嘉靖十二年（1533年）七月，大同（今山西大同）巡抚上奏朝廷，说河套地区的蒙古部落将渡过黄河、大举内犯。经过商议，朝廷决定派兵部侍郎刘源清为总制（相当于总督），领兵前去抵抗。外敌来犯，朝廷如此部署也算应对得当，万万没想到，这一看似稳妥的方案在执行中出了大问题。
接到命令之后，大同总兵只好玩命地赶工期。大同士卒稍有懈怠，大同总兵就鞭子、棍子齐上阵，大同士卒不堪其辱，竟在几个胆大之人的带领下发动了兵变。他们一不做二不休，先杀了大同总兵，又包围了大同巡抚的驻地。大同巡抚被吓得仓皇而逃，连最重要的巡抚符印及敕书都丢给了叛军。大同兵变再次爆发（嘉靖三年，大同已发生过一次“五堡之变”）。
得知兵变后，身为总制的刘源清非但没有及时采取安抚措施，反而强硬地表示：“哪怕是大同士兵全部参与了叛乱，也要按照朝廷律法来办，必须发兵讨之。”刘源清之意得到了兵部尚书的支持，嘉靖便诏命刘源清与大同巡抚“相机抚剿之”。
刘源清之所以会非常强硬地表示即使杀光大同所有士兵也要镇压住这次大同兵变，其信心来自他14年前的一次平叛经验。
二
正德十四年（1519年），宁王领兵叛乱。此时，刘源清正在宁王叛军东进的必经之地当县令，宁王便派自己的小舅子领兵攻打。为了阻挡住东进的叛军与宁王率领的叛军主力会合，刘源清早早做好了准备：在城头竖立一旗，上面写着“誓死报国”四个大字，表明了自己与宁王势不两立的态度。
可接下来的事情出人意料，宁王的小舅子并不打算攻打刘源清所在的县城，只准备带兵悄悄路过，他觉得攻城是件麻烦事，费时费力，万一因此误了宁王的造反大业就得不偿失了。
宁王的小舅子不准备惹刘源清，刘源清却不准备放过对方。为了拖住这支东进的叛军，刘源清招募了200名死士突袭叛军，一举搅乱了叛军阵营，并斩杀了宁王小舅子。剩余的东进叛军一时没了主心骨，不得不给刘源清送信示好，希望刘源清高抬贵手，让开道路。
刘源清心想，既然对方主动示弱，显然是自己占了上风，何不趁此机会将其消灭、立一个大功？他立即派人把使者杀了，紧接着消灭了这支残余的东进大军，为平叛宁王之乱消除了大患。
宁王之乱被平定后，刘源清因此功劳升任监察御史，又在之后的十余年间被火速提拔，先后任大理寺丞、兵部侍郎等。可以说，阻敌东进的战功是刘源清后来飞速晋升的根本保证，否则以他的资历，他很难在十余年间由一个七品县令跃升到三品侍郎。
事实上，若不是宁王小舅子决策失误，以刘源清的实力，他能不能打得过对方还不一定。悲摧的是，刘源清却错误地认为是自己的强硬打败了对方，并得出“面对叛乱者，一定不能心慈手软，只要自己坚持强硬不妥协的立场，叛乱者终究会向自己服软”的“经验”。刘源清没有想到，这成了他在大同折戟的关键。
三
事实上，在刘源清决定发兵讨伐大同叛军之前，大同巡抚已授意按察佥事用计擒获了十余名叛军首领。按说这种临时起意的叛乱行动，一旦带头之人被抓获，剩下的人便会一哄而散，叛乱也会就此结束。
但刘源清不这么想。他凭借自己之前的经验，派人在大同城中张贴榜文，向大同军民表达了自己平叛到底的强硬立场，声称嘉靖三年的五堡之变就是因为朝廷的处置太过宽容，才导致如今的大同叛军再次作乱、戕杀大同总兵，这种行为必须严惩！
这张榜文无疑是在遍地干柴的大同又添了一把火。本来朝廷早已处理完五堡之变，五堡遗民也已变成了安分守己的良民。如今刘源清来这么一出，五堡遗民纷纷以为朝廷要秋后算账，心中惊惧不安，本来已经恢复安宁的大同城内又开始暗流涌动。
已抓获叛军首领的按察佥事得知后赶紧前来阻止，说既然叛乱首领已被擒，那些没了“带头大哥”的士兵闹不出什么乱子，朝廷只需要花点儿时间便可将其瓦解。如果一定要旧事重提，岂不是要逼着五堡遗民再次造反吗？
