五十七团（1941年9月成立，1943年2月，编入皖南支队）第二十旅（1945年10月，由第七师皖南支队扩编组建，辖三个团，12月北上鲁南，改称津浦前线野战军第七师第二十旅，后与第二十一旅合并，改编为中原野战军第六师第十七旅）旅长 梁金华政委 黄耀南参谋长 周绍昆、李相庭政治部主任 高立中第五十八团第五十九团第六十团第二十一旅（1945年10月，由含和支队和沿江支队一部合并改编而成，辖三个团，12月北上鲁南，改称津浦野战军第七师第二十一旅，10月与第二十旅合编）旅长 马长炎政委 黄先副旅长 傅绍甫副政委 何志远参谋长 陈仁洪政治部主任 杨汉林第六十一团第六十二团第六十三团独立旅（1941年2月，由八路军第115师第五旅改编，辖三个团，1942年北上山东，改编为八路军115师教导旅第五旅）旅长 梁兴初政委 罗华生副旅长 吴世安参谋长 李梓（榨）斌政治部主任 刘兴元第一团（由八路军第十三团改称）团长 胡大荣政委 覃士冕第二团（由八路军第十四团改称）团长 江曼元政委 叶绍贤第三团（由淮海地区淮河大队改编）团长 吴觉、吴德政政委 晏成山、袁功庭
含和支队（1943年2月成立，由第五十五团、五十六团和含和独立团合并组建，辖五个大队）司令员 孙仲德政委 孙仲德（兼）、黄火星、张铚秀沿江支队（1943年2月成立，由第五十五团和皖中地方武装合并组建，辖五个大队）司令员 林维先政委 林维先（兼）皖南支队（1043年2月成立，由第五十七团、繁昌、铜陵等地方武装合并组建，辖五个大队）司令员 梁金华政委 黄耀南抗日军政大学第五分校（1940年11月，由新四军苏北军政学校和八路军五纵队教导队合并组建，辖六个大队，2000人）校长 陈毅（兼）政委 陈毅（兼）副校长 赖传珠（兼）副校长 冯定副校长 洪学智政治部主任 余立金教育长 谢祥生特务团