明朝的灭亡其实与北宋极为相似，明朝面对蒙古没有灭国，北宋面对辽国同样没有灭国，反倒是崛起于东北的金国和满清灭亡了北宋和明朝，那么为何会造成这种情况呢？其实就是四个字“时也命也”。元朝败退草原后并非没有反扑的实力，然而当时的明朝同样极为强悍，当明朝开始衰落时，北元也陷入了内忧外患之中，正是由于两者的同时衰弱，这才给了满清可趁之机。
至正二十八年（1368年），面对明军的北伐，元顺帝孛儿只斤·妥懽帖睦尔率领残余势力撤往上都，就此终结了蒙古统治中原的时代。由于蒙古是主动撤退，因而依旧保留了相当的实力，且与高丽、畏兀儿等依旧保持着联系，因此明初朱元璋多次派兵北伐清剿。
洪武二十一年（1388年），名将蓝玉率十五万大军在捕鱼儿海大败脱古思帖木儿，脱古思帖木儿与儿子天保奴和丞相失烈门等人也被部将所杀，黄金家族就此彻底丧失了在蒙古人心目中至高无上的地位，此后大多数蒙古部落开始脱离统治。
此后，蒙古分裂为鞑靼和瓦剌两部，黄金家族后裔孛儿只斤·本雅失里虽是鞑靼可汗，但大权却掌握在太师阿鲁台手中。瓦剌作为黄金家族的姻亲，其统治着蒙古草原西部地区，与东部的鞑靼争斗不休，但却相对处于劣势。
为了解决北元威胁，朱棣从永乐八年（1410年）开始，先后五次率兵亲征，直接重挫实力强大的鞑靼。到了仁宣年间，由于连续出兵自身损耗过大，明朝开始从战略进攻转入战略防守，而瓦剌则趁着明朝战略收缩，鞑靼遭受重创的机会趁机崛起。
正统十四年（1449年），瓦剌太师也先南侵制造“土木堡之变”，俘虏明英宗朱祁镇，明朝遭遇立国以来最大危局，然而由于此时明朝正处于巅峰，也先在北京保卫战中受挫后，被迫与明廷议和，而这也成为了元朝败退之后对明朝造成的唯一一次重大威胁。
瓦剌强势崛起后虽然也曾短暂统治蒙古草原，但正是由于这次南侵失败，以及也先僭越自立可汗和与明朝议和，使得原本已经臣服于他的各黄金家族的部落和汗国又重新自立，而也先本人也在景泰四年（1453年）被暗杀，瓦剌就此实力大损，蒙古草原再度陷入分裂。
蒙古虽然在成化年间短暂中兴，但长期分裂的他们无力南下瓦剌的迅速衰落使得蒙古草原再度陷入混乱，而黄金家族后裔则在内乱之中不断进行着重新整合。成化三年（1467年），成吉思汗第27代继承人孛儿只斤·满都鲁在战争中去世，孛儿只斤·巴图孟克在满都海赛音可敦的支持下于成化六年（1470年）继承汗位，尊号达延汗。
之后，达延汗在满都海赛音的支持下不仅稳固了统治，而且彻底将瓦剌赶出了蒙古中部地区，使得黄金家族重新成为了草原统治者。达延汗在位37年，先后征服亦思马因、火筛、亦卜剌，统一漠南蒙古，再加上一系列卓有成效的改革，使得蒙古短暂中兴。不过，达延汗忙于整顿内部，还无力南下侵略。
然而，蒙古的这次短暂中兴随着达延汗的去世随即告终，此后虽然达延汗的子孙仍然能够顺利继承汗位，但蒙古各部却实际上已经是半独立状态。
由于明朝经略辽东的失误，从明隆庆四年（1570年）开始，女真在时任明建州部首领努尔哈赤的率领下开始逐渐崛起，努尔哈赤先是相继兼并女真各部，初步实行了女真各部的统一，最终在明万历四十四年（1616）建立后金政权。
蒙古被后金分化蚕食，终成明朝灭亡之巨患后金政权建立之后，努尔哈赤一方面积极反抗明朝在辽东的统治，另一方面则利用蒙古分裂的局面，对其进行分化蚕食，科尔沁部、扎鲁特部先后通过联姻与后金建立联盟。库图克图汗看出后金的野心后，先后派兵收复右翼鄂尔多斯、喀喇沁、土默特等部，并与喀尔喀部却图汗结为联盟，一时间倒也稳住了局势。
崇祯元年（1628年），兀良哈的苏布台、喀喇沁的达来台吉、土默特和布石图汗、鄂尔多斯的额仁沁济农以及永谢布、阿苏惕、阿巴嘎、喀尔喀等部为了摆脱库图克图汗，结成联盟公然与其对抗，并在召城一战中，消灭库图克图汗精锐四万余人，使得蒙古可汗实力大为削弱。
此战之后，土默特、喀喇沁、兀良哈等部为了避免库图克图汗的报复，就此倒向后金。此举直接导致库图克图汗就此陷入孤立无援的境地，面对后金和蒙古各部联军的多次进攻，他只能被迫退出西拉木伦河流域，迁至归化城（今呼和浩特）固守。
崇祯五年（1632年）4月，皇太极会集蒙古各部，再次率领大军西进，面对远胜自己的敌军，库图克图汗只能率领人畜十余万西渡黄河逃窜，大势已去的局面下，部众大部逃散，库图克图汗逃至青海，两年后在打草滩病逝。
明崇祯八年（1635年），多尔衮和岳托等率兵万余渡河，招降了库图克图汗剩余部众，孛儿只斤·额尔孔果洛额哲献传国玉玺出降，漠南蒙古自此全部纳入后金版图，大蒙古国汗位至此断绝，蒙古帝国就此彻底消失。
综上所述，从明中期开始，明朝和蒙古都开始步入了持续衰退状态之中，到明朝末年时期，面对已经崛起的后金，明廷和蒙古都陷入了内忧外患之中，已经无力遏制，明朝自然也就不可能亡于蒙古，而只能亡于满洲了。