刘源清虽觉得有理，但他心中的经验主义很快占了上风，坚持认为对如今的大同兵变不能心慈手软、必须发兵讨伐，他还自以为是地说：“吾不可更袭前辙！”
于是，在“不重蹈覆辙”的思想指导下，刘源清派人进入大同城中大肆抓捕叛军。可他忽略了一个关键问题：叛军本来就人数不多，其中的首领人物也早被抓获，所以刘源清最终抓的一大堆人里面没几个是真正的叛军。
同时，刘源清大肆抓捕“叛军”的行为给大同巡抚以及按察佥事带来了很大麻烦。他们原本只需要处置十几个叛军首领即可，经过刘源清这么一弄，他们要面对的是来自整个大同的怒火—“比晚，诸镇卒皆变”。
看到大同诸镇士兵都参与叛变之后，刘源清这才想起了按察佥事的逆耳忠言，赶紧派按察佥事入城，向军民传达自己的立场。令人费解的是，刘源清传达的不是安慰大同军民的好言好语，而是一句更强硬的命令——放下武器，停止抵抗，否则明日朝廷军就将入城平叛。
结果不出所料，刘源清的命令起到了反效果。当天夜里，被这道强硬命令吓得心惊肉跳的大同军民纷纷传言，朝廷军是来屠城的，他们要杀尽大同人！于是城中再起变乱。幸运的是，在大同巡抚等人的努力下，这次变乱迅速归于平静。
让大同巡抚等人抓狂的是，在这关键时刻，刘源清又出昏着了。
为了继续“震慑”大同军民，刘源清首先把在大同军民中极有威望的前大同总兵找来，把他骂了一顿，结果对方不堪其辱，当天就饮药自杀了。第二天，刘源清又兵临大同城下，斩关而入，大肆杀掠，搞得城外横尸枕藉，死者遍地。
四
如果刘源清在酿成大错之后及时回头也还不晚。要知道，此时的明朝北部边疆还游荡着一支规模可观的蒙古精锐骑兵，如果他们趁着大同兵变发动进攻（后来蒙古诸部也确实对大同及山陕北部发动了进攻），大明边疆就危险了。但是，执拗的刘源清并没有做出任何补救措施，反而弹劾为了保持大同稳定而殚精竭虑的大同巡抚，又软禁了劝谏自己的按察佥事，致使事态进一步恶化。
转眼到了十一月，持续近一个月的大同兵变引起了明朝中枢的关注，朝廷一面任命新的大同巡抚，一面给刘源清增派援军。但有刘源清这个经验主义者在，朝廷换再多的大同巡抚也是无用。新任大同巡抚与刘源清在如何处理叛军的问题上分歧严重，气得新任大同巡抚单骑入城，孤身入了险境。
之后，刘源清又做出了一项令人匪夷所思的决定：在大同周边各个交通要道设置士兵巡逻，并搜检来往人员，截留城中送出的奏折，以封锁消息。与此同时，刘源清还向朝廷上奏称大同城中的藩王宗室以及文武官员都已经与叛军同流合污，大同城已不可保，“实天欲弃此城矣”。其后，刘源清发兵攻城，又准备决水淹城，但在城中军民的顽强抵抗下被挫败了。
次年二月，由于大同叛军的指引，蒙古军数万人大举入侵大同。刘源清面对大同叛军还敢用自己的经验主义，面对精锐的蒙古骑兵时吓得赶紧向朝廷上疏，希望朝廷再派个“总制”过来抵御蒙古军，自己则专心致志地攻打大同叛军。可惜昏招迭出的他早已耗尽了朝廷的耐心，嘉靖下诏斥责道：对大同大开杀戒并非朝廷之意，而是你的自作主张。
如此一来，刘源清就再也没有理由对大同动武了。不久，见事不可为，把大同搞得一地鸡毛的刘源清借口身体不适，请求朝廷调自己回京。这一请求彻底激怒了嘉靖：你惹了这么大的麻烦，居然想拍屁股走人，实在可恶！既然你说自己身体不行，那你也别回朝廷当兵部侍郎了，干脆回家当老百姓吧！就这样，正三品兵部侍郎刘源清先是被扔进了监狱，一年后又被削籍为民，成为处理大同兵变的官员中唯一获此“殊荣”者。
嘉靖二十九年，刘源清病逝。此时虽然距离大同兵变已经过去17年，但嘉靖仍记恨着刘源清，本该下诏赐祭葬的嘉靖没有做出任何表示。直到隆庆元年（1567年），刘源清才被追赠为兵部尚书，得以厚葬。可以说，刘源清的经验主义不仅给大同军民带来了深重灾难，也令他自己蒙羞不已，可谓害人害己。