新颁布的《排污许可管理条例》（以下简称《条例》）除了规定排污许可证的“申请与审批”和“排污管理”两章外，还专设一章“监督检查”。这一章的内容主要是关于执法程序和执法手段的规定，解决了困扰环境执法机构多年的执法手段使用和执法证据认定问题，为今后固定源排污监管的环境执法提供了有力保障。
一是明确了排污许可执法检查的频次和检查方式由生态环境主管部门合理确定。
环境监管执法的方式，除了现场检查外，还包括在线监控、函询、要求行政相对人提交或者上传报告或者资料、对有关环保的设施和设备抽检、对违法的设备与设施依法查封扣押等，但最主要的方式还是现场检查。对于一个排污单位，一年要例行现场检查多少次，进行非常规现场检查的条件是什么，怎样检查才是合理的，《条例》第25条第1款规定，生态环境主管部门应当加强排污许可的事中事后监管，将排污许可执法检查纳入生态环境执法年度计划，根据排污许可管理类别、排污单位信用记录和生态环境管理需要等因素，合理确定检查频次和检查方式。这一规定要求生态环境执法机构应当按照生态环境执法年度计划进行执法检查，避免生态环境执法检查的随意性和盲目性。对不同的企业也不是要不加区分地进行同样频次的执法检查，而是可以根据排污许可管理类别、排污单位社会诚信档案和生态环境管理需要等因素确定检查的频次和检查方式。对排污许可重点管理单位、社会诚信较差单位、公众比较关注的排污单位，应当检查的频次多一些；对排污许可简化管理单位、社会诚信较好单位、生态和社会影响较小的排污单位，就可以检查频次少一些。对此各地方可以制定具体的生态环境执法年度计划和执法检查条件，环境执法人员要按照年度计划和执法检查条件对排污单位进行执法检查，再加上严格执行《条例》第25条第2款关于环境执法信息公开的规定，就可以确保环境执法的公平公正。
二是明确了排污单位配合环境监管执法的义务。
环境监管执法（包括排污许可监管执法）的一大困难是排污单位封闭经营，掌握最原始的资料和信息，生态环境主管部门无论是进行现场执法还是通过平台监控执法，都需要排污单位提供信息资料。一旦排污单位不配合，或者故意阻挠执法，违法证据就难以取得。对此，《条例》第26条第1款规定，排污单位应当配合生态环境主管部门监督检查，如实反映情况，并按照要求提供排污许可证、环境管理台账记录、排污许可证执行报告、自行监测数据等相关材料。其中，要求排污单位提供环境管理台账记录是查清排污单位排污情况的一项重要措施。同时，《条例》第39条规定，如果排污单位拒不配合生态环境主管部门监督检查或者在接受监督检查时弄虚作假，将被处2万元以上20万元以下的罚款。《条例》上述规定，将对生态环境执法起到有力的促进作用。
三是明确了排污单位自行监测数据与生态环境主管部门现场执法的监测数据不一致时，以生态环境主管部门监测数据为执法依据。
排污单位的自行监测数据与生态环境主管部门现场执法的监测数据不一致时，到底以谁的数据为准，容易产生争议。《条例》第29条第2款规定，排污单位自行监测数据与生态环境主管部门及其所属监测机构在行政执法过程中收集的监测数据不一致的，以生态环境主管部门及其所属监测机构收集的监测数据作为行政执法依据。这就以行政法规的形式确立了生态环境主管部门及其所属监测机构在行政执法过程中收集的监测数据的效力，有利于保障行政执法的顺利开展。
四是通过鼓励采用污染防治可行技术推动和保障排污单位符合排污许可要求。
要使排污符合许可要求，污染治理技术的先进性是重要保障。《条例》第30条规定，国家鼓励排污单位采用污染防治可行技术。国务院生态环境主管部门制定并公布污染防治可行技术指南。排污单位未采用污染防治可行技术的，生态环境主管部门应当根据排污许可证、环境管理台账记录、排污许可证执行报告、自行监测数据等相关材料，以及生态环境主管部门及其所属监测机构在行政执法过程中收集的监测数据，综合判断排污单位采用的污染防治技术能否稳定达到排污许可证规定；对不能稳定达到排污许可证规定的，应当提出整改要求，并可以增加检查频次。《条例》的这一规定，实现了法律规范与技术要求的衔接，有利于增强排污许可制度的成效。