玄武门事变成功之后，坐上皇帝位子的李世民便开始清除李建成异党。由于他之前就听说过其中魏征的才华名声，于是便专门找他来询问。两人一见面，他就直截了当地问魏征：“你曾经离间我和我的兄弟，这究竟是为什么呢？”这魏征也颇有胆量和风度，他不紧不慢地说：“原来的太子要是听我的话，必然不会有现在的灾祸。”
究其原因，魏征是想借这种纵横家高明的话术来凸显自己的身价和聪颖之处。而最重要的是，他还将太子看作是平白无奇的公子纠，而将李世民看作是齐桓公，这种比喻自然让李世民十分满意。除此之外，魏征还把自己看作是管仲，这表示他愿意为新皇帝出谋划策，尽心竭力，辅佐他成就宏图霸业，同时，也暗中提示皇帝要遵守为君之道，要知人善任，有足够的气量，否则魏征之前将他比作齐桓公就不太合适了。
而也正是这个十分巧妙地回答让魏征避免了杀身之祸，打动了新皇。
事情本来就是魏征之前辅佐太子，尽的是他应尽的本分，没有什么可以过分指责的。不仅如此，魏征这个人在建成党中并没有担任什么机关要员，仅仅只是一个管理经史书籍的小官，但却有着过人的才华。这样一个可以说是怀才不遇的能人要是被李世民重用了，自然能显露出他识人之准，还能为自己冲淡杀兄夺位这件事的坏影响。
李世民城府极深，他对与曾经鼎力支持他那些武臣一直怀有防备之意，这一批武将在他登基之后处境待遇都不如之前好，更不用说后来收为己用的魏征了。这样来看的话，李世民重用他，一方面确实是因为他有才华，而另一方面，怕是想借此事来塑造自己明德的君王形象。
魏征在他小的时候就极为喜爱纵横权术，后来成为太子谋臣的他对于太宗这些念头一清二楚。他知道，要是想保住自己的身家性命，获得更到的官位，就必须帮助皇上树立他的明君形象。而在唐朝有一种最恰当的方式可以凸显君王的大度和明德，那就是进谏。谏言越是激烈，进谏的次数越多，自己的地位就越巩固，危险也就越少。
这从他和太宗的心腹——房玄龄的对比上就可以看出来，太宗对于魏征，其中恐怕大多只是表面功夫，并没有将他作为自己的亲信去培养。
后来有一次，有人在皇上跟前说魏征的亲戚受到了他的照顾，皇上立刻派人查询此事，虽然后来没能证实，然而却仍然就此事警告了魏征，而他也抓住了这次机会对太宗表明了自己愿意做良臣不愿做忠臣的想法。这也恰恰抓住了关键，就是太宗想成为一代的明君，如果想达到这个目标，那么他就要广纳谏言，不能偏听偏信。
李世民也十分聪明，他立刻明白了魏征的用意，鼓励手下的臣子敢于进谏，提倡进谏风气，以至在贞观年间形成了善进谏乐进谏的风气，而他自己也声望大增，有了明君的称号。
换句话说，这一君一臣都是明白人，都善于利用对方来为自己挣得名声。一个成为了历史上有名的谏臣，而另一位也得偿所愿成为了明君，两个人合作起来造就了一段佳话。
但为难得的是，太宗对于驭臣之道十分熟练，他隔上一段时间就会提醒提醒魏征。有明确记载的是在贞观三年时，魏征被贬为秘书监，李世民告诉他：“你犯的罪比以前管仲射公子小白还要严重，而我重视你的程度比管仲受重视的程度还要重，现在君臣之间各有所得，对待你会有像我一样的人吗？”
此后六年，太宗又在招待近臣的宴席上说：“你原来确实是我的敌人，但是，那时你是尽你的本分，这是值得嘉奖的。现在我能重用你，又有什么对不起古时候的贤人呢？”从这些事上就可以看出来，太宗防备魏征的心思。
而每每到了这种时候，魏征就会十分巧妙地回答：“陛下您让臣说，臣才敢说得那样直白。要是不这样的话，我怎么敢去触犯龙颜呢？”
但是，这两人也并不是一直保持着贤臣明君的形象，有一次魏征在上朝时直言顶撞太宗，太宗气得在下朝之后大呼：“我早晚杀了这个老匹夫！”但是总的来说，两人这种谏臣明君的形象是深入人心了，也因此，魏征没有作为异党被杀掉。
可是，这一切在魏征死后，都发生了翻天覆地的变化。
魏征在死之前曾向太宗密荐中书侍郎杜正伦和吏部尚书侯君集，说他们的才能可担当宰相之职。可是，在魏征死后，杜正伦因为负罪被罢免，候君集因参与谋反而被斩首。李世民开始就怀疑魏征这位他认为很老实的人在朝廷有因私营党的嫌疑。
后来，唐太宗又得知消息：魏征曾把自己给皇帝提建议的书稿给当时记录历史的官员褚遂良观看，这下李世民炸了锅。
李世民怀疑魏征故意博取清正的名声，心里很不高兴。先前唐太宗已经同意把衡山公主许配给魏征长子魏叔玉，这时也后悔了，下旨解除婚约，到后来他越想越恼火，竟然亲自砸掉了魏征的墓碑，一段君臣佳话，竟以此为终，让人叹息。