一九九八年六月的一个早晨，故宫东侧殿的环卫工人，正在和往常一样，打扫着故宫路面的一砖一瓦。后来她回忆说：“当时我看到慈宁宫外墙拐角处，有一些垃圾，我走过去，随便用扫帚这么一扫，竟然没有扫掉。我在这个地方，做环卫工作好几年了，这一带因为很少对游客开放，所以基本上没有什么垃圾。那天我看到垃圾，就觉着蹊跷，但蹊跷归蹊跷吧，总得有人打理，结果还扫不干净，我就奇了怪了。”这位环卫工人发现的这些垃圾，是当年翻修故宫慈宁宫东侧宫墙外围路面施工的过程中，留下来的一些塑料纸，当年由于工期紧张，压在地里面，没有被人注意到，就这样一压压了十三年。“我用手去拔，一开始还拔不动，我当时就想，只有从上面把这点儿塑料给剪掉才行了，于是，我回到清洁房，去拿剪子。”
“拿剪子的时候，我和同事小刘，随意就这么提了一下，说慈宁宫西墙外的路面上，竟然有些垃圾，还取不出，同事们都挺诧异的，有些人就劝我，这事儿最好还是给上头知会一声，也不费什么功夫。我觉着有理，就先去把垃圾处理掉，然后，在早上八点故宫开门儿的时候，给上头知会了一声，后来，这件事儿我就给忘了。”实际上，这位环卫工人将这个情况报告给上级以后，上级并没有不当回事，相反，他们比较重视，亲自过去看了一看。因为管理这片区域的人员，都是一些文物鉴定和考古专业人士，对于这种表面上没什么要紧的事，他们往往非常敏感。接着，慈宁宫片区的管理人员，一起开了一个会议，决定要不要把那片地方的地砖全部铲起来，然后将地下的垃圾彻底清理干净，再把地砖给铺上。他们当时不知道的是，如果他们这么做，将会有一个匪夷所思的发现。
由于故宫的大部分地砖，都是清朝时期遗留下来的文物，只有少部分地砖，是后来人工仿制的，因此，对于这种很小的工程，如果涉及到损坏故宫文物，都要上报。最终，在几天之后，慈宁宫片区管理处接到了故宫博物院上级的通知，批准可以对这一片地区进行一次清理。只是既然要清理，那么清理的力度就要大，由于这片区域已经连续十三年没有彻底清理和整修过了。接着，一个月以后，对这片地区的清理工作，就开始了。最初的清理，是将慈宁宫西侧宫墙的地砖，全部掀起来，接着将地砖下面残留的一些垃圾碎片，全部打扫干净，再接着，就将这片地区暂时封闭起来，然后对这些被掀起来的地砖，进行逐个修复，力求在保存历史感的前提下，对一些破碎的地砖进行加固，然后再通过文物修复技术人员，对地砖进行仿古上色。
这些工作进行得很快，不到一个星期的时间，就全部完成了。接着要做的，就是将这些地砖全部铺回去即可。然而，转折点就发生在这时候。当时的一位考古技术人员，在给地面铺地砖的时候，非常敏感地捕捉到了一个有些奇怪的现象。他后来回忆说：“我们铺这个地砖，都是从中间开始铺，然后一点一点地延续到四周，这样，才能保证最后不会有地砖多余出来，那样的话，这些文物就又要被破坏一次。但是我在从中间铺地砖铺到右侧的时候，总觉得地面的倾角（类似于坡度）有些偏大，这个问题，我之前完全没有发现。不过我一开始也没有觉得这是什么大问题，当时就想着，很可能是土层厚度不一样，我甚至还用铲子，亲自平整了一些这边的土层，但是就在我平整的时候，越来越觉得不对劲，如果仅仅是土层厚度不一样，那么应该不太可能出现这么大的倾角差，后来，我把这件事和同事们说了，他们也来看了看，也纷纷表示这里可能有问题。”
“最终，我们还是请来了故宫博物院的院长，院长的工作很忙，然而对于这类事情，他从来都不会掉以轻心。我们刚刚告诉他，他下午就过来了，说要亲自看看。不得不说，姜还是老的辣，他只看了不到一分钟，然后用手摸了摸地上的土，又趴在地上看了一下倾角，就斩钉截铁地给我们说：‘挖吧，这下面还有东西。’其实当时老先生说出这句话，我已经不是太惊讶了，因为我一直都觉得这个地方不太对劲。既然老先生下令了，那我们就开挖。对于故宫这种遍地是宝的地方，挖掘不到万不得已，是绝对不能动用重型挖掘工具的，我们用铁锹挖，用铲子铲，结果，出人意料的事情，发生了。”
