西域这个地区对我们总是保持着足够的神秘，最早指周朝诸地，先秦《国语》有“西方之书”；《诗经》有“西方之人”。而根据清朝人编写的史料我们可以发现，对于当时而言，所谓的西域其实就是嘉峪关以外。东南方从宿州开始，东北东北从蒙古开始，西边从葱岭开始，最北走到达俄罗斯，南边是青海西藏，向外延伸2万多里的一块区域。
这样的一个区域，基本上就相当于我们现在的新疆以及巴尔喀什湖以南的中亚地区，可以说，这块地方就是从汉朝开始，我们认知中最原始的西域。翻阅史书我们发现，在汉唐时候天山的南北两侧，曾经有很多个大小不同，风格各异的国家，但是，在唐朝以后到底发生了什么事情，使得西域变成了现在的这番模样呢？
在公元840年的时候，曾经在漠北高原雄极一时的回鹘汗国被灭国了，所以，当时遍布漠北的回鹘部落开始向西边迁徙。据14世纪维吾尔历史学家杰马尔·卡尔西《苏拉赫词典补编》记载：这个时候的部落被分为三支：第一支进入了现在的碎叶河地区，第二支进入了安西，第三支则进入了吐蕃。
第一支进入现在碎叶河地区的回鹘人建立了喀喇汗国，他们称霸了这片地区，并且，在公元十世纪的时候完成了统一。并且，其汗国实行游牧民族常见的“双汗制”，大汗称阿尔斯兰可汗，驻地巴拉沙衮，副汗称布格拉可汗，驻地初在怛逻斯，后迁至喀什噶尔，也就是今天的新疆喀什。
在这段时间里，他们的可汗还因为受到了中亚伊斯兰势力的影响，开始改变了自己的信仰，与此同时，这也是我们国家北宋建立政权的时候。在公元10-11世纪的时候，喀喇汗国一开始先跨越过了葱岭攻占了喀什这块地方，在这之后不久，就灭掉了地处于丝绸之路南边的于阗国。
这几仗连番打下来，他们就跟坐落在丝绸之路北边的那几个信仰佛教的国家，比如：高昌与回鹘之间呈对峙状态。
也是从这个时候开始，伊斯兰教就开始在新疆这片土地上广泛的流传开来。在公元12世纪，契丹名将耶律大石率领军队开始向西出征，并且，在这几次战斗中，他把当时的高昌、回鹘跟喀喇汗国全部纳入到了自己的地盘，让他们都处于自己的控制状态之下。
但是，由于当时的契丹人绝大多数都是信仰佛教的，所以，他们对于这几个国家的民众的信仰采取了宽容的政策，并没有强迫不信仰佛教的人开始信仰佛教。在此期间，来自西方的伊斯兰势力在萨马尔罕这个地方被耶律大石给打败了。所以，在这样的一段时间，西域这个地方的宗教信仰相对来讲是自由的，几种信仰混杂在一起并没有产生多少争斗。
几百年过去了，蒙古势力做大，在蒙古帝国席卷欧亚大陆之后，西域这个地方则被分给了察合台一系。因为，在当时的蒙古可汗他们大多信仰漠北的萨满教，所以，他们对于西域的各种宗教都持宽容的态度，也并没有强迫他们改变信仰。可是，好景不长，在1347年察合台的统治被打断了，从这个时候起，蒙古所持的宽容的宗教政策就开始发生了改变。
察合台的在统治被打断之后，以阿克苏为首都的东察合台汗国成立了。这个新成立国家其可汗为了团结蒙古的各个部落，也为了笼络那些讲着突厥语的各个族群，为了增强这个新生政权的统治，从他一上台开始，就在那个地区伊斯兰势力的影响下，开始改变了自己的信仰。
他率先改信了伊斯兰教，这之后不久为了紧随可汗，这个国家的16多万名民众都将自己的长头发剪去，全部改变了自己的宗教信仰。可以说，这个蒙古可汗也是历史上第一个率领部落改信宗教的蒙古可汗。在这之后，他的继任者黑的儿火者汗亲自率领军队攻下了契丹的两个边防重镇，这两个边防重镇都在现在的吐鲁番地区。
在攻下这两个边防重镇之后，这位可汗强迫当地的所有民众全部改信伊斯兰教。也因为这种情况，这两个边陲重镇被叫做“达尔·阿勒-伊斯兰”。后来，一直到15世纪后半段的时候，哈密这个地方也被东察合台人攻破了，到此为止，整个西域信仰佛教的地方便不复存在了。
最终，随着蒙古人和畏兀儿人纷纷改信伊斯兰教以后，这整个西域地区就在14到16世纪的时候完成了转型，此时，这片地区被伊斯兰教彻底攻陷。一直到后来的乾隆彻底平定这片地区的时候，西域已经不再是像我们史书中讲述的那样，此时的西域已经是一个完全在伊斯兰教掌控下的地区了。
参考资料：
『《国语》、《诗经》、《苏拉赫词典补编》』