1949年前，中国共有13所基督教会大学，这些由传教士建立的大学起点很高，如燕京大学、齐鲁大学等，在20世纪20年代以后，教会大学在中国教育近代化过程中起着某种程度的示范与导向作用。
1、东吴大学
1900年，著名美国传教士林乐知担任了东吴大学董事长，中国第一所民办大学正式诞生，其法学院尤为著名，被誉为“华南第一流的而且是最著名的法学院”，培养了中华民国外长、总理、著名法学家王宠惠，著名法官、法学家吴经熊、李浩培、潘汉典，中国第一位国际大法官倪征燠。
2、燕京大学
燕大由诸多学校整合而成，1919年司徒雷登出任校长后整理校务，面貌焕然一新。1929年起正式设立了文学院、理学院、法学院，总共近20个系。
3、齐鲁大学
该校是1904至1952年在山东办学的教会大学，由来自美国、英国及加拿大三国的14个基督教教会组织共同筹款联合整合旧有教会学校基础上开办。齐鲁大学校长、毕业于哈佛大学的刘世传自豪地说：“正如我的另一个母校，哈佛大学是美国最老的大学一样，齐大是中国最老的大学，绝对没有一个中国大学能在这一点上赶上齐大!”
4、上海圣约翰大学
创建于1870年的上海，由美国圣公会上海主教施约瑟将原来的两所圣公会学校培雅书院和恩度书院合并而成，乃中国第一所高等教育学府。
5、之江大学
其前身是宁波崇信义塾，1845年由美国基督教长老会麦卡第在福州创办的一所教会女子大学。
10、金陵女子文理学院
是中国近代著名的女子教会大学，1915年在南京开学。第一任校长是德本康夫人，1928年，德本康夫人辞去校长职务，校董会推选金陵女大首届毕业生、留美博士吴贻芳为校长。1951年，私立金陵女子文理学院与私立金陵大学合并为公立金陵大学。1952年，金陵大学主体与南京大学合并。
11、沪江大学
创办于1906年，原名上海浸会大学，是一所教会大学。上海浸会大学最初的校长为美国人柏高德博士。另设浸会神学院，由美国人万应远博士任院长。1952年高等学校院系调整，沪江大学各系分别并入今复旦大学、华东师范大学、上海财经大学等相关院校，校址移归上海机械学院，为今上海理工大学。
12、岭南大学
最初由美国基督教会创办，以后由国人自办。1952院系调整中，岭南大学与中山大学及其他院校的理工科合并，组成现在的华南理工大学，校址设在岭南大学旧址。其余学科经过合并调整，分别组成中山大学、今华南农大、华南师范大学和中山医学院。
另外，李提摩太在山西办山西大学。
教会大学的出现使中国高等教育与西方高等教育的差距一下子缩短了几百年，在华最好的教会大学的水平接近了同时代欧美一般大学的程度。教会大学在体制、机构、计划、课程、方法乃至规章制度诸多方面，更为直接地引进西方近代教育模式，从而在教育界和社会上产生颇为深刻的影响，为中国高等教育作出了不可磨灭的贡献。