《秦时明月》最核心最神秘的剧情，就是所谓“青龙计划”。“青龙计划”贯穿《秦时明月》正传剧情，连外传《天行九歌》都有它的影子，可以说它是《秦时明月》剧情的根。第三季墨家机关城倒塌前，前任墨子燕丹发布生前最后一个指令：“启动青龙”，宣告着“青龙计划”正式浮出水面，但如今《秦时明月》已经做到第六季了，“青龙计划”的具体内容依然没有明朗，相信很多粉丝都会一头雾水：“青龙计划”这条贯穿《秦时明月》的伏线到底指什么呢？
首先“青龙计划”简单来说就是“反秦计划”，他是前秦国相国楚国世子昌平君率先提出的。青龙计划的第一阶段主要靠暗杀行动推进，“荆轲刺秦王”就是其中比较核心的一环，但可惜的是荆轲在大殿上殒命，刺秦行动失败，但第一阶段只是幌子，“青龙计划”第二阶段才是重头戏。刺秦失败后，昌平君在秦将李信攻打楚国的时候忽然反水，导致秦军大败，昌平君称楚王，想要和秦军决一死战，但后来秦将王翦依然攻陷了楚国，昌文君兵败，“青龙计划”转入最终阶段。最后一个阶段的“青龙计划”，主力是诸子百家，以农家为首的诸子百家后来发起了大泽乡起义，虽然这次起义失败了，但是项羽和刘邦依然推翻了秦朝。从昌平君到项羽，横跨三十多年的青龙计划，就像一个大棋局，诸子百家包括盖聂等人，都是其中的棋子。接下来小编就为大家详细介绍下这三个阶段，如下：
“青龙计划”的第一步是刺秦计划。在这一个阶段里，昌平君让得力手下田光找到太子丹，劝说太子丹派荆轲刺秦。荆轲作为燕国有名的游侠，本来就很厌恶秦国的暴政，在《秦时明月》里他的青梅竹马兼爱人丽姬，还被嬴政抓到阿房宫当妃子。因此在大义和私情的催动下，荆轲爽快地答应了刺秦计划，昌平君对此很满意。可惜荆轲刺秦的时候，疑似在大殿上被盖聂打掉了手中的残虹剑，最终被侍卫斩杀，殒命于盖聂面前。荆轲临死前将天明托孤给盖聂，所以我们在《秦时明月》第一集，能够看到盖聂带着天明对抗秦军的镜头。
其实“青龙计划”的第一步“刺秦之计”，只是昌平君的一个幌子。昌平君借刺秦扰乱嬴政的试听，为自己反水做准备。而荆轲只是昌平君的一个弃子，昌平君一开始就不认为荆轲能够要嬴政的性命，不然他也不会让流沙策划新郑之乱，并且亲自到新郑准备战斗。而荆轲本人也知道自己是“青龙计划”牺牲品，所以他才会唱出“风萧萧兮易水寒，壮士一去兮不复还”这么悲凉的歌谣。由此看来，昌平君虽然心有大义，但他也是一个手段狠辣之人。“青龙计划”虽然目的是宣传“仁政”，但它真正实行的时候，也无情地牺牲了一大批荆轲田光这种豪侠。
昌平君不仅把荆轲当棋子，不把荆轲的性命当回事，他还把自己作为棋子，把自己的生死也付诸“青龙计划”里。秦国开始灭楚行动后，昌平君发现自己的故国危在旦夕，于是决定反水背刺一把秦国，把楚国从危难中救出来。昌平君找到迎战秦军的楚将项燕，抛出了自己的“青龙计划”，这位项燕就是少羽的爷爷。项燕和昌平君一拍即合，两人一个在正面迎敌一个在背后反水，一举就把当时的秦将李信击败了，秦国二十万大军几乎覆没。但昌平君此举激怒了嬴政，嬴政派出王翦带着八十万大军，一举统一了楚国，少羽在战场上幸存，但他的爷爷项燕自刎而亡，“青龙计划”第二阶段以失败告终。
这个阶段的“青龙计划”，主力是楚国，它所用的棋子包括众多楚将楚军，甚至还包括昌平君自己。其实这一阶段的“青龙计划”，是昌平君生前的最后一搏，昌平君既然敢放弃秦国相国的身份，站出来和嬴政作对，这代表着他已经孤注一掷了，但可惜当时秦国实力过于恐怖，昌平君拼尽全力都未能挽救楚国。不过昌平君早就料到这一点，他明白在自己有生之年，“青龙计划”都是难以实现的，所以他把希望放在了未来。同时他注意到要想实现“青龙计划”，单靠楚国人的力量是不够的，所以他派出田光发展农家，同时联络儒道墨等各门派，希望能靠诸子百家的力量实现“青龙计划”。
昌平君牺牲了自己后，把“青龙计划”的接力棒交给了田光，但田光被罗网组织盯上了，他所在的农家也被罗网组织渗透。在百难之中，田光把“青龙计划”的接力棒交给了吴旷，自愿死在吴旷剑下。不过吴旷虽然打入了罗网内部，但他的行动时时刻刻被罗网所监视，所以不能和外界接触，起不到串联诸子百家的作用，“青龙计划”陷入了瓶颈。在这种情况下，我们的张良出场了，张良通过阅读史书和打听消息，知道了“青龙计划”的存在，他自愿成为昌平君的接班人。在张良的催动下，墨家，道家，儒家和流沙组成了一个反秦阵线，而农家作为反秦的主力，在第五季因为罗网的破坏和典庆的死亡，激发了一系列内部矛盾，所以第五季《万里长城》农家戏份比较多，又被称为“农家乐”。
《秦时明月》第六季《沧海横流》，会继续讲述“青龙计划”的故事。等到农家事件结束，胜七和吴旷就会举起大旗，在大泽乡起兵伐秦，“青龙计划”卷土重来。而道家人宗、儒家、墨家、流沙以及纵横双子盖聂卫庄，都会加入行动。昌平君虽然智谋卓越，但他并不知道盖聂和荆轲有交情，所以事先没有把盖聂放在“青龙计划”的棋盘里。可是世事无常，在命运的安排下，之前一手破坏“青龙计划”第一步的盖聂，竟然在数十年后成为了“青龙计划”里面的一颗棋子，可能连昌平君和盖聂本人都猜不到这一点。由于“青龙计划”是楚国人昌平君提出来的，所以它的核心是“亡秦必楚”。《秦时明月》的导演说过，动画最后会由少羽攻入阿房宫那一幕结束，在秦帝国的废墟上，西楚霸王袅袅升起，这也回应了“青龙计划”“亡秦必楚”的主题。
纵观整个“青龙计划”，其实它既不复杂也不简单。“青龙计划”的目的很直截了当，那就是“反秦”，《秦时明月》里一切人物和故事都围绕着这个目的而开展。但“青龙计划”实现过程中遇到了这样那样的意外，例如荆轲快得手的时候，被盖聂的百步飞剑打败了；例如农家侠魁田光和弟子吴旷之间，上演了一场《无间道》，最终田光生死未卜；例如差点当上农家侠魁的田言，竟然是罗网组织的惊鲵。《秦时明月》的剧情，也随着“青龙计划”磕磕绊绊的进程而变得九曲十八弯。在第六季《沧海横流》，“青龙计划”会遭到罗网的直接威胁，《秦时明月》的剧情将更加曲折。