关于秦琼有没有参与玄武门之变，一直都很有争议。作为当时的上柱国、翼国公、“跃马挺枪刺于万众中，莫不如志”的大唐第一勇士，在玄武门之变中到底发挥了什么样的作用，无论是《旧唐书》还是《新唐书》都讳莫如深，似乎只是不情不愿地一笔带过：“及平隐、巢，功拜左武卫大将军，实封七百户。”“从诛建成、元吉。”其中提到的“功”是平定李建成（即隐太子）李元吉（即巢刺王）之功，还是在打下大唐江山时候的功劳，模棱两可。这就是说，两本比较可靠的正史，都把秦琼放在了一个很不重要的位置，甚至有点故意给他增光添彩的意思，可能是觉得要是大唐第一猛将秦琼没在玄武门之变中立功，好像有点说不过去。而从秦琼几乎没有得到封赏这一点上来看，秦琼还真有可能就没去趟浑水。事实上在后人和秦琼的眼里，那实在是算不上什么光彩。
其实细看唐朝史料我们就会发现，玄武门之变李世民这一方，核心人物是长孙无忌、尉迟敬德、程咬金、房玄龄、杜如晦，这其中爵位最高的是长孙无忌，享受六部郎中（正五品上）待遇的一个最低级公爵（比部郎中、上党县公），其余四个人连个子爵都不是。而秦琼这个上柱国是可以跟尚书令（李世民）、大行台尚书令一样享受正二品待遇的荣誉称号，国公和嗣王（帝子）、郡王一样享受正一品待遇。也就是说，秦琼当时的级别，并不比李世民李元吉低，只是比储君李建成低半格，要是有这样一个重量级人物加盟，那么李世民一定会大书特书，玄武门之变也不会打得那么惨烈了——李世民差点被李元吉用弓弦勒死。
这时候有人说，秦琼当是病了，正在家休息呢，因为秦琼在战斗中过于勇猛，所以大唐开国之后就休息了。但是我们看看后汉三国和唐朝史料就会知道，比秦琼受伤严重的人多了，可是创伤痊愈之后还是照样生龙活虎：东吴周泰一次就被人弄了七十多处伤口，程咬金也曾被王世充手下用长槊捅了个对穿，可是这二位都活得很生猛，程咬金七十多岁还能作为主将出征西突厥，还有精力屠城抢钱呢。
而最重要的是史料明明写着当时秦琼生猛依旧，在《新唐书 列传第四高祖诸子》中明确记载着，玄武门之变的导火索，就是李建成推荐李元吉北征征调李世民的嫡系部队，而李老大李老四（元吉是老四，玄霸是老三）点将的头一个，就是秦琼秦叔宝：“多引秦王府骁将秦叔宝、尉迟敬德、程知节、段志玄与行。”这里面建成元吉最想要的可能就是秦琼了——已经收买过尉迟敬德，没成功，段志玄是李世民的贴身保镖之一（从李渊起兵的时候就跟着李世民），而程咬金（程知节）一向很听秦琼的话（两人关系最好，一起投唐就是程咬金请示秦琼后做的决定），所以只要能说服秦琼支持自己，那么李建成的胜算无疑将会翻番：尉迟恭虽然暴烈，但是两次被秦琼打败，心里有阴影，见了秦琼就腿软。
这就要回归正题了：如果李建成向秦琼伸出橄榄枝，或者直接让魏征出面拉拢，那么玄武门之变中秦琼支持李建成的可能性有多大？
作为李渊的嫡长子、已经钦定的皇位继承人，而且战场上表现也不错，李建成有资格招贤纳士。更重要的一点是李建成身边还有瓦岗旧将魏征魏老道（魏征真当过道士，富家子弟徐茂功还真没当过）出谋划策，要说他不给李建成出主意拉拢秦琼，那几乎是不可能的——后来的发生的事情表明，魏征很是足智多谋甚至有点老奸巨猾的意思，他不会认识不到秦琼的巨大影响力和号召力。那么老谋深算的魏征魏玄成，作为太子心腹，为什么在玄武门之变中偏偏就把秦琼给忘了呢？答案是魏征当然不会忘，但是他更知道自己去找秦琼也是自讨没趣。
于是玄武门之变前最诡异的一幕发生了，除了李建成想让依然比海鲜还生猛的秦琼出征外，建成世民似乎都把秦琼给忘了：李建成想刺杀尉迟敬德，而尉迟敬德忙着给李世民派跑腿学舌（包括拿秦王的佩刀吓唬房玄龄杜如晦），秦琼却依然在自己的翼国公府里端着李渊送给他的金酒壶喝酒，看着手下忙里忙外地替他准备铠甲长枪准备出发呢。
所以这时候无论是李建成还是李世民找上门来，秦琼都会很不耐烦地把他们打发走：“你秦叔叔要替你爹出去打仗了，你们小孩子们闹家务，别来烦我！”所以李建成想取得秦琼的支持，可能性几乎为零，即使是李世民，取得秦琼支持并想让这位李渊最钦敬的骁将帮助自己杀兄屠弟，可能性也无限接近于零。这一点从后来秦琼的表现中就能看得出来。
玄武门之变后，前几天还生龙活虎张罗着要出兵打仗的秦琼忽然就“病”了，李渊退位，他也“退休”了，此生再没有跨马出征——这“病”也来得太快太蹊跷了吧？所以综合史料分析，秦琼不但不会支持李建成，而且也不会支持李世民，甚至还有点心灰意冷的意思：帮你们把李家江山打下来了，至于你们这几个不肖之子怎么兄弟相残威逼父皇，那不关我秦某人的事，老夫也懒得管……