据新华社报道，3月27日上午，东航坠机事故现场搜救人员发现MU5735航班的飞行数据记录器(第二部黑匣子)。至此，失事飞机两部黑匣子均已找到。据央视新闻报道，东航MU5735飞机上共有两部黑匣子，分别是驾驶舱语音记录器和飞行数据记录器。两部黑匣子的数据，对事故调查尤为重要。
《航空知识》主编、北京航空航天大学航空专家王亚男介绍，首先，声音的数据采集，能够及时还原飞行员当时飞行状态的反馈，某些操纵意图的交流;其次，第二个黑匣子从数据的角度，能够再现飞机当时的技术状态和飞行状态。所以，两个黑匣子能够合在一起就能推断飞行员当时的飞行评价是否符合事实，而他们对于飞行操作的意图是否得到了实现，这种被执行的意图是否得到了飞行姿态反馈。两个数据一旦合在一起，能够还原事故当时情景，提供最有力的佐证。
至于事故调查何时会有结论，中国民航事故调查中心主任毛延峰介绍，调查人员需要把两部记录器的数据，以及现场勘查的证据、空管雷达数据、机组和空管单位的陆空通话、飞机与地面的数据链传输信息、证人访谈等信息结合起来，进行综合分析研判，才能更加客观准确地分析事故的原因。
其中，记录器数据下载通常会遇到三种情况:一是记录器完全不受损;二是记录器破损，但是数据存储单元状态完好;三是存储芯片受损。
毛延峰表示，根据国际民用航空公约的有关规定，初步报告应当在事发之日起30日内发送给有关国家和国际民航组织，应以国际民航组织工作语言发送，中文和英文都是其工作语言。根据中国民用航空规章《民用航空器事件调查规定》，民航局应当在事故发生后30日内向国际民航组织递交初步调查报告。调查组将根据上述国内规章和国际公约的有关要求开展事故调查工作。