在《西游记》里，并没有直接交代猪八戒被贬下凡后八万水军的去向，只能结合背景和人物关系来进行分析和猜测。
有朝堂就有明争暗斗，无论天上人间。在《西游记》全篇出现的天庭军队一共只有两支，一是李靖统领的十万天兵天将，还有一只就是天蓬元帅统领的八万水军。李靖统领的十万天兵直属玉皇大帝，而天蓬统领的八万水军则是紫薇大帝的嫡系。
相信每个帝王都会有集权的想法，作为辅助的紫薇大帝居然手握重兵，玉帝心中自然有一番考量，考量的当然是如何削弱紫薇大帝的势力和兵力。
而天蓬元帅作为紫薇大帝麾下北极四圣之首，还是直接统领八万水军的统帅，必然成为玉帝针对的对象。而调戏嫦娥事件则是一个由头，虽说是很小的事情，不就喝醉酒跟一个宫娥胡言乱语了几句，但是可以做很大的文章。于是天蓬差点就被直接处决了，幸的太白金星求情才逃过大劫。
至于当时为什么紫薇大帝不出来求情呢？很大可能就是紫薇大帝明白这是玉帝明摆着针对他，若是他自己出来说清，玉帝必针锋相对，那时天蓬肯定是大祸临头了，所以也只能令想办法保住天蓬，令其加入取经队伍可以是紫薇大帝或者玉帝对天蓬牺牲的补偿。
玉帝做以上安排，目的肯定是裁军，不可能再让紫薇大帝的人填补空缺，当然他也明白他自己的嫡系也肯定坐不上八万水军统帅这个位置。
那直接解散这八万水军吗？不可能，吃相太难看，紫薇大帝也会做出反击。
于是，玉帝作出了收买或者离间的计策。就是扶持北极四圣之末的佑圣真君，令其统领部分水军扫荡天下群魔，肯定不会统领全部，甚至大部分可能以各种名头被归入进李靖的统领。于是佑圣真君带领部众，游走九天十地，斩妖除魔，以致功勋卓绝，被封为真武大帝，从此，四御中有了一个和紫薇大帝势均力敌的帝君。
《西游记》原著中亦有记载孙悟空去救助真武大帝时真武大帝的一番自述：
祖师道：“我当年威镇北方，统摄真武之位，剪伐天下妖邪，乃奉玉帝敕旨。后又披发跣足，踏腾蛇神龟，领五雷神将、巨虬狮子、猛兽毒龙，收降东北方黑气妖氛，乃奉元始天尊符召。今日静享武当山，安逸太和殿，一向海岳平宁，乾坤清泰。奈何我南赡部洲并北俱芦洲之地，妖魔剪伐，邪鬼潜踪。今蒙大圣下降，不得不行；只是上界无有旨意，不敢擅动干戈。假若法遣众神，又恐玉帝见罪，十分却了大圣，又是我逆了人情。我谅着那西路上纵有妖邪，也不为大害。我今着龟、蛇二将并五大神龙与你助力，管教擒妖精，救你师之难。”
在真武大帝的最后话语中，他的主要得力部下为龟、蛇二将，还有五大神龙，这些应该都属于水军的编制。
所以综上，猜测的结论就是天蓬下凡之后，八万水军被打散，一部分归入真武大帝的统领，负责扫荡天下群魔。