当时的挖掘工作，进行得很快，在挖掘的第二天上午，被挖掘地区的土壤颜色，就发生了转变。最上层的土壤，是当年改造故宫的时候，从外边运来的土壤，是土黄色的，最新鲜的土壤，“我们向下挖了大约十几公分，发现土壤的颜色变深了，也更加致密了，我们当即就停止了挖掘，接着用考古学中的探槽技术，一点一点地向下，小心翼翼地取土，如果不这样，万一下面有什么文物，很可能就会造成永久性破坏。最终，我们在中间的一个地方，找到了一个理想的取土层的位置，然后用探槽不断向下，最终，这段探槽的长度，竟然达到了将近十米，这下，我们终于明白了，原来在故宫下面，竟然还有建筑！”
对故宫之下建筑的全力发掘，在这一年的年底正式开始。这些考古工作人员发现的，是故宫下面的另一座巨大的皇宫：元大都皇宫遗址。实际上，关于元大都皇宫遗址，在500年前的史料文献中，已经有过明确记载，只是由于从来没有找到考古学方面的任何证据，因此，就如夏王朝一样，这样的记载虽然非常详细，但始终无法被证明。这次发现，让500年前古书中的记载，全部应验了。《元史》中记载说：“元上都，位于香山之东南，房山之北侧，为元朝帝王之宫城。宫城形制为四方，西北东北各多一角，以其便于城防与水流之通也。”实际上，元朝甚至清朝时期的许多正史中，都有关于元大都的记载，而且，元朝建都北京，是众人皆知的历史事实，既然建都北京，都城必然也在北京，只是这个都城的位置，一直没有被确定下来。
元朝扫平当时的北方之后，元世祖忽必烈下诏，要在“千里河山之上，平地而起都城一座。这座都城要有恢弘无比的气势，要非常庞大，能够体现出蒙古人的豪迈气概。同时，这座都城也应该融合汉族文化和中国传统儒家文化。”元大都的建制，整体分为三个部分，宫城区，寺庙区，以及墓葬区。这三个部分，分别象征着人间，神间以及阴间。宫城区，包括元朝皇帝和大臣们居住的区域。寺庙区，则建设有许多佛教寺庙，还有孔庙以及其它一些宗教的寺庙，当时的元朝地盘广大，中东地区的伊斯兰教寺庙，在这里也出现了。墓葬区，则主要分布在北侧。在这三个区域之外，就是老百姓居住的地方了。
元大都的建设，前后总共历经了约二十五年，动用了数不胜数的劳工。在元大都建设完毕之前，元世祖忽必烈就去世了。忽必烈一去世，黄金家族内部就出现了矛盾，这种矛盾，直接投射到了元大都的建设方面。原来，元大都的宫城之内，原来也是有一条中轴线的，然而忽必烈去世以后，元朝内部许多争斗的势力，就想让元大都之内，出现两条甚至三条中轴线。因此，元大都的中轴线建设，在历史上曾经改了又改，这也是为什么元大都的布局，并不是特别方正的缘由。
故宫考古工作者发现元大都遗址后，非常激动，在挖掘的过程中，他们挖出了地面底下许多宫殿建筑群，这些建筑群，当时已经被泥土填埋了，然而建筑群里的建筑结构，甚至一些房屋内部的家具和艺术品，竟然完好地保存了下来。在元大都龙福宫里，发现了许多非常珍贵的文物。例如元朝时期非常有特色的，集结了蒙古族、汉族和穆斯林风格的陶瓷玉器，这些文物的价值不可估量。发掘工作进行了两年之久，后来，考古工作者终于明白了，故宫底下的这座皇城，以现在的技术，几乎是不太可能完全发掘出来的，因为牵涉的面积太大，除非把整个故宫底下，全部掏空，可能才能完整发掘。不过，已经发掘的部分，也不会再次填埋，就在慈宁宫西侧宫墙的外围，建立了一个比较小的元大都皇城遗址，开辟了一个比较小的博物馆。等到将来技术水平足够了，再进行彻底发掘。