云南的沐王府实际上根本没有自己专门的私家军班底。或者说原先有部分很少的亲兵，但在明朝几百年的刻意打压后，在明末已经不复存在。所以，沐王在清军入关的时代，只能依靠明朝的云南驻军和土司兵作战。
由于云南位于传统帝国边界的西南极远处，明朝对于云南的统治在一开始就是比较松散的。甚至在朱元璋夺取天下的早期，根本不准备直接派兵进入云南。但因为云南本地还有坚持抵抗明朝的元朝梁王势力，逼的朱元璋派出蓝玉和沐英这样的大将进军。依靠集中打击那些元朝的支持者，才初步获得了云南的统治权。
当然，由于元朝的宽松政治制度，云南在明朝进入前就不是一个统一的行政单位。除了梁王势力外，还有之前大理国的段氏王族后裔，继续保留了领地和很大权势。在他们之下，又有众多地方上的土司。有的甚至也很有势力。
所以，明朝一方面学习了元朝对云南的统治模式，一方面又加以改进。作为入滇大将的沐英被册封为世代镇守西南的异姓王爷。他也就成为了明朝打掉梁王势力和段氏残余之后的本地封建联盟首领。但这个所谓的首领，是直接听命于明朝中央的。他的私家班底非常有限，所需要的部队也以明军在西南部署的卫所为主。在需要的时候，还可以从四川和贵州两地调兵。
于是，云南的沐王府就发展成为一个四不像的东西。表面上是地方土司之间的首领，在实际上却是明朝安插在当地的一个权力楔子。他们的主要职责是打压和限制地方土司领的发展。同时，为了防止沐王府实力太过扩大，其仰仗的兵力和维持系统都来自中央分散在地方的权力机构。这就注定了沐王府势力存在很大的脆弱性。
朱棣篡位后，一方面加强对全国的控制，一方面也着手削弱地方藩王的实际力量。云南的沐王府也成为了针对目标，需要忍受大量来自朝廷的太监监视和限制。由于沐王府的力量源泉是自上而下，所以对这样的安排是毫无抵抗力的。沐王府的后代们，除了王位继承人外，也经常以士人的身份做官或带兵。但他们的职务和地位许可，都源自中央而不是自己的王府。
随着明朝统治机器的早衰，沐王府的实力也就随之迅速下降。在明英宗时代的麓川战争中，沐王府表现的就好像一个配角。除了帮忙招募一些土司部队外，没有其他大的用处。相反，还有一位王爷在乱军中战死。战后，明朝的太监权势又进一步扩大。沐王府本来就地位尴尬，现在也不得不屈从于宦官之下。
到了清军入关的年代，沐王府已经完成沦为了一个摆设性机构。从明朝的腐败堕落体系内，王府不再能获得应该有的支持。在离心离德的土司当中，王府也不再有威慑力和号召力。其掌握的军事实力，无论是实际上的还是理论上的，连保护云南本境都难。
随着永历皇帝也逃到昆明，沐王府则在当地失去了也名义上的最高位置。随之而来的还有众多外省人的朝官和归降的农民军残部。前者握有笔杆子，后者掌握枪杆子，沐王府则却连土司都调动不了。最后，随着末代王爷沐天波的被杀，整个沐王府也就彻底中断了。