首先要说，两所高校都是非常不错的大学。而且这两所高校，还有一个显著的共同点：每年招生人数较少，在目前大学普遍扩招再扩招的大背景下，属于一股清流，甚至于显得有些格格不入。
个人是挺烦来说哪个高校更好这样的话题的，似乎无论你怎么说，都会有一部分人极其不乐意，属于典型的吃力不讨好。
但至少目前，乃至起码20年左右，南科大和中国科技大学的差距，还是会非常明显的。
尽管说南方科技大学是全国最著名的网红大学，是深圳在中国高等教育改革发展的时代背景下创建的一所高起点、高定位的公办新型研究型大学。之前老马曾有文章专门说过，南方科技大学、国科大、中国社科大是我国进步最快的三所大学。
这里尝试性地六个方面，来说明中国科技大学和南方科技大学两所高校之间的差异。
1、从学校知名度和头衔上来讲，中国科技大学是国字头高校，C9联盟一员。目前是985、211、双一流（A类)高校，而南方科技大学，尽管从开设那天起，就定位非常高，但毕竟时日尚短，目前还是一所双非高校。
2、从学校规模、研究所数量和规格上来讲，中国科学技术大学和南方科技大学简直不是一个数量级别。
中国科学技术大学是中国科学院所属的一所以前沿科学和高新技术为主、兼有医学和特色文科的综合性全国重点大学。学校现有30个学院（学部），含7个科教融合学院；设有苏州高等研究院、上海研究院、北京研究院、先进技术研究院、国际金融研究院、中国科学院稀土研究院（中科大稀土学院，暂定名，位于江西）、附属第一医院（安徽省立医院）。
而南方科技大学，学校校园占地面积194.38万平方米，规划总建筑面积为90多万平方米；已成立25个院系、中心，开设31个本科，专业，截至目前，南方科技大学已签约引进教师1108人，包括院士46人、国际会士45人， 教育部特聘专家30人。
3、从两所高校的历史底蕴上来看，这个不用多说了，简直是有点欺负南方科技大学了。它是一所年轻的大学，成立也还不满10年。（但它是最快获批为博士学位授予单位的高校，仅仅用时6年）
4、从招生方式上，中国科技大学通过高考进行招生，但每年的中科大少年班也占据了相当的比例；而南方科技大学，因为肩负着为我国高等教育改革发挥先导和示范作用的使命，通过6+3+1的综合评价模式在全国进行招生。这点上，你很难说孰优孰劣。
5、从师资力量上来讲，中国科技大学背靠中国科学院，整体师资强于南方科技大学，但南方科技大学师资100%具有博士学位，90%具有海外工作经验，也是够豪横的。
6、从生均经费、师生比、培养方式方面来看，南方科技大学要优于中国科技大学。（有钱任性就是说的南方科技大学）
总之，目前乃至今后相当长一段时间内，中国科技大学是要强于南方科技大学的。
但两所高校实际上都是非常牛的高校，对于高三的考生而言，想要考上都非常的不容易，而一旦能够考上，只要自己别瞎浪，能够顺利毕业，都会有一个非常不错的前